生物信息學（第二版）

序
第二版前言
第一版前言

第一章 生物信息學的概念及其發(fā)展歷史
第一節(jié) 生物信息學的發(fā)展歷史
第二節(jié) 生物信息學的研究領(lǐng)域
第三節(jié) 生物信息學的主要應(yīng)用
第四節(jié) 生物信息學面臨的挑戰(zhàn)
思考題
參考文獻

第二章 生物學數(shù)據(jù)庫及其檢索
第一節(jié) 生物學數(shù)據(jù)庫簡介
第二節(jié) 生物學數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容與結(jié)構(gòu)
第三節(jié) 生物學數(shù)據(jù)庫的檢索
思考題
參考文獻

第三章 序列比對原理
第一節(jié) 序列比對相關(guān)概念
第二節(jié) 序列比對打分方法
第三節(jié) 序列比對算法
第四節(jié) 序列比對工具
第五節(jié) 多序列比對
思考題
參考文獻

第四章 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測與分析
第一節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)組織層次
第二節(jié) 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的測定與理論預測
第三節(jié) 蛋白質(zhì)對接
第四節(jié) 蛋白質(zhì)折疊與疾病
思考題
參考文獻

第五章 真核生物基因組的注釋
第一節(jié) 蛋白質(zhì)編碼基因的注釋
第二節(jié) RNA基因的注釋
第三節(jié) 重復序列的注釋
第四節(jié) 假基因的注釋
第五節(jié) 案例分析：黃瓜基因組的注釋
思考題
參考文獻

第六章 蛋白質(zhì)組學
第一節(jié) 蛋白質(zhì)組學概述
第二節(jié) 蛋白質(zhì)的大規(guī)模分離鑒定技術(shù)
第三節(jié) 蛋白質(zhì)的翻譯后修飾
第四節(jié) 蛋白質(zhì)分選
第五節(jié) 蛋白質(zhì)相互作用
思考題
參考文獻

第七章 系統(tǒng)生物學
第一節(jié) 系統(tǒng)生物學基本概念
第二節(jié) 系統(tǒng)生物學基本技術(shù)與方法
第三節(jié) 先進的成像技術(shù)
第四節(jié) 基因表達調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
第五節(jié) 代謝網(wǎng)絡(luò)
第六節(jié) 信號轉(zhuǎn)導途徑
第七節(jié) 蛋白質(zhì)一蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)
第八節(jié) 虛擬細胞
思考題
參考文獻

第八章 合成生物學
第一節(jié) 合成生物學概述
第二節(jié) 合成生物學基礎(chǔ)研究經(jīng)典實例
第三節(jié) 合成生物學應(yīng)用研究經(jīng)典實例
思考題
參考文獻

第九章 分子進化與系統(tǒng)發(fā)育
第一節(jié) 分子進化與系統(tǒng)發(fā)育
第二節(jié) 分子系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建方法
第三節(jié) 系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建及應(yīng)用
思考題
參考文獻

第十章 統(tǒng)計學習與推理
第一節(jié) 統(tǒng)計學習與推理基礎(chǔ)
第二節(jié) 統(tǒng)計模型與參數(shù)推斷
第三節(jié) 聚類分析、主成分分析與Fisher判別
第四節(jié) 貝葉斯推理
第五節(jié) 隱馬爾可夫模型
第六節(jié) 動態(tài)神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)
第七節(jié) 支持向量機
第八節(jié) MATLAB的應(yīng)用實例
思考題
參考文獻

第十一章 生物信息學編程基礎(chǔ)
第一節(jié) Linux操作系統(tǒng)
第二節(jié) 生物信息學中的編程語言
第三節(jié) SQL及數(shù)據(jù)庫編程
第四節(jié) 并行計算
思考題
參考文獻

第十二章 第二代測序技術(shù)及其應(yīng)用
第一節(jié) 測序技術(shù)概述
第二節(jié) 第二代測序原理
第三節(jié) 第二代測序技術(shù)的應(yīng)用
第四節(jié) 生物信息學在第二代測序中的應(yīng)用
思考題
參考文獻

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