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內(nèi)容簡介

　　《Olex2軟件單晶結(jié)構(gòu)解析及晶體可視化》介紹單晶解析基礎(chǔ)理論，應用圖形界面化程序Olex2 為平臺，解析單晶結(jié)構(gòu)。運用包括最通用和經(jīng)典的 Direct Methods，Patterson Method 兩種算法，以及新發(fā)展的 Charge Flipping，Intrinsic Phasing，Structure Expansion 和 Dual Space 算法，展示新算法在解析結(jié)構(gòu)方面的優(yōu)勢。并進一步提供同步輻射測試數(shù)據(jù)以及不同衍射儀原始圖片數(shù)據(jù)還原的處理方法。介紹基于 olex2 插件包括 drawplus，reportplus等的使用，逐步實現(xiàn)晶體的解析各種晶體學信息的提取及自動生成發(fā)表文章所需要的各種表格及數(shù)據(jù)。提供實例講解解析晶體結(jié)構(gòu)的完整過程。

作者簡介

　　魏永革，北京大學化學系理學博士，美國密蘇里大學-堪薩斯城分校化學系博士后，現(xiàn)任清華大學化學系教授、博士生導師，國家杰出青年基金獲得者。曾兼任中國晶體學會理事、中國晶體學會小分子專業(yè)委員會委員。主要從事多金屬氧簇的合成、結(jié)構(gòu)與化學修飾、多金屬氧簇有機衍生物化學、多金屬氧簇的可控分子組裝與超分子自組裝、分子磁學與分子基磁性材料、光電活性的有機/無機雜化分子材料等研究。主持完成國家自然科學基金重大研究計劃培育項目“多金屬氧簇亞胺雜化分子光電轉(zhuǎn)換晶態(tài)材料的設(shè)計合成與性能研究”，國家自然科學基金杰出青年科學基金項目“多金屬氧簇及其有機衍生物化學”、國家自然科學基金面上項目“Anderson型多金屬氧簇的不對稱修飾及可控組裝研究”、“有機無機雜化的新穎手性多金屬氧簇材料的設(shè)計合成與性能研究”、“多金屬氧簇脂肪亞胺衍生物與多金屬氧簇簇促進的碳氫鍵活化和官能團化”、“多金屬氧簇納米簇與金屬納米簇的合成、結(jié)構(gòu)、組裝與性能”等5項，國家自然科學青年基金項目“多金屬氧簇類化合物的化學修飾-多鉬-氧簇的氮配體官能團化”等。發(fā)表SCI收錄論文150余篇，獲得授權(quán)發(fā)明專利10余項。

圖書目錄

第1章 Olex2軟件的介紹、配置、優(yōu)缺點及引用 1
1.1 Olex2軟件的介紹 2
1.2 Olex2的配置 2
1.3 Olex2的圖形化界面及各個選項卡和按鈕的作用 3
1.4 Olex2基本操作 13
1.5 Olex2的優(yōu)缺點 15
1.6 Olex2的引用 16
1.7 Olex2 的更新 16

第2章單晶衍射點數(shù)據(jù)APEX3與CrysAlisPro還原流程 17
2.1 APEX3數(shù)據(jù)還原過程 18
2.2 CrysAlispro數(shù)據(jù)還原過程 28

第3章 Olex2軟件單晶結(jié)構(gòu)解析整體流程 43
3.1 建立文件夾，運行XPREP程序 44
3.2 利用Solve進行初解結(jié)構(gòu) 49
3.3 利用Refine進行結(jié)構(gòu)精修 52
3.4 給原子進行編號、排序 54
3.5 原子加氫 55
3.6 精修權(quán)重 57
3.7 解析的合理性 58
3.8 生成cif文件及檢測cif文件 59
3.9 產(chǎn)生結(jié)構(gòu)信息報告 61
3.10 總結(jié) 62

第4章解析實例 63
4.1 利用Solve-ShelXS中的重原子法Patterson Method進行解析 64
4.2 置換無序處理 79
4.3 手性晶體絕對構(gòu)型的確定與翻轉(zhuǎn) 91
4.4 孿晶及孿晶矩陣拆分 99
4.5 無序的處理及限制命令的應用 108
4.6 晶體空間群變換及對稱性檢查 115

第5章 cif文件的詳細解析、檢測及CCDC號的申請 123
5.1 cif格式詳細講解 124
5.2 cif文件的檢測 133
5.3 cif檢測出現(xiàn)的A、B等類警告的講解 136
5.4 一些常見A類警告及解決辦法 140
5.5 CCDC號的申請 143
5.6 CCDC、ICSD的使用 149

第6章晶體結(jié)構(gòu)畫圖 157
6.1 ShelXTL軟件畫圖 158
6.2 Diamond軟件畫圖 170
6.3 Mercury軟件畫圖 175

第7章三維拓撲結(jié)構(gòu)分析 177
7.1 [Ln(H2O)7][Ln(H2O)5][Co2Mo10H4O38]拓撲結(jié)構(gòu)分析 178
7.2 (C2N2H10)2[Sr(H2O)5][Co2Mo10H4O38]·2H2O拓撲結(jié)構(gòu)分析 186
7.3 (C2N2H10)2[Ba(H2O)3][Co2Mo10H4O38]·3H2O拓撲結(jié)構(gòu)分析 191

參考文獻 198