生物芯片技術(shù)與實踐

譯者序
前言和致謝
第一章 引言
1.1 技術(shù)介紹
1.2 發(fā)展概況
1.3 簡要概述
參考文獻
第二章 實驗設(shè)計基礎(chǔ)
2.1 生物芯片基因表達測量中的變異來源
2.2 對照和重復(fù)
2.3 實驗設(shè)計
2.4 小結(jié)
參考文獻
第三章 生物芯片的設(shè)計和制備
3.1 探針的選擇
3.2 cDNA和擴增產(chǎn)物探針
3.3 寡核苷酸探針
3.4 生物芯片的制備
3.5 小結(jié)
參考文獻
第四章 樣本收集和標(biāo)記
4.1 樣本收集和RNA提取
4.2 RNA的質(zhì)量評價
4.3 cDNA的合成
4.4 標(biāo)記方法
4.5 信號放大
4.6 RNA擴增
4.7 擴增方法的比較
4.8 熒光標(biāo)記樣本的質(zhì)量控制
4.9 小結(jié)
參考文獻
第五章 雜交和掃描
5.1 雜交
5.2 數(shù)據(jù)獲取
5.3 信號點定位
5.4 方法比較
5.5 數(shù)據(jù)提取
5.6 質(zhì)量控制基本要求
5.7 小結(jié)
參考文獻
第六章 數(shù)據(jù)預(yù)處理
6.1 預(yù)處理基本原理
6.2 系統(tǒng)誤差的來源
6.3 背景校正
6.4 數(shù)據(jù)過濾、標(biāo)記和加權(quán)
6.5 缺失值的處理
6.6 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換
6.7 空間效應(yīng)的處理
6.8 Print-Tip Group Loess歸一化
6.9 二維(2D)Loess
6.10 復(fù)合Loess歸一化
6.11 加權(quán)Loess歸一化
6.12 使用重復(fù)探針增強歸一化效果
6.13 “片間”歸一化
6.14 關(guān)于質(zhì)控的其他注意事項
6.15 生物芯片質(zhì)量控制協(xié)會(MAQC)
6.16 外源RNA對照協(xié)會(ERCC)
6.17 EMERALD協(xié)會
6.18 Affymetrix GeneChip數(shù)據(jù)的預(yù)處理
6.19 探針校正和整合
6.20 背景校正
6.21 歸一化
6.22 小結(jié)
參考文獻
第七章 差異表達
7.1 引言
7.2 統(tǒng)計學(xué)推斷
7.3 參數(shù)統(tǒng)計
7.4 生物芯片數(shù)據(jù)的線性模型(LIMMA)
7.5 非參數(shù)統(tǒng)計
7.6 基因-類別檢驗
7.7 小結(jié)
參考文獻
第八章 聚類和分類
8.1 引言
8.2 相似性度量
8.3 無監(jiān)督分析方法：聚類和分區(qū)
8.4 評價聚類質(zhì)量
8.5 維數(shù)減少
8.6 有監(jiān)督的方法
8.7 模型質(zhì)量評價
8.8 小結(jié)
參考文獻
第九章 生物芯片數(shù)據(jù)的存儲和數(shù)據(jù)倉
9.1 引言
9.2 ArrayExpress數(shù)據(jù)庫
9.3 Gene Expression Omnibus(GEO)
9.4 其他數(shù)據(jù)存儲和數(shù)據(jù)倉
9.5 小結(jié)
參考文獻
第十章 基因組芯片分析
10.1 基因組芯片
10.2 外顯子芯片
10.3 疊瓦芯片
10.4 擴增子及BAC芯片
10.5 寡核苷酸疊瓦芯片
10.6 疊瓦芯片的應(yīng)用
10.7 疊瓦芯片的分析
10.8 小結(jié)
參考文獻
第十一章 生物芯片技術(shù)在醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用
11.1 引言
11.2 病原體研究：瘧疾
11.3 人類疾病表達譜研究
11.4 比較基因組雜交芯片
11.5 SNPS和基因分型
11.6 小結(jié)
參考文獻
第十二章 其他種類的生物芯片技術(shù)
12.1 蛋白質(zhì)結(jié)合芯片
12.2 細(xì)胞和組織芯片
12.3 蛋白質(zhì)芯片
12.4 小結(jié)
參考文獻
第十三章 生物芯片的未來與展望
13.1 生物芯片技術(shù)
13.2 標(biāo)記和檢測技術(shù)
13.3 成像技術(shù)
13.4 分析技術(shù)
參考文獻
索引