質粒生物學

第1章 質粒簡介：質粒研究史
1.1 遺傳學時代
1.2 環(huán)狀質粒DNA
1.3 質粒作為分子克隆載體：大膽的創(chuàng)新
1.4 質粒的自我復制過程
1.5 質粒的遷移性
1.6 質粒的穩(wěn)定性
1.7 結論
參考文獻
第2章 參與含有重復子質粒復制的元件
2.1 復制起始的基本元件
2.2 rep基因的表達和Rep蛋白的結構
2.3 調控模型
2.4 非重復子的Rep結合、輔助因子和它們的作用
2.5 ori激活的分子機制
2.6 質粒在細胞內的定位
2.7 結論：質粒DNA和在廣范圍環(huán)境中的復制
參考文獻
第3章 反義RNA對質粒復制的調控作用
3.1 反義RNA介導的轉錄衰減：inc18和pT181家族
3.2 翻譯水平的抑制
3.3 抑制引物的形成：ColE1復制子
3.4 抑制假結的形成：如IncI
參考文獻
第4章 滾環(huán)復制
4.1 滾環(huán)復制質粒的結構
4.2 前導鏈復制的起始與終止
4.3 質粒sso在后隨鏈復制中的作用
4.4 宿主蛋白在質粒滾環(huán)復制中的作用
4.5 展望
參考文獻
第5章 細菌質粒的分配系統(tǒng)
5.1 普通的分配系統(tǒng)
5.2 質粒的細胞內定位
5.3 質粒分配系統(tǒng)的類型
5.4 P1和F質粒
5.5 RK2質粒
5.6 pTAR和TP228質粒
5.7 RepABC系統(tǒng)
5.8 R1質粒
5.9 其他分配系統(tǒng)
5.10 pSC10
5.11 具有多種分配系統(tǒng)的質粒
5.12 高拷貝數質粒
5.13 模型和問題
參考文獻
第6章 遺傳偏嗜性：基因在基因組中的共生原則
6.1 遺傳偏嗜性的發(fā)現
6.2 遺傳偏嗜性的類型
6.3 基因組學和遺傳偏嗜性系統(tǒng)的發(fā)展
6.4 細胞殺死的機理
6.5 基因表達的調節(jié)
6.6 偏嗜性系統(tǒng)之間的相互作用
6.7 為什么會存在偏嗜性基因？
6.8 基因組與偏嗜性基因協同進化
6.9 其他遺傳過程的推測
6.10 應用
6.11 結論
參考文獻
第7章 DNA位點特異性分離系統(tǒng)
7.1 一切發(fā)生錯誤之時：DNA多聚體的形成和發(fā)生率
7.2 DNA位點特異性重組：染色體和質粒的分離
7.3 絲氨酸重組酶家族的位點特異性分離系統(tǒng)
7.4 酪氨酸重組酶家族的質粒和染色體分離系統(tǒng)
7.5 重組機制詳述
7.6 結論
參考文獻
第8章 質粒DNA的拓撲行為
8.1 環(huán)狀DNA拓撲學
8.2 DNA拓撲酶
8.3 動力拓撲學平衡
8.4 超螺旋敏感DNA結構
8.5 體內限制與非限制的質粒拓撲學
8.6 大腸桿菌內由蛋白質限制的拓撲學
8.7 體內限制性和非限制性超螺旋變化
8.8 DNA復制：可逆的復制叉、前環(huán)連體和結
8.9 結論
參考文獻
第9章 革蘭陰性菌接合轉移
9.1 質粒分類
9.2 染色體誘動
9.3 革蘭陰性菌中的接合轉移概述
9.4 接合轉移生理學
9.5 菌毛的結構和裝配
9.6 菌毛收縮和噬菌體感染
9.7 接合轉移孔的結構
9.8 交配配對的形成
9.9 進入排斥或表面排斥
9.10 DNA的加工和轉運
9.11 啟動轉移的“信號”的本質
9.12 可誘動質粒
9.13 受體細胞中質粒的建立
9.14 轉移基因表達的調控
9.15 F轉移基因的調控
9.16 RP4轉移區(qū)的調節(jié)
9.17 結論
參考文獻
第10章 革蘭陽性菌的接合
10.1 不同種屬的質粒系統(tǒng)
10.2 接合型轉座子
10.3 轉移起點和松弛酶
10.4 結論
參考文獻
第11章 泛宿主性質粒在革蘭陰性桿菌中的復制策略
11.1 復制體的組裝
11.2 Rep蛋白和復制起始序列的通用性特征：IncP質粒家族
11.3 宿主范圍受控于裝配復制體所需要的編碼蛋白：IncQ家族
11.4 自然發(fā)生的多復制子質粒
11.5 泛宿主性質粒的其他特征
11.6 通過對窄宿主性復制子的研究分析宿主范圍決定子
11.7 結論
參考文獻
第12章 根瘤菌科細菌的共生質粒
12.1 引言：結瘤和固氮
12.2 質粒和島：根瘤菌科細菌共生基因的定位
12.3 共生質?；蚪M成概況
12.4 pSym質粒的復制和分配特征
12.5 接合轉移
12.6 pSym的動力學及其進化
12.7 展望
12.8 補遺
參考文獻
第13章 細菌中的線性質粒：相同的起源，不同的命運
13.1 線性質粒和染色體的系統(tǒng)發(fā)生學分布
13.2 線性質粒的組成
13.3 細菌中線性質粒的結構
13.4 線性質粒的復制
13.5 線性質粒的分離系統(tǒng)
13.6 展望
參考文獻
第14章 釀酒酵母的2靘質粒
14.1 自身攜帶和作為一般實驗工具的酵母質粒
14.2 酵母質粒的高拷貝數和穩(wěn)定遺傳
14.3 質粒分配系統(tǒng)的分析
14.4 2靘質粒分離模型
14.5 2靘質粒的拷貝數控制
14.6 Flp重組機制
14.7 Flp的應用
14.8 2靘質粒分子自私性的環(huán)狀設計：進化考慮
14.9 2靘質粒與衰老、壽命和程序化細胞死亡的關系
14.10 展望與前景
14.11 結論
14.12 補遺
參考文獻
第15章 哺乳動物細胞內的病毒性質粒
15.1 EB病毒
15.2 乳頭瘤病毒
15.3 結論
參考文獻
第16章 降解質粒
16.1 TOL質粒
16.2 編碼途徑與TOL相關的質粒
16.3 攜帶氯苯鄰二酚ortho裂解途徑基因的質粒
16.4 洋蔥伯克霍爾德菌AC1100的復制子
16.5 攜帶外周途徑基因質粒的特征
16.6 降解質粒的進化
16.7 結論
參考文獻
第17章 古細菌質粒
17.1 質粒分類
17.2 復制、分配和維持的機理
17.3 細胞內擴散機理
17.4 染色體整合
17.5 基于質粒的載體系統(tǒng)
17.6 結論
參考文獻
第18章 毒力質粒的基因組規(guī)模分析：質粒上的毒力基因對于腸細菌致病性的作用
18.1 腸桿菌質粒的一般特性
18.2 大質粒的序列分析
18.3 質粒的維持功能：復制、分配和分離后殺死
18.4 質粒編碼的毒力基因
參考文獻
第19章 芽孢形成菌的毒性質粒
19.1 破傷風梭狀芽孢桿菌和肉毒梭狀芽孢桿菌的神經毒素質粒
19.2 產氣莢膜梭狀芽孢桿菌的毒素質粒
19.3 炭疽桿菌的毒素和莢膜質粒
19.4 蘇云金芽孢桿菌的殺蟲毒素質粒
19.5 結論
參考文獻
第20章 耶爾森菌的毒力質粒：特性和比較
20.1 耶爾森菌的質粒和毒力
20.2 LCR質粒
20.3 鼠毒素質粒
20.4 鼠疫菌素質粒
20.5 抗性轉移因子
20.6 pYC隱蔽型質粒
20.7 結論
參考文獻
第21 章 不產芽孢的革蘭陽性病原菌的毒力質粒
21.1 金黃色葡萄球菌的毒力質粒
21.2 糞腸球菌的毒力質粒
21.3 紅球菌的毒力質粒
21.4 結論
參考文獻
第22章 根瘤農桿菌Ti質粒
22.1 Ti質粒的序列
22.2 轉移DNA
22.3 vir區(qū)域
22.4 VirAVirG雙組分調控系統(tǒng)
22.5 界間轉位過程中效應分子的加工
22.6 VirB/VirD4Ⅳ型分泌系統(tǒng)
22.7 底物轉移和菌毛合成的中心結構
22.8 Ti質粒的接合
22.9 冠癭堿的攝取及代謝
22.10 自誘導/細胞密度感應
22.11 Ti質粒的復制
22.12 Ti質粒及染色體功能的協同進化
22.13 展望
參考文獻
第23章 抗藥性質粒
23.1 質粒分類
23.2 質粒介導的抗藥性機制
23.3 細菌病原體中抗生素抗性基因的進化和擴散
23.4 抗性質粒的全序列測定
參考文獻
第24章 pJM1和pColVK30：含細菌毒力必需的鐵攝取基因的質粒
24.1 鰻弧菌的pJM1系統(tǒng)
24.2 質粒介導的離子攝取系統(tǒng)的表達調控
24.3 pColVK30質粒介導的鐵攝取系統(tǒng)
24.4 氣桿菌素系統(tǒng)的分子流行病學
24.5 結論
參考文獻
第25章 細菌質粒的進化和群體遺傳學
25.1 作為完全自私元件的質粒
25.2 質粒給予宿主菌的好處
25.3 復雜和變化的群體有利于質粒的存在
25.4 產生多樣性的重組過程
25.5 細胞內競爭
25.6 結論
參考文獻
第26章 細菌的第二染色體和巨質粒
26.1 原核生物染色體
26.2 第二染色體、巨質粒和大質粒
26.3 巨質粒和大質粒
26.4 第二染色體和巨質粒的本質
26.5 代表性種屬的第二復制子
26.6 結論
參考文獻
第27章 基因克隆與表達的質粒載體
27.1 基因克隆載體
27.2 表達載體系統(tǒng)
27.3 基因表達載體元件
27.4 由質粒遞送的基因的表達
27.5 結論與發(fā)展趨勢
參考文獻
第28章 質粒是研究細菌基因功能的遺傳學工具
28.1 質粒是構建突變體的工具
28.2 質粒用于更多的反選擇策略
28.3 質粒系統(tǒng)用于捕捉啟動子
28.4 質粒是一種遞送工具
28.5 質粒用于各種遺傳學操作
28.6 質粒是基因組和亞基因組工程的工具
28.7 質粒用于體內克隆和修飾系統(tǒng)
28.8 質粒載體用于染色體整合
28.9 質粒重排用于基因功能分析
28.10 質粒在無抗性壓力下的維持
28.11 質粒是真核生物和病毒研究的工具
28.12 結論
參考文獻
第29章 質粒可以作為抑制工具
29.1 主動抑制：基本原理及報告元件
29.2 針對生物降解細菌的抑制策略
29.3 增強抑制的策略
29.4 主動抑制系統(tǒng)可作為應用和基礎研究的工具
29.5 結論與展望
參考文獻
索引