紫膠蟲(chóng)的遺傳與進(jìn)化

目錄
第1章概述1
1.1紫膠與紫膠蟲(chóng)1
1.2紫膠蟲(chóng)的生活史2
1.3紫膠的理化性質(zhì)2
1.4紫膠蟲(chóng)的泌膠特性3
1.5紫膠的經(jīng)濟(jì)價(jià)值4
1.6紫膠的生態(tài)價(jià)值6
參考文獻(xiàn)7
第2章紫膠蟲(chóng)的形態(tài)特征和支序進(jìn)化8
2.1紫膠蟲(chóng)的形態(tài)分類(lèi)特征9
2.1.1分類(lèi)特征的確定9
2.1.2形態(tài)特征的觀察與測(cè)量10
2.1.3所選特征性狀的極性確定11
2.1.4外類(lèi)群的選擇11
2.2紫膠蟲(chóng)形態(tài)特征圖與顯微測(cè)量12
2.2.1紫膠蚧Kerria lacca(Kerr)12
2.2.2普薩紫膠蟲(chóng)Kerria pusana(Misra)12
2.2.3尼泊爾紫膠蟲(chóng)Kerria nepalensis Varshney14
2.2.4田紫膠蟲(chóng)Kerria ruralis Wang15
2.2.5信德紫膠蟲(chóng)Kerria sindica(Mahdihassan)16
2.2.6中華紫膠蟲(chóng)Kerria chinensis(Mahdihassan)17
2.2.7云南紫膠蟲(chóng)Kerria yunnanensis Ou et Hong18
2.3紫膠蟲(chóng)支序進(jìn)化分析19
2.3.1紫膠蟲(chóng)的形態(tài)特征測(cè)量19
2.3.2極性賦值20
2.3.3數(shù)據(jù)矩陣21
2.3.4紫膠蟲(chóng)的支序進(jìn)化分析21
2.3.5紫膠蟲(chóng)形態(tài)特征與生態(tài)適應(yīng)性23
參考文獻(xiàn)25
第3章紫膠蟲(chóng)的染色體核型進(jìn)化分析26
3.1紫膠蟲(chóng)染色體的二倍體數(shù)目27
3.2染色體大小28
3.3紫膠蟲(chóng)主要種類(lèi)核型比較29
3.3.1中華紫膠蟲(chóng)Kerria chinensis(Mahdihassan)30
3.3.2云南紫膠蟲(chóng)Kerria yunnanensis Ou et Hong31
3.3.3紫膠蚧Kerria lacca(Kerr)32
3.3.4田紫膠蟲(chóng)Kerria ruralis Wang33
3.3.5普薩紫膠蟲(chóng)Kerria pusana(Misra)35
3.3.6尼泊爾紫膠蟲(chóng)Kerria nepalensis Varshney36
3.3.7信德紫膠蟲(chóng)Kerria sindica(Mahdihassan)37
3.4田紫膠蟲(chóng)紅、黃兩種色型的染色體比較38
3.4.1染色體形狀與數(shù)量38
3.4.2核型分析對(duì)比39
3.5種間核型比較與親緣關(guān)系42
3.6紫膠蟲(chóng)的核型似近系數(shù)聚類(lèi)分析結(jié)果44
3.7核型進(jìn)化47
3.8核型與產(chǎn)膠質(zhì)量的關(guān)系48
參考文獻(xiàn)49
第4章紫膠蟲(chóng)全基因組掃描51
4.1DNA建庫(kù)52
4.2測(cè)序深度53
4.3測(cè)序質(zhì)量評(píng)估53
4.4K-mer分析55
4.5基因組組裝56
4.6GC含量分布57
4.7結(jié)論58
參考文獻(xiàn)58
第5章紫膠蟲(chóng)分子進(jìn)化分析60
5.1基因測(cè)序63
5.2序列堿基組成和特征64
5.3基于核糖體28SrRNA數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析67
5.4基于核基因EF1α數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析68
5.5基于合并數(shù)據(jù)的系統(tǒng)發(fā)育分析70
5.6親緣關(guān)系分析71
參考文獻(xiàn)74
第6章紫膠蟲(chóng)生物地理學(xué)分析76
6.1不同地理種群DNA保存與多基因測(cè)序76
6.2序列特征78
6.3基于多基因序列獨(dú)立及聯(lián)合構(gòu)建系統(tǒng)樹(shù)78
6.3.1基于EF1α基因系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析79
6.3.2基于28SrRNA基因系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析80
6.3.3多基因聯(lián)合序列系統(tǒng)樹(shù)建立81
6.4中國(guó)特有種分類(lèi)地位確定84
6.5生物地理學(xué)分析84
參考文獻(xiàn)89
第7章紫膠合成通路關(guān)鍵基因及其表達(dá)規(guī)律分析91
7.1個(gè)體泌膠速率91
7.2轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析策略92
7.3高通量測(cè)序和組裝93
7.4轉(zhuǎn)錄組注釋94
7.5GO、KEGG、KOG注釋結(jié)果95
7.6差異基因表達(dá)分析98
7.6.1蛋白質(zhì)代謝99
7.6.2物質(zhì)代謝途徑101
7.6.3非中樞代謝途徑102
7.6.4參與泌膠的候選基因102
7.7差異表達(dá)基因的熒光定量PCR驗(yàn)證104
參考文獻(xiàn)107