林木遺傳圖譜構建和QTL定位統(tǒng)計分析

前言
緒論
0.1　林木遺傳圖譜構建研究的現(xiàn)狀
0.2　QTL定位統(tǒng)計方法的研究進展
0.2.1　數(shù)量遺傳學的發(fā)展歷史
0.2.2　近交群體的QTL作圖方法
0.2.3　異交群體的QTL作圖方法
0.2.4　林木QTL作圖
上篇　遺傳圖譜構建的統(tǒng)計方法
第1章　背景知識和基本概念
1.1　遺傳背景
1.2　減數(shù)分裂
1.3　重組、干擾和遺傳距離
1.4　作圖函數(shù)
1.5　實驗交配群體
1.5.1　回交群體
1.5.2　F2群體
1.6　極大似然法與似然比檢驗
1.7　EM算法
1.8　皮爾遜卡方統(tǒng)計量
1.9　顯著性檢驗
1.10　分子標記數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)
第2章　兩點連鎖分析
2.1　位點的分離檢驗
2.1.1　單位點的分離檢驗
2.1.2　兩個位點的連鎖檢驗
2.2　近交系兩點連鎖分析
2.2.1　回交群體
2.2.2　F2群體
2.3　全同胞家系兩位點連鎖分析
2.3.1　全同胞家系標記分離特征
2.3.2　連鎖相推斷及重組率估計
第3章　多位點連鎖分析
3.1　隱馬爾可夫模型
3.1.1　觀測數(shù)據(jù)的概率
3.1.2　重建隱狀態(tài)
3.1.3　參數(shù)估計
3.2　回交群體數(shù)據(jù)
3.3　F2群體數(shù)據(jù)
3.4　全同胞數(shù)據(jù)
第4章　連鎖群劃分和基因位點排序
4.1　連鎖群的劃分
4.2　三位點排序
4.3　多位點排序
4.3.1　多位點排序的目標函數(shù)
4.3.2　多位點排序的計算方法
4.4　模擬構建全同胞群體的遺傳連鎖圖譜
4.5　杉木遺傳圖譜的構建
下篇　QTL定位的統(tǒng)計方法
第5章　QTL單標記分析
5.1　回交群體的單標記分析
5.1.1　t檢驗
5.1.2　方差分析
5.1.3　線性回歸模型
5.1.4　極大似然法
5.2　F2群體的單標記分析
5.2.1　t檢驗
5.2.2　方差分析
5.2.3　回歸分析
5.2.4　極大似然法
第6章　QTL區(qū)間作圖法
6.1　QTL基因型的條件概率
6.2　極大似然法
6.2.1　回交群體
6.2.2　R代群體
6.3　線性回歸法
6.3.1　回交群體
6.3.2　R代群體
第7章　復合區(qū)間作圖
7.1　理論基礎
7.2　回交群體作圖
7.3　F2群體作圖
第8章　異交群體的QTL作圖
8.1　半同胞群體QTL作圖
8.1.1　ANOVA方法
8.1.2　極大似然法
8.2　全同胞群體QTL作圖
8.3　MCMC作圖
8.3.1　Gibbs抽樣
8.3.2　Metropolis-Hastings方法
8.3.3　MCMC方法作圖
8.4　林木F1代群體的QTL作圖
8.4.1　區(qū)間作圖和復合區(qū)問作圖
8.4.2　杉木F1代群體的QTL作圖
8.4.3　討論
主要參考文獻
附錄A　全同胞遺傳連鎖圖譜構建軟件FsLinkageMap1.0使用說明
A1　數(shù)據(jù)格式
A2　數(shù)據(jù)分析
A3　遺傳連鎖圖譜的繪制