微生物功能基因組學(xué)

第1章　基因組學(xué)
　1.1　引言
　1.2　定義和分類
　1.3　基因組學(xué)的歷史回顧
　1.4　研究功能基因組學(xué)的挑戰(zhàn)
　1.5　范圍和一般方法
　1.6　微生物功能基因組學(xué)在真核生物研究中的重要性
　1.7　總結(jié)
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第2章　微生物多樣性與基因組學(xué)
　2.1　引言
　2.2　生物化學(xué)多樣性
　2.3　基因多樣性
　2.4　描述原核生物多樣性的挑戰(zhàn)
　2.5　微生物基因組多樣性和全基因組測序
　2.6　總結(jié)
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第3章　計算基因組注釋
　3.1　引言
　3.2　編碼蛋白質(zhì)基因的預(yù)測
　3.3　編碼RNA基因的預(yù)測
　3.4　鑒定啟動子
　3.5　操縱子的鑒定
　3.6　基因的功能類別
　3.7　基因組中其他性質(zhì)的特性描述
　3.8　基因組尺度的基因作圖
　3.9　現(xiàn)有的基因組注釋系統(tǒng)
　3.10　總結(jié)
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第4章　微生物進化的基因組學(xué)
　4.1　引言
　4.2　直向進化同源基因的鑒定
　4.3　基因組中的分子鐘
　4.4　水平基因轉(zhuǎn)移的基因組
　4.5　基因重復(fù)、基因缺失和其他進化過程的基因組學(xué)
　4.6　系統(tǒng)進化樹
　4.7　最小基因組
　4.8　基于生活方式進化的基因組學(xué)觀點
　4.9　基因組學(xué)有關(guān)線粒體進化的觀點
　4.10　總結(jié)
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第5章　基因功能預(yù)測的計算方法
　5.1　引言
　5.2　基因功能推斷的方法
　5.3　從基因序列到功能
　5.4　序列基序的鑒定
　5.5　以結(jié)構(gòu)為基礎(chǔ)的功能預(yù)測
　5.6　非同源的方法進行功能推斷
　5.7　在系統(tǒng)水平上的功能推斷
　5.8　總結(jié)
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第6章　DNA微陣列技術(shù)
　6.1　引言
　6.2　微陣列的種類和優(yōu)點
　6.3　微陣列制造
　6.4　微陣列雜交和檢測
　6.5　微陣列圖像處理
　6.6　用微陣列技術(shù)去監(jiān)測基因表達(dá)
　6.7　總結(jié)
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第7章　微陣列基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)分析
　7.1　引言
　7.2　微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)的歸一化
　7.3　數(shù)據(jù)分析
　7.4　差異表達(dá)基因的識別
　7.5　共表達(dá)基因的識別
　7.6　基因表達(dá)數(shù)據(jù)分析在途徑推理的應(yīng)用
　7.7　總結(jié)
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第8章　誘變
　8.1　引言
　8.2　轉(zhuǎn)座子誘變
　8.3　通過等位基因交換進行定向突變
　8.4　反義mRNA分子導(dǎo)致基因沉默
　8.5　總結(jié)
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第9章　質(zhì)譜
　9.1　引言
　9.2　質(zhì)譜的基本原理
　9.3　蛋白質(zhì)和肽的質(zhì)譜基礎(chǔ)
　9.4　蛋白質(zhì)和蛋白質(zhì)組鑒定中的質(zhì)譜
　9.5　總結(jié)
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第10章　蛋白質(zhì)配體相互作用的鑒定
　10.1　引言
　10.2　可讀框的高通量克隆
　10.3　酵母雙雜交選擇系統(tǒng)
　10.4　使用噬菌體展示來檢測蛋白質(zhì)配體的相互作用
　10.5　在蛋白片段互補實驗中檢測相互作用
　10.6　利用質(zhì)譜儀研究蛋白質(zhì)蛋白相互作用的圖譜
　10.7　蛋白表達(dá)譜以及相互作用中的蛋白質(zhì)陣列
　10.8　表面細(xì)胞質(zhì)基因組共振生物傳感器分析
　10.9　總結(jié)
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第11章　模式生物的功能基因組學(xué)：從新的視角看老問題
　11.1　引言
　11.2　大腸桿菌：模式真細(xì)菌
　11.3　枯草芽孢桿菌（Bacillus subtilis）：革蘭陽性菌的典范
　11.4　釀酒酵母：高等真核生物的模型
　11.5　模式真核生物的比較基因組學(xué)
　11.6　總結(jié)
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第12章　病原菌與環(huán)境中重要微生物的功能基因組分析
　12.1　引言
　12.2　通過基因組序列與功能注釋研究細(xì)菌的致病機理
　12.3　比較基因組學(xué)：研究細(xì)菌致病性的線索
　12.4　用信號物標(biāo)記突變來發(fā)現(xiàn)新的感染相關(guān)基因
　12.5　應(yīng)用微陣列描繪基因的功能和相互作用
　12.6　病原菌的蛋白質(zhì)組學(xué)
　12.7　環(huán)境中重要微生物的基因組測序以及功能分析
　12.8　總結(jié)
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第13章　基因組學(xué)對抗菌藥物發(fā)現(xiàn)及毒理學(xué)的影響
　13.1　引言
　13.2　抗生素藥物的發(fā)現(xiàn)：歷史回顧
　13.3　新藥開發(fā)所遇到的挑戰(zhàn)
　13.4　微生物基因組學(xué)和藥物靶點的篩選
　13.5　確定治療用途：藥物靶點篩選和驗證
　13.6　基因組學(xué)和毒理學(xué)：毒物基因組學(xué)的產(chǎn)生
　13.7　總結(jié)
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第14章　微陣列基因組技術(shù)在突變分析和微生物檢測中的應(yīng)用
　14.1　引言
　14.2　寡核苷酸微陣列用于突變分析
　14.3　微陣列用于自然環(huán)境中微生物的檢測
　14.4　總結(jié)
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第15章　展望未來：基因組學(xué)將超越單細(xì)胞學(xué)
　15.1　引言
　15.2　微生物學(xué)的信息基礎(chǔ)：基因組序列
　15.3　基因功能和表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
　15.4　生態(tài)學(xué)和進化
　15.5　系統(tǒng)水平理解微生物群落動力學(xué)
　15.6　總結(jié)
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