駱駝基因組學(xué)研究

第1章 引言
1．1 研究背景和意義
1．2 國內(nèi)外研究進展
1．2．1 駱駝科動物的進化
1．2．2 現(xiàn)存駱駝科動物的生物學(xué)特性
1．2．3 生物信息學(xué)及其發(fā)展歷史
1．2．4 基因組測序技術(shù)
1．3 研究內(nèi)容
第2章 駱駝科動物全基因組序列的測序與組裝
2．1 材料與方法
2．1．1 試驗材料
2．1．2 DNA提取及檢測
2．1．3 基因組測序
2．1．4 測序數(shù)據(jù)過濾
2．1．5 K-mer分析估計基因組大小
2．1．6 小片段數(shù)據(jù)糾錯
2．1．7 駱駝科動物基因組的組裝
2．1．8 駱駝科動物基因組的測序效果評價
2．2 結(jié)果與分析
2．2．1 DNA樣品檢測結(jié)果
2．2．2 基因組測序結(jié)果
2．2．3 測序數(shù)據(jù)過濾結(jié)果
2．2．4 K-mer分析估計基因組大小的結(jié)果
2．2．5 小片段數(shù)據(jù)糾錯的結(jié)果
2．2．6 3個駱駝科動物基因組的組裝結(jié)果
2．2．7 3個駱駝科動物基因組的組裝后基因組分析
2．3 討論
2．3．1 測序物種的選擇
2．3．2 測序平臺與策略
2．3．3 基因組大小的估計
2．3．4 基因組的組裝指標(biāo)
2．4 本章小結(jié)
第3章 駱駝科動物的基因組注釋
3．1 材料與方法
3．1．1 試驗材料
3．1．2 重復(fù)序列注釋
3．1．3 基因預(yù)測
3．1．4 功能注釋
3．1．5 ncRNA注釋
3．1．6 基因集評估
3．1．7 直系同源關(guān)系分析
3．2 結(jié)果與分析
3．2．1 重復(fù)序列注釋統(tǒng)計結(jié)果
3．2．2 基因預(yù)測統(tǒng)計結(jié)果
3．2．3 功能注釋統(tǒng)計結(jié)果
3．2．4 ncRNA注釋統(tǒng)計結(jié)果
3．2．5 基因集評估統(tǒng)計結(jié)果
3．2．6 直系同源關(guān)系分析結(jié)果
3．3 討論
3．3．1 駱駝科動物基因組重復(fù)序列的注釋
3．3．2 駱駝科動物基因組基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測
3．3．3 駱駝科動物基因組基因功能和非編碼RNA的注釋
3．4 本章小結(jié)
第4章 駱駝科動物基因組進化分析
4．1 材料與方法
4．1．1 試驗材料
4．1．2 共線性鑒定
4．1．3 片段復(fù)制分析
4．1．4 基因家族聚類分析
4．1．5 物種進化樹的構(gòu)建
4．1．6 物種分歧時間的計算
4．1．7 分支特異性Ka/Ks率計算
4．1．8 SNP判讀和分布比較分析
4．1．9 群體歷史重建
4．2 結(jié)果與分析
4．2．1 共線性鑒定結(jié)果
4．2．2 片段復(fù)制分析結(jié)果
4．2．3 基因家族聚類分析結(jié)果
4．2．4 物種進化樹的構(gòu)建結(jié)果
4．2．5 物種分歧時間的計算結(jié)果
4．2．6 分支特異性Ka/Ks率計算結(jié)果
4．2．7 SNP判讀和分布比較分析結(jié)果
4．2．8 群體歷史重建結(jié)果
4．3 討論
4．3．1 駱駝科動物基因組的共線性與片段復(fù)制
4．3．2 駱駝科動物進化關(guān)系和分歧時間推算
4．3．3 駱駝科動物的選擇壓力
4．3．4 駱駝科動物的群體歷史規(guī)模的變化
4．4 本章小結(jié)
第5章 駱駝沙漠適應(yīng)性的比較基因組學(xué)分析
5．1 材料與方法
5．1．1 試驗材料
5．1．2 基因家族收縮擴張分析
5．1．3 正選擇分析
5．1．4 包含特異氨基酸變異的蛋白篩查
5．1．5 基因獲得和缺失
5．1．6 快速進化
5．2 結(jié)果與分析
5．2．1 基因家族收縮擴張分析結(jié)果
5．2．2 正選擇分析結(jié)果
5．2．3 包含特異氨基酸變異的蛋白篩查結(jié)果
5．2．4 基因獲得和缺失結(jié)果
5．2．5 快速進化基因結(jié)果
5．3 討論
5．3．1 駱駝能量代謝
5．3．2 駱駝應(yīng)激能力
5．3．3 駱駝對沙塵和日照的適應(yīng)性
5．3．4 駱駝對缺水的適應(yīng)性
5．4 本章小結(jié)
第6章 雙峰駝腎臟的轉(zhuǎn)錄組分析
6．1 材料與方法
6．1．1 試驗材料及試驗處理
6．1．2 RNA提取及檢測
6．1．3 RNA樣品處理與測序
6．1．4 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)過濾
6．1．5 基因表達水平計算
6．1．6 差異表達基因篩選
6．1．7 差異表達基因的GO功能顯著性富集分析
6．1．8 差異表達基因的通路顯著性富集分析
6．2 結(jié)果與分析
6．2．1 RNA提取檢測結(jié)果
6．2．2 轉(zhuǎn)錄組測序的堿基組成和堿基質(zhì)量分析結(jié)果
6．2．3 雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基本分析結(jié)果
6．2．4 雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基因表達注釋結(jié)果
6．2．5 雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組基因差異表達分析結(jié)果
6．2．6 雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組差異表達基因的GO分析結(jié)果
6．2．7 雙峰駝腎臟轉(zhuǎn)錄組差異表達基因的通路富集分析結(jié)果
6．3 討論
6．3．1 駱駝腎臟鈉重吸收相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄特點
6．3．2 駱駝腎臟水孔蛋白基因家族轉(zhuǎn)錄特點
6．3．3 駱駝腎臟的高滲調(diào)節(jié)特點
6．3．4 駱駝腎髓質(zhì)有機適應(yīng)性滲透物的調(diào)節(jié)
6．3．5 駱駝腎髓質(zhì)的滲透調(diào)節(jié)與血糖
6．3．6 駱駝腎髓質(zhì)的滲透保護
6．4 本章小結(jié)
第7章 全書總結(jié)
7．1 全書結(jié)論
7．2 研究創(chuàng)新點
7．3 有待進一步研究的內(nèi)容
7．3．1 基因組組裝版本的更新
7．3．2 基因組注釋工作的完善
7．3．3 駱駝科動物進化基因的研究
7．3．4 駱駝腎臟生理的分子和細(xì)胞學(xué)研究
縮略詞表
附錄
參考文獻