生態(tài)基因組學(xué)導(dǎo)論

1什么是生態(tài)基因組學(xué)?
1．1滲透到生態(tài)學(xué)領(lǐng)域的基因組學(xué)革命
1．2酵母、果蠅、線蟲和擬南芥
1．3組學(xué)
1．4本書的結(jié)構(gòu)
2基因組分析
2．1基因的發(fā)現(xiàn)
2．1．1從基因產(chǎn)物到基因
2．1．2差異篩選
2．1．3從分子標(biāo)記到功能基因
2．2基因組測序
2．2．1基因組文庫的構(gòu)建
2．2．2 以物理圖譜為基礎(chǔ)的全基因組測序
2．2．3“鳥槍法”全基因組測序
2．2．4基因的預(yù)測和注釋
2．3轉(zhuǎn)錄譜分析
2．3．1芯片分析
2．3．2生態(tài)基因組學(xué)中以芯片為基礎(chǔ)的轉(zhuǎn)錄譜分析
2．3．3基因表達(dá)系列分析
2．3．4定量PCR分析
2．4生態(tài)基因組學(xué)中的數(shù)據(jù)分析
2．4．1序列的同源性分析
2．4．2芯片數(shù)據(jù)的處理
2．4．3芯片實(shí)驗(yàn)的統(tǒng)計(jì)方法
2．4．4構(gòu)建生態(tài)基因組學(xué)的分析框架
3基因組的比較
3．1基因組的特征
3．1．1基因組大小
3．1．2基因家族
3．1．3偏斜、Gc含量和密碼子的使用
3．1．4基因的排列
3．1．5同義和非同義替換的式樣’
3．2原核生物的基因組
3．2．1染色體和質(zhì)粒·
3．2．2基因的水平轉(zhuǎn)移
3．2．3從細(xì)菌到細(xì)胞器
3．3真核生物的基因組
3．3．1酵母和其他真菌
3．3．2線蟲
3．3．3果蠅和其他節(jié)肢動物
3．3．4植物基因組
3．3．5后口動物
4群落的結(jié)構(gòu)和功能
4．1生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能的綜合模式
4．2微生物多樣性的測度
4．2．1小亞基rRNA基因的多樣性
4．2．2以基因芯片技術(shù)為基礎(chǔ)的生物多樣性評估
4．2．3原核生物多樣性的統(tǒng)計(jì)方法
4．3生物地球化學(xué)循環(huán)中的微生物基因組學(xué)
4．3．1碳循環(huán)中的關(guān)鍵基因
4．3．2氮循環(huán)中的關(guān)鍵基因
4．3．3其他的養(yǎng)分循環(huán)
4．3．4利用基因芯片技術(shù)篩選功能基因
4．4環(huán)境基因組的功能重建
4．4．1海洋環(huán)境基因組學(xué)
4．4．2土壤環(huán)境基因組
4．4．3極端環(huán)境的基因組
4．5生物多樣性和生態(tài)系統(tǒng)功能的基因組學(xué)研究方法：初步評估
5生活史類型
5．1生活史理論的核心
5．2壽命與衰老
5．2．1胰島素信號途徑
5．2．2壽命調(diào)節(jié)的全基因組掃描分析
5．2．3跨物種的壽命調(diào)節(jié)系統(tǒng)
5．2．4權(quán)衡還是單獨(dú)調(diào)節(jié)?
5．3生命周期循環(huán)的基因表達(dá)譜
5．3．1發(fā)育進(jìn)程
5．3．2滯育
5．3．3成熟期的生命和性
5．3．4擬南芥的開花時(shí)間
5．3．5其他植物開花時(shí)間的調(diào)控
5．4生活史特征的表型可塑性
5．4．1非遺傳多型性的發(fā)育
5．4．2體長
5．4．3避陰反應(yīng)
5．5生活史類型的基因組學(xué)研究方法：初步評估
6逆境反應(yīng)
6．1逆境和生態(tài)位
6．2抗細(xì)胞逆境的主要機(jī)制
6．2．1逆境脅迫激活的蛋白激酶信號途徑
6．2．2熱激蛋白
6．2．3氧化應(yīng)激反應(yīng)系統(tǒng)
6．2．4金屬硫蛋白及其相關(guān)系統(tǒng)
6．2．5多功能氧化酶系統(tǒng)
6．3高溫、寒冷、干旱、鹽堿和缺氧
6．3．1酵母對非生物脅迫的反應(yīng)
6．3．2植物對干旱、寒冷和鹽堿的反應(yīng)
6．3．3動物對非生物脅迫的反應(yīng)
6．4食草作用和微生物感染
6．4．1植物對昆蟲食草作用的防衛(wèi)
6．4．2果蠅免疫反應(yīng)的基因組學(xué)
6．5有毒物質(zhì)
6．5．1重金屬
6．5．2殺蟲劑
6．5．3內(nèi)分泌干擾物
6．6生態(tài)逆境脅迫基因組學(xué)研究方法：初步評估
7整合生態(tài)基因組學(xué)
7．1整合的需求：系統(tǒng)生物學(xué)
7．2生態(tài)控制分析
7．3展望
7．3．1模式生物研究群體的組織
7．3．2環(huán)境微生物的大規(guī)模測序
7．3．3野生環(huán)境微生物的轉(zhuǎn)錄譜分析
7．3．4作用機(jī)制的研究
7．3．5新的數(shù)據(jù)分析方法
7．3．6比較基因組學(xué)
7．3．7聚焦自然變異
7．3．8遺傳基因組學(xué)
7．3．9表觀遺傳學(xué)
7．3．10生物學(xué)的統(tǒng)一
參考文獻(xiàn)
附錄：原版目錄
索引