分子生態(tài)學(xué)與數(shù)據(jù)分析基礎(chǔ)

前言
第一部分 分子生態(tài)學(xué)理論
第一章 分子生態(tài)與遺傳變異
第一節(jié) 遺傳變異的產(chǎn)生
第二節(jié) 分子標(biāo)記的種類
第三節(jié) 遺傳變異的衡量
第四節(jié) 遺傳變異的維持、喪失
第二章 分子生態(tài)學(xué)研究內(nèi)容
第一節(jié) 個體與物種區(qū)分、鑒定（差異與多樣性）
第二節(jié) 基因流和適應(yīng)
第三節(jié) 小種群
第二部分 分子生態(tài)數(shù)據(jù)獲得與分析——以微衛(wèi)星體分子標(biāo)記為例
第三章 分子遺傳標(biāo)記的獲得——微衛(wèi)星體
第一節(jié) 微衛(wèi)星體獲得：MsatCommander、inGAP、MicrotFamily和GelQuest軟件
第二節(jié) 微衛(wèi)星體數(shù)據(jù)初步整理分析：GenAlEx軟件及其遺傳多樣性大小衡量
第四章 遺傳變異狀況
第一節(jié) Hardy-Weinberg平衡檢測：Genepop、SGoF+軟件
第二節(jié) 連鎖不平衡檢測：Genepop軟件
第三節(jié) 等位基因豐富度比較：ADZE軟件
第五章 遺傳分化
第一節(jié) FST分析：Genetix軟件
第二節(jié) AMOVA分析：GenAIEx軟件
第六章 分組分析
第一節(jié) Structure軟件分析及CONVERT、Structure Harvester、CLUMPP軟件
第二節(jié) TESS軟件分析及PAST、TESS Ad-Mixer軟件
第七章 空間遺傳結(jié)構(gòu)分析
第一節(jié) sPCA分析
第二節(jié) Alleles in space和Surfer軟件
第三節(jié) 空間自相關(guān)分析：SPAGeDi軟件
第四節(jié) 空間遺傳結(jié)構(gòu)的異向性：PASSAGE軟件和R程序
第八章 景觀遺傳學(xué)分析
第一節(jié) 表面距離：ArcGIS軟件
第二節(jié) 加權(quán)線性距離、最小成本距離和阻抗距離：R程序
第三節(jié) Mantel test和Partial Mantel test：PASSaGE軟件
參考文獻(xiàn)