基于高通量測序的基因組分析

目錄
第一章　Linux系統(tǒng)安裝　1
第二章　Linux基本命令　6
第三章　高通量測序數(shù)據(jù)的常見格式　12
第四章　基因組組裝　15
第一節(jié)　基因組大小估測 　15
第二節(jié)　基于PacBio HiFi模式測序數(shù)據(jù)的基因組組裝　21
第三節(jié)　基于PacBio CLR模式測序數(shù)據(jù)的基因組組裝　27
第四節(jié)　基于Nanopore測序數(shù)據(jù)的基因組組裝　30
第五節(jié)　去除基因組中的冗余序列　37
第六節(jié)　Hi-C組裝　47
第五章　重復(fù)序列查找　66
第六章　基因預(yù)測　72
第七章　基因家族擴張和收縮 　82
第八章　物種歷史動態(tài)　100
第九章　群體重測序個體的SNP查找　110
第十章　遺傳多樣性參數(shù)計算　124
第十一章　受選擇作用的SNP位點　129
第一節(jié)　PCAdapt分析　129
第二節(jié)　BayPass分析　135
第三節(jié)　合并PCAdapt和BayPass結(jié)果　140
第十二章　遺傳結(jié)構(gòu)分析　144
第一節(jié)　PCA分析　144
第二節(jié)　Admixture分析　146