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蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)建模及預(yù)測

定　價：￥88.00

作　者：	彭小清著
出版社：	電子工業(yè)出版社
叢編項(xiàng)：
標(biāo)　簽：	暫缺

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ISBN：	9787121398353	出版時間：	2021-01-01	包裝：	平裝
開本：	16開	頁數(shù)：	210	字?jǐn)?shù)：

內(nèi)容簡介

　　蛋白質(zhì)組學(xué)是當(dāng)前生命科學(xué)的新前沿，通過研究蛋白質(zhì)的功能、結(jié)構(gòu)、相互作用來系統(tǒng)地分析蛋白質(zhì)，進(jìn)而分析生命活動，成為熱點(diǎn)的研究問題之一。尤其是，從蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中進(jìn)行多物種的關(guān)鍵蛋白識別、蛋白質(zhì)復(fù)合物挖掘、以及蛋白質(zhì)功能預(yù)測，對揭示蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的組成結(jié)構(gòu)、預(yù)測蛋白質(zhì)功能、解釋特定的生物進(jìn)程具有重要的研究意義。本書一方面講述利用蛋白質(zhì)活性的動態(tài)性、蛋白質(zhì)的亞細(xì)胞定位信息，構(gòu)建精準(zhǔn)的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的方法。另一方面，以此為基礎(chǔ)，講述從新的角度研究生物信息學(xué)中與蛋白質(zhì)相關(guān)的幾個重要問題，其中包括適用于多物種的關(guān)鍵蛋白識別、蛋白質(zhì)復(fù)合物挖掘、以及蛋白質(zhì)功能預(yù)測。

作者簡介

　　彭小清，女，博士，副教授，中國計算機(jī)學(xué)會生物信息專委會委員。近年來在國際重要學(xué)術(shù)期刊Briefings in Bioinformatics，Proteomics， BMC Bioinformatics，BMC System Biology， Plos One， Journal of Theoretical Biology， Tsinghua Science and Technology和本領(lǐng)域主要國際會議IEEE International Conference in Bioinformatics and Biomedicine （BIBM）上發(fā)表文章十余篇。

圖書目錄

第一部分基礎(chǔ)篇
第1章緒論（2）
1．1 蛋白質(zhì)相互作用（3）
1．2 蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （7）
1．3 關(guān)鍵蛋白質(zhì) （8）
1．4 蛋白質(zhì)復(fù)合物（9）
1．5 蛋白質(zhì)功能（10）
1．6 本書的主要內(nèi)容和組織結(jié)構(gòu) （11）
第二部分蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)篇
第2章蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究現(xiàn)狀（15）
2．1 基于蛋白質(zhì)表達(dá)動態(tài)性的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （16）
2．2 基于多狀態(tài)下表達(dá)及相關(guān)性變化的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （20）
第3章動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建方法（23）
3．1 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建方法（24）
3．1．1 3-sigma準(zhǔn)則（24）
3．1．2 活性蛋白質(zhì)的識別（24）
3．1．3 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建（26）
3．2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析（28）
3．2．1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) （28）
3．2．2 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（28）
3．2．3 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物比較（29）
3．2．4 算法的特異性、敏感性和綜合指標(biāo) （30）
3．2．5 功能富集性分析與算法精度分析（32）
3．2．6 蛋白質(zhì)復(fù)合物完美匹配分析（35）
3．3 本章小結(jié) （36）
第4章亞細(xì)胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建（37）
4．1 亞細(xì)胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （39）
4．2 加權(quán)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò) （40）
4．2．1 亞細(xì)胞區(qū)間重要性的評估（40）
4．2．2 蛋白質(zhì)相互作用重要性的計算（41）
4．3 本章小結(jié) （41）
第三部分蛋白質(zhì)復(fù)合物識別篇
第5章蛋白質(zhì)復(fù)合物識別的相關(guān)研究（44）
5．1 基于密度和局部搜索的算法（45）
5．2 基于層次聚類的算法（47）
5．3 交疊復(fù)合物挖掘的算法（49）
5．4 融合多元數(shù)據(jù)的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別（51）
5．5 動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)中的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別（52）
第6章基于蛋白質(zhì)復(fù)合物形成機(jī)制與蛋白質(zhì)活性的蛋白質(zhì)
復(fù)合物提煉方法（54）
6．1 蛋白質(zhì)復(fù)合物的形成機(jī)制以及內(nèi)部活性特征（54）
6．2 蛋白質(zhì)復(fù)合物提煉方法（55）
6．2．1 方法框架（55）
6．2．2 蛋白質(zhì)復(fù)合物的分割（56）
6．2．3 蛋白質(zhì)復(fù)合物的組裝（58）
6．3 實(shí)驗(yàn)與分析（60）
6．3．1 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物的比較（61）
6．3．2 算法的特異性、敏感性和綜合指標(biāo) （64）
6．3．3 真陽性的提高（66）
6．3．4 參數(shù)分析（68）
6．4 本章小結(jié) （69）
第7章融合蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位信息的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別（71）
7．1 密度-擴(kuò)散中心性（71）
7．2 中心性得分的冪律分布檢驗(yàn) （72）
7．3 基于冪律分布的雙層聚類算法（74）
7．4 實(shí)驗(yàn)與分析（78）
7．4．1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) （79）
7．4．2 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物的比較（80）
7．4．3 算法的特異性、敏感性和綜合指標(biāo) （82）
7．4．4 完美匹配分布（84）
7．5 討論（85）
7．5．1 參數(shù)分析（85）
7．5．2 不同中心性方法對PLCluster算法預(yù)測效果的影響（86）
7．5．3 基于亞細(xì)胞定位信息的蛋白質(zhì)復(fù)合物過濾及比較（88）
7．6 本章小結(jié) （90）
第8章基于k層網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別研究（91）
8．1 概述（91）
8．2 基于k層網(wǎng)絡(luò)的蛋白質(zhì)復(fù)合物識別算法（92）
8．2．1 基于k-means聚類的網(wǎng)絡(luò)分層算法（93）
8．2．2 識別每層子網(wǎng)中的蛋白質(zhì)復(fù)合物（94）
8．2．3 識別跨越兩個子網(wǎng)的蛋白質(zhì)復(fù)合物（94）
8．2．4 基于亞細(xì)胞定位信息的蛋白質(zhì)復(fù)合物過濾（95）
8．3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析（95）
8．3．1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) （96）
8．3．2 參數(shù)影響分析（97）
8．3．3 與已知蛋白質(zhì)復(fù)合物的比較（100）
8．3．4 完美匹配分布（102）
8．4 討論（103）
8．5 本章小結(jié) （104）
第四部分關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別篇
第9章關(guān)鍵蛋白質(zhì)研究現(xiàn)狀（107）
9．1 基于拓?fù)涮匦缘年P(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法（107）
9．2 融合其他生物信息的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法（108）
第10章基于亞細(xì)胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別（110）
10．1 基于亞細(xì)胞區(qū)間蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法（110）
10．1．1 方法框架（110）
10．1．2 亞細(xì)胞區(qū)間特異性中心性得分（112）
10．2 評價指標(biāo) （113）
10．2．1 比較排序后的前c%的蛋白質(zhì) （114）
10．2．2 比較多物種的平均準(zhǔn)確度（115）
10．3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果（115）
10．3．1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) （115）
10．3．2 酵母數(shù)據(jù) （116）
10．3．3 人類數(shù)據(jù) （118）
10．3．4 小鼠數(shù)據(jù) （120）
10．3．5 果蠅數(shù)據(jù) （122）
10．3．6 平均準(zhǔn)確度（AKAcc）（124）
10．4 討論（125）
10．4．1 全局蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)和PSLIN的不同預(yù)測（126）
10．4．2 中心性方法在PSLIN上的局限性（127）
10．4．3 不同PSLIN上計算的中心性得分具有不同的可靠性（128）
10．5 本章小結(jié) （130）
第11章基于亞細(xì)胞區(qū)間重要性的關(guān)鍵蛋白質(zhì)識別方法（131）
11．1 基于亞細(xì)胞區(qū)間重要性的中心性方法（131）
11．1．1 亞細(xì)胞區(qū)間重要性的評估和蛋白質(zhì)相互作用
重要性的計算（132）
11．1．2 基于亞細(xì)胞區(qū)間重要性的中心性方法（133）
11．2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果（134）
11．2．1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) （134）
11．2．2 比較排序后的前c%的蛋白質(zhì) （135）
11．2．3 折刀曲線（140）
11．2．4 ROC曲線（141）
11．3 本章小結(jié) （143）
第五部分蛋白質(zhì)功能預(yù)測篇
第12章蛋白質(zhì)功能預(yù)測研究現(xiàn)狀（145）
12．1 蛋白質(zhì)功能預(yù)測的重要性（145）
12．2 預(yù)測蛋白質(zhì)功能的難點(diǎn) （146）
12．3 蛋白質(zhì)功能預(yù)測問題（147）
12．4 蛋白質(zhì)功能預(yù)測研究現(xiàn)狀（149）
12．5 蛋白質(zhì)功能預(yù)測的評價方法（150）
第13章融合蛋白質(zhì)亞細(xì)胞定位信息的蛋白質(zhì)功能預(yù)測（153）
13．1 引言（153）
13．2 蛋白質(zhì)功能預(yù)測方法LSDC （154）
13．2．1 蛋白質(zhì)協(xié)同功能推斷（155）
13．2．2 序列相似性功能推斷（157）
13．2．3 結(jié)構(gòu)域相似性功能推斷（158）
13．2．4 綜合功能集合及各項(xiàng)功能的可靠性得分（159）
13．3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果（161）
13．3．1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù) （161）
13．3．2 實(shí)驗(yàn)過程（164）
13．4 本章小結(jié) （168）
第六部分展望篇
第14章蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)研究的挑戰(zhàn)與機(jī)遇（170）
14．1 識別可靠的PPI面臨的挑戰(zhàn) （170）
14．2 特定上下文的動態(tài)蛋白質(zhì)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建（173）
14．3 整合組學(xué)中的蛋白質(zhì)相互作用（174）
參考文獻(xiàn) （176）