分子考古學(xué)導(dǎo)論

前言
緒論
一、什么是分子考古學(xué)？
二、分子考古的主要研究內(nèi)容
1.研究人類的起源與遷徙
2.古代動(dòng)植物的馴化
3.古人的個(gè)體識(shí)別、群體遺傳關(guān)系及族屬鑒定
4.古人與生活環(huán)境的關(guān)系
5.古病理研究
三、分子考古學(xué)理論基礎(chǔ)與研究方法
四、什么是古DNA，有何特點(diǎn)？
五、古DNA分子保存年限
六、古代DNA研究的歷史與現(xiàn)狀
第一篇 生物學(xué)基礎(chǔ)
第1章 生物大分子
1.1 蛋白質(zhì)
1.1.1 肽鍵
1.1.2 蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能
1.1.3 同源蛋白質(zhì)
1.2 核酸
1.2.1 堿基、核苷、核苷酸
1.2.2 核酸的紫外吸收
1.2.3 核酸的變性、復(fù)性與雜交
第2章 基因與基因組
2.1 基因的定義
2.2 基因組定義
2.3 半保留半不連續(xù)復(fù)制機(jī)制
2.4 基因的突變、損傷與修復(fù)
2.5 基因重組
2.6 基因轉(zhuǎn)錄
2.7 遺傳密碼
2.8 蛋白質(zhì)的生物合成
第3章 基因組演化與物種分類
3.1 細(xì)胞的形成
3.2 從單細(xì)胞生物到多細(xì)胞生物
3.3 病毒基因組
3.4 原核生物染色體結(jié)構(gòu)
3.5 真核生物的染色體結(jié)構(gòu)
3.6 人類基因組
3.7 基因組進(jìn)化模式
3.8 物種的分類
3.9 分子系統(tǒng)樹
第4章 遺傳多態(tài)性標(biāo)記
4.1 遺傳多態(tài)性標(biāo)記的分類
4.1.1 形態(tài)、生理標(biāo)記
4.1.2 染色體標(biāo)記
4.1.3 血型和蛋白質(zhì)標(biāo)記
4.1.4 DNA標(biāo)記
4.2 DNA多態(tài)性研究
4.2.1 DNA多態(tài)性形成機(jī)制
4.2.2 DNA標(biāo)記的分類
4.2.3 人類DNA多態(tài)性研究的歷史和現(xiàn)狀-
4.3 mtDNA遺傳多態(tài)性標(biāo)記
4.3.1 mtDNA遺傳系統(tǒng)的特點(diǎn)
4.3.2 mtDNA多態(tài)性檢測方法
4.3.3 mtDNA多態(tài)性研究在人類進(jìn)化上的應(yīng)用
4.3.3.1 非洲人群的遷移和mtDNA變異
4.3.3.2 歐洲人群的遷移和mtDNA變異
4.3.3.3 亞洲人群的遷移和mtDNA變異
4.4 Y染色體遺傳標(biāo)記
4.4.1 Y染色體結(jié)構(gòu)
4.4.2 Y染色體遺傳系統(tǒng)的特點(diǎn)
4.4.3 Y染色體變異形式
4.4.4 Y染色體多態(tài)性檢測方法
4.4.5 單核苷酸多態(tài)位點(diǎn)變異在人類進(jìn)化中的應(yīng)用
第二篇 古DNA應(yīng)用實(shí)例
第5章 人類古DNA研究應(yīng)用
5.1 古DNA在人類起源研究中的應(yīng)用
5.2 古DNA在人群水平上的應(yīng)用
5.2.1 歐洲人群研究
5.2.2 新疆地區(qū)人群研究
5.2.3 中國北方地區(qū)古代人群研究
5.3 古DNA在家庭或家族水平的應(yīng)用
5.4 古DNA在個(gè)體水平的應(yīng)用
5.4.1 性別鑒定
5.4.2 個(gè)體身份識(shí)別
5.5 古DNA在古病理學(xué)的應(yīng)用
第6章 古DNA與家養(yǎng)動(dòng)物起源研究
6.1 家養(yǎng)動(dòng)物起源研究的研究方法
6.1.1 考古調(diào)查
6.1.2 分子生物學(xué)分析
6.2 家豬的起源研究
6.3 狗的起源研究
6.4 黃牛的起源研究
6.5 綿羊的起源研究
6.6 山羊的起源研究
6.7 家馬的起源研究
第7章 植物古DNA研究應(yīng)用
7.1 小麥古DNA研究應(yīng)用
7.2 玉米古DNA研究應(yīng)用
7.3 稻古DNA研究應(yīng)用
7.4 高粱古DNA研究應(yīng)用
7.5 其他植物遺存古：DNA研究應(yīng)用
7.6 植物化石古DNA研究應(yīng)用
7.7 冰芯中植物古DNA研究應(yīng)用
第三篇 古DNA的研究方法
第8章 古DNA研究流程
8.1 古DNA實(shí)驗(yàn)技術(shù)流程
8.1.1 考古發(fā)掘人員樣本采集
8.1.2 樣本評(píng)估
8.1.3 樣本處理
8.1.4 DNA提取
8.1.5 PCR擴(kuò)增
8.1.5.1 PCR技術(shù)的基本原理
8.1.5.2 PCR反應(yīng)5要素
8.1.5.3 PCR系統(tǒng)中的其他成分
8.1.5.4 PCR反應(yīng)參數(shù)
8.1.6 PCR產(chǎn)物檢測
8.1.7 PCR產(chǎn)物純化
8.1.8 測序
8.2 古DNA序列的真實(shí)性
8.2.1 污染來源
8.2.2 污染的控制
8.2.3 污染的識(shí)別
8.2.4 甄別古DNA的標(biāo)準(zhǔn)
8.3 古DNA研究中的新進(jìn)展
8.3.1 熒光實(shí)時(shí)定量PCR
8.3.2 擴(kuò)增產(chǎn)物長度多態(tài)性
8.3.3 嘧啶N糖基化酶
8.3.4 焦磷酸測序技術(shù)
8.3.5 多重PCR
第9章 古DNA數(shù)據(jù)分析
9.1 系統(tǒng)發(fā)育分析
9.1.1 系統(tǒng)發(fā)育樹
9.1.2 序列比對與排序
9.1.3 系統(tǒng)發(fā)育樹的重建
9.1.3.1 距離法
9.1.3.2 簡約法
9.1.3.3 似然法
9.1.3.4 進(jìn)化樹搜索
9.1.3.5 系統(tǒng)樹樹根的確定
9.1.3.6 其他構(gòu)樹方法
9.1.3.7 不同構(gòu)樹方法的評(píng)估和比較
9.1.3.8 系統(tǒng)發(fā)育樹的檢驗(yàn)
9.2 遺傳多維尺度分析
9.3 主成分分析
9.4 群體遺傳學(xué)分析
9.4.1 群體遺傳多樣性指度分析
9.4.2 核苷酸配對差異分析與中性檢驗(yàn)
9.4.3 分子差異分析
9.4.4 基因混合度計(jì)算
第10章 古DNA研究常用軟件
10.1 引物設(shè)計(jì)
10.1.1 引物設(shè)計(jì)原則
10.1.2 PrimerPremier軟件
10.2 從測序圖譜到DNA序列——Chromas軟件的應(yīng)用
10.2.1 文件輸入及導(dǎo)出
10.2.2 圖譜的編輯及序列查找
10.3 序列檢索
10.3.1 相似性檢索
10.3.2 相關(guān)序列的下載
10.4 DNA序列的比對及排序——Clustal軟件的應(yīng)用
10.4.1 序列輸入
10.4.2 編輯比對序列
10.4.3 多重序列比對
10.4.4 構(gòu)建系統(tǒng)樹
10.5 分子系統(tǒng)樹的構(gòu)建及檢驗(yàn)與Phylip軟件包的使用
10.5.1 Phylip軟件包輸入數(shù)據(jù)的格式
10.5.2 用Phylip軟件包構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹
10.6 Mega軟件包在分子系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用
10.6.1 Mega數(shù)據(jù)的輸入
10.6.2 數(shù)據(jù)文件的導(dǎo)人
10.6.3 序列特殊信息的瀏覽和輸出
10.6.4 序列的分組
10.6.5 序列的組成成分統(tǒng)計(jì)
10.6.6 遺傳距離的計(jì)算
10.6.7 系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建及檢驗(yàn)
10.6.8 多重序列比對
10.7 Arlequin軟件包在分子系統(tǒng)學(xué)中的應(yīng)用
10.7.1 Arlequin軟件包輸入數(shù)據(jù)的格式
10.7.2 Arlequin軟件包操作界面簡介及數(shù)據(jù)輸入
10.7.3 遺傳多樣度指數(shù)菜單
10.7.4 中性檢驗(yàn)菜單
10.7.5 遺傳結(jié)構(gòu)分析菜單
10.8 Network軟件與中介網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建
10.8.1 Network軟件輸入數(shù)據(jù)及其格式
10.8.2 中介網(wǎng)絡(luò)圖的構(gòu)建
10.8.3 繪制中介網(wǎng)絡(luò)圖
10.8.4 Network軟件操作技巧
10.9 SPSS軟件與遺傳多維尺度分析及主成分分析
10.9.1 SPSS數(shù)據(jù)輸入
10.9.2 SPSS與遺傳多維尺度分析
10.9.3 SPSS與主成分分析