甘蔗分子生物學實驗技術

前言
第一章 常用分子生物學實驗技術
第一節(jié) 常用菌株和質(zhì)粒
第二節(jié) 常用培養(yǎng)基
一、根癌農(nóng)桿菌培養(yǎng)基
二、大腸桿菌培養(yǎng)基
三、SOC培養(yǎng)基
四、MS（Murashige and Skoog）培養(yǎng)基
第三節(jié) 常用抗生素
第四節(jié) 常用溶液與緩沖液
第五節(jié) 常用微生物學實驗方法
一、常用菌株培養(yǎng)條件
二、菌株保存方法
三、菌種的復蘇
四、菌種的接種、傳代
第六節(jié) 細菌DNA操作
一、細菌DNA的提取
二、細菌DNA的酶切
第七節(jié) 甘蔗DNA操作
一、甘蔗總DNA的提取
二、甘蔗DNA的酶切、純化、沉淀和電泳
第八節(jié) 甘蔗RNA操作
一、甘蔗總RNA的提取
二、甘蔗總RNA的DNase I處理
三、甘蔗總RNA濃度測定
四、甘蔗總RNA反轉(zhuǎn)錄反應
第九節(jié) 聚合酶鏈反應（PCR）
一、普通PCR
二、溫度不對稱嵌套PCR（TAIL-PCR）
三、實時定量PCR（QRT-PCR）
第十節(jié) 蛋白質(zhì)實驗技術
一、甘蔗總蛋白質(zhì)的提取
二、甘蔗總蛋白質(zhì)的SDS-PAGE電泳
第十一節(jié) 分子雜交技術
一、Southern雜交
二、Northern雜交
三、Western雜交
第二章 DNA分子標記技術
第一節(jié) 相關序列擴增多態(tài)性（SRAP）
一、SRAP標記的原理
二、SRAP分子標記的技術流程
第二節(jié) 目標起始密碼子多態(tài)性（SCoT）
一、SCoT標記的原理
二、SCoT標記的引物設計
三、SCoT-PCR擴增
第三節(jié) 簡單重復序列間擴增（ISSR）
一、ISSR標記的原理
二、ISSR標記的引物設計
三、ISSR-PCR擴增
第四節(jié) 擴增片段長度多態(tài)性（AFLP）
一、AFLP標記的原理
二、AFLP標記操作流程
第五節(jié) 簡單重復序列（SSR）
一、SSR標記的原理
二、SSR標記操作流程
第六節(jié) 表達序列標簽（EST）
一、EST數(shù)據(jù)庫資源
二、植物EST數(shù)據(jù)的分析應用
第七節(jié) 單核苷酸多態(tài)性（SNP）
一、SNP標記的優(yōu)點、特點
二、SNP的發(fā)現(xiàn)
三、SNP在作物遺傳育種上的應用
第三章 甘蔗遺傳轉(zhuǎn)化
第一節(jié) 常用植物表達載體介紹
–、pBI 101
二、pBI 121
三、pBI 221
四、pCAMBIA3301
五、PL515-86
六、Ｎ-PL539-4
七、N-PL538-92
八、pCAMBIA1300
九、pCAMBIA1301
十、pCAMBIA1302
十-、pCAMBIA3300
十二、pART27
第二節(jié) 甘蔗組織培養(yǎng)
第三節(jié) 甘蔗的農(nóng)桿菌遺傳轉(zhuǎn)化
第四節(jié) 基因槍轟擊法甘蔗遺傳轉(zhuǎn)化
第四章 基因組原位雜交與顯微檢測技術
第一節(jié) 甘蔗染色體的核型分析（形態(tài)觀察法）
第二節(jié) 甘蔗雜交后代基因組原位雜交技術（GISH）
第三節(jié) 甘蔗組織的石蠟切片技術（附HE染色方法）
第四節(jié) 甘蔗組織冷凍切片技術
第五節(jié) 甘蔗細胞骨架觀察方法（免疫熒光法）
第六節(jié) 甘蔗花粉的收集和保存方法
第七節(jié) 甘蔗花粉數(shù)量的計數(shù)方法
第八節(jié) 甘蔗花粉生活力的測定
一、形態(tài)觀察法
二、碘-碘化鉀法
三、藍墨水染色法
四、TTC檢測法
五、培養(yǎng)基發(fā)芽法
第九節(jié) 甘蔗柱頭可授性檢測方法（聯(lián)苯胺-過氧化氫法）
第五章 組學分析
第一節(jié) 基因組測序
第二節(jié) 轉(zhuǎn)錄組測序
第三節(jié) Small RNA測序
第四節(jié) circRNA測序
第五節(jié) 蛋白質(zhì)組學
第六節(jié) 蛋白質(zhì)修飾組學
第七節(jié) 代謝組學
第六章 甘蔗病害分子檢測技術
第一節(jié) 甘蔗黑穗病分子檢測技術
一、甘蔗黑穗病簡介
二、甘蔗黑穗病分子檢測技術概覽
第二節(jié) 甘蔗梢腐病分子檢測技術
一、甘蔗梢腐病簡介
二、甘蔗梢腐病病原菌的分子檢測步驟
第三節(jié) 甘蔗花葉病分子檢測技術
一、甘蔗花葉病簡介
二、甘蔗花葉病分子檢測技術概覽
三、甘蔗花葉病分子檢測技術方法
第四節(jié) 甘蔗黃葉病分子檢測技術
一、甘蔗黃葉病介紹
二、甘蔗黃葉病分子檢測方法
第五節(jié) 甘蔗白條病分子檢測技術
一、甘蔗白條病介紹
二、甘蔗白條病分子檢測方法
第六節(jié) 甘蔗宿根矮化病分子檢測技術
一、甘蔗宿根矮化病簡介
二、甘蔗宿根矮化病分子檢測步驟
第七章 常用分子生物學分析工具
第一節(jié) SnapGene
第二節(jié) DNAMAN使用簡介
第三節(jié) Primer Premier 5
第四節(jié) 從NCBI查找感興趣的基因
第五節(jié) 利用Compute pI/Mw tool計算序列等電點和分子量的工具
第六節(jié) 利用TMHMM網(wǎng)站預測蛋白質(zhì)跨膜結(jié)構
第七節(jié) MEGA5-系統(tǒng)發(fā)育樹構建
主要參考文獻
附錄1 一些常用單位符號及換算
附錄2 縮略語表