魚類基因組學及基因組育種技術

目錄
**章 魚類基因組及重要性狀相關功能基因研究進展概述 1
**節(jié) 引言 1
第二節(jié) 全基因組測序技術發(fā)展概述 1
第三節(jié) 魚類高密度遺傳連鎖圖譜構建研究進展概述 3
第四節(jié) 魚類物理圖譜構建研究進展概述 4
第五節(jié) 魚類全基因組測序與精細圖譜繪制研究進展概述 6
第六節(jié) 魚類基因組的特征 8
第七節(jié) 魚類基因組進化 9
第八節(jié) 魚類重要性狀相關功能基因篩選與克隆研究進展概述 16
參考文獻 25
第二章 半滑舌鰨基因組 36
**節(jié) 引言 36
第二節(jié) 半滑舌鰨高密度遺傳連鎖圖譜 37
第三節(jié) 半滑舌鰨BAC文庫與物理圖譜 42
第四節(jié) 半滑舌鰨全基因組測序與精細圖譜構建 43
第五節(jié) 半滑舌鰨功能基因注釋與基因家族 48
第六節(jié) 半滑舌鰨基因組與性染色體進化 51
第七節(jié) 半滑舌鰨轉錄組分析 56
第八節(jié) 半滑舌鰨生殖和生長相關基因的克隆與功能分析 60
第九節(jié) 半滑舌鰨性逆轉的表觀遺傳學調控機制 65
參考文獻 72
第三章 鯉基因組 78
**節(jié) 引言 78
第二節(jié) 鯉遺傳連鎖圖譜 79
第三節(jié) 鯉BAC文庫構建與物理圖譜 82
第四節(jié) 鯉全基因組組裝與注釋 95
第五節(jié) 鯉基因組進化 98
第六節(jié) 鯉遺傳多樣性分析 100
第七節(jié) 鯉SNP分型工具開發(fā) 102
第八節(jié) 重要經(jīng)濟性狀、數(shù)量性狀位點研究 104
第九節(jié) 鯉性狀解析及基因功能研究 106
第十節(jié) 總結和展望 110
參考文獻 111
第四章 草魚基因組 118
**節(jié) 引言 118
第二節(jié) 草魚高密度遺傳連鎖圖譜 119
第三節(jié) 草魚BAC文庫構建 132
第四節(jié) 草魚基因組組裝 135
第五節(jié) 草魚基因組注釋和基因進化 142
第六節(jié) 草魚食性轉變機制研究 153
參考文獻 158
第五章 大黃魚基因組 164
**節(jié) 引言 164
第二節(jié) 大黃魚BAC文庫構建與物理圖譜 165
第三節(jié) 大黃魚全基因組組裝與精細圖譜 167
第四節(jié) 大黃魚基因功能注釋與基因家族 170
第五節(jié) 大黃魚基因組進化分析 171
第六節(jié) 大黃魚免疫性狀的基因組特征 178
第七節(jié) 大黃魚對環(huán)境脅迫的適應性機制研究 181
第八節(jié) 大黃魚高密度遺傳連鎖圖譜和染色體圖譜 191
參考文獻 196
第六章 菊黃東方鲀基因組 198
**節(jié) 引言 198
第二節(jié) 菊黃東方鲀?nèi)蚪M測序與組裝 202
第三節(jié) 菊黃東方鲀基因組結構特征 206
第四節(jié) 菊黃東方鲀功能基因注釋與基因家族 211
第五節(jié) 菊黃東方鲀基因組進化 216
參考文獻 218
第七章 牙鲆基因組 222
**節(jié) 引言 222
第二節(jié) 牙鲆高密度遺傳連鎖圖譜 223
第三節(jié) 牙鲆BAC文庫構建及其應用 228
第四節(jié) 牙鲆全基因組測序與精細圖譜繪制 231
第五節(jié) 牙鲆基因組結構和功能注釋 234
第六節(jié) 牙鲆基因家族及其進化 238
第七節(jié) 牙鲆體色不對稱的分子機制 241
參考文獻 246
第八章 金線鲃基因組 250
**節(jié) 引言 250
第二節(jié) 金線鲃全基因組測序與組裝 251
第三節(jié) 金線鲃基因組特征與進化 256
第四節(jié) 金線鲃比較基因組學研究與轉錄組分析 258
第五節(jié) 總結與展望 262
參考文獻 263
第九章 魚基因組 266
**節(jié) 引言 266
第二節(jié) 鮸魚全長cDNA文庫和轉錄組文庫測序 267
第三節(jié) 鮸魚全基因組測序與組裝 270
第四節(jié) 鮸魚基因組特征與注釋 276
第五節(jié) 鮸魚系統(tǒng)發(fā)生與基因組進化 285
第六節(jié) 鮸魚免疫系統(tǒng)特征 291
第七節(jié) 鮸魚對生境的感官適應 296
參考文獻 309
第十章 大菱鲆基因組 315
**節(jié) 引言 315
第二節(jié) 大菱鲆分子標記開發(fā)與高密度遺傳連鎖圖譜構建 316
第三節(jié) 大菱鲆性別相關分子標記的篩選與鑒定 318
第四節(jié) 大菱鲆cDNA文庫構建與功能基因發(fā)掘概述 320
第五節(jié) 大菱鲆BAC文庫構建與染色體FISH定位 322
第六節(jié) 大菱鲆全基因組測序及精細圖譜繪制與分析 325
參考文獻 330
第十一章 龍魚基因組 334
**節(jié) 引言 334
第二節(jié) 金龍魚高密度遺傳連鎖圖譜構建 335
第三節(jié) 龍魚全基因組測序與組裝 339
第四節(jié) 龍魚基因組特征與進化 345
第五節(jié) 龍魚轉錄組分析 348
第六節(jié) 金龍魚性別決定及候選調控基因dmrt3a 350
第七節(jié) 總結與展望 351
參考文獻 353
第十二章 魚類性別決定基因各論 356
**節(jié) 引言 356
第二節(jié) 半滑舌鰨雄性決定基因dmrt1 357
第三節(jié) 羅非魚雄性決定基因amhy/amhrⅡ 363
第四節(jié) 青鳉雄性決定基因DMY 369
第五節(jié) 青鳉雄性決定基因gsdf 374
第六節(jié) 虹鱒雄性決定基因sdy 381
第七節(jié) 紅鰭東方鲀性別決定基因amhr2 384
第八節(jié) 銀漢魚雄性決定基因amhy 388
參考文獻 391
第十三章 魚類抗病免疫相關基因各論 396
**節(jié) 引言 396
第二節(jié) 魚類抗菌肽基因 396
第三節(jié) 魚類主要組織相容性復合體（MHC）基因 403
第四節(jié) 魚類天然抗性相關巨噬蛋白（Nramp）基因 410
第五節(jié) 魚類趨化因子基因 414
第六節(jié) 魚類溶菌酶基因 424
第七節(jié) 魚類自然殺傷細胞增強因子（NKEF）基因 429
第八節(jié) 魚類STAT3和STAT2基因 433
第九節(jié) 魚類GRIM19基因 439
第十節(jié) 魚類Akirin基因 446
參考文獻 451
第十四章 魚類低溫適應的分子機制 461
**節(jié) 引言 461
第二節(jié) 極地低溫適應魚類基因組和轉錄組的特征 461
第三節(jié) 魚類低溫響應的基因調控網(wǎng)絡 466
第四節(jié) 魚類抗凍蛋白基因的起源及對其低溫適應功能的再認識 470
第五節(jié) **低溫環(huán)境下魚類基因丟失與血液發(fā)生系統(tǒng)的分子進化 471
參考文獻 473
第十五章 比目魚類變態(tài)的分子基礎 476
**節(jié) 引言 476
第二節(jié) 調控牙鲆眼睛移動的分子基礎 481
第三節(jié) 調控牙鲆額骨變形的分子基礎 490
第四節(jié) 調控牙鲆背鰭冠狀幼鰭發(fā)生的分子基礎 499
第五節(jié) 變態(tài)過程中甲狀腺激素調控比目魚類體型變化 504
參考文獻 512
第十六章 淡水養(yǎng)殖魚類基因組編輯技術的建立與應用 518
**節(jié) 引言 518
第二節(jié) 基因組編輯原理 519
第三節(jié) 淡水養(yǎng)殖魚類基因組編輯 525
第四節(jié) 基因組編輯技術在羅非魚性別控制中的應用 530
第五節(jié) 基因組編輯技術在魚類遺傳改良和育種中的應用前景 538
參考文獻 540
第十七章 海水養(yǎng)殖魚類基因組編輯技術的建立與應用 545
**節(jié) 引言 545
第二節(jié) 海洋模式動物基因組編輯技術研究進展概述 546
第三節(jié) 海水鲆鰈魚類胚胎顯微注射技術 546
第四節(jié) 海水鲆鰈魚類基因組編輯技術的建立與應用 549
第五節(jié) 基因組編輯技術在海水魚類遺傳改良中的應用 561
參考文獻 562
第十八章 鲆鰈魚類全基因組選擇育種技術的建立與應用 564
**節(jié) 引言 564
第二節(jié) 全基因組選擇的基本原理 566
第三節(jié) 魚類全基因組選擇SNP遺傳效應及基因組育種值的預測方法 567
第四節(jié) 牙鲆全基因組選擇技術的建立及‘鲆優(yōu)2號’良種的創(chuàng)制 569
第五節(jié) 半滑舌鰨抗病性狀的全基因組選擇技術 580
參考文獻 587
第十九章 魚類基因組及其育種技術的發(fā)展戰(zhàn)略與建議 589
**節(jié) 魚類基因組及其育種技術研究存在的主要問題 589
第二節(jié) 發(fā)展戰(zhàn)略與關鍵技術 591
第三節(jié) 重點科研計劃項目建議 592
第四節(jié) 展望 594
參考文獻 595
附錄1 縮略詞 596
附錄2 基因/蛋白質名稱 601