中國菰和茭白基因組學研究

序
前言
第1章 菰屬植物種類分布、起源進化與中國菰遺傳多樣性研究
1.1 菰屬植物種類分布與起源進化
1.2 中國菰的生態(tài)與經(jīng)濟價值
1.3 中國菰遺傳多樣性研究
1.4 中國菰與水稻間的性狀轉(zhuǎn)移
1.5 總結(jié)
參考文獻
第2章 中國菰染色體水平基因組構(gòu)建與落粒性相關(guān)基因分析
2.1 前言
2.2 基因組組裝、錨定和質(zhì)量評估
2.3 基因組注釋
2.4 中國菰基因組的進化
2.5 中國菰和水稻的基因組與落粒性相關(guān)基因共線性分析
2.6 中國菰離層形成和降解的組織學、轉(zhuǎn)錄組和激素分析
2.7 中國菰和水稻植物卡生生物合成基因簇的共線性分析
2.8 結(jié)論
參考文獻
第3章 中國菰米發(fā)芽過程中酚類化合物積累機制的研究
3.1 前言
3.2 中國菰米發(fā)芽過程
3.3 中國菰米發(fā)芽過程中酚含量的變化規(guī)律
3.4 中國菰米發(fā)芽過程中游離氨基酸含量的變化規(guī)律
3.5 中國菰米發(fā)芽過程中蛋白質(zhì)功能注釋分析
3.6 中國菰米發(fā)芽過程中蛋白質(zhì)表達分析
3.7 中國菰米發(fā)芽過程中差異表達蛋白質(zhì)的GO富集分析
3.8 中國菰米發(fā)芽過程中差異表達蛋白質(zhì)的KEGG富集分析
3.9 中國菰米發(fā)芽過程中酚類化合物生物合成關(guān)鍵蛋白質(zhì)表達分析
3.10 中國菰米發(fā)芽過程中酚類化合物生物合成關(guān)鍵酶基因表達分析
3.11 中國菰米發(fā)芽過程中酚類化合物生物合成關(guān)鍵酶活性的變化規(guī)律
3.12 結(jié)論
參考文獻
第4章 中國菰抗病基因ZIBBR/的克隆及功能分析
4.1 前言
4.2 植物材料
4.3 ZlBBR1基因全序列的克隆
4.4 ZlBBR1基因的生物信息學分析
4.5 ZlBBR1基因表達模式分析
4.6 轉(zhuǎn)ZlBBR1基因水稻的白葉枯病菌PXO71抗性分析
4.7 ZlBBR1互作蛋白的篩選
4.8 ZlBBR1基因的多樣性分析
4.9 常規(guī)水稻品種中OsBBR1同源基因的鑒定及進化分析
4.10 結(jié)論
參考文獻
第5章 逆境脅迫對茭白幾丁質(zhì)酶基因ZlChis表達特性及生理活性的影響
5.1 前言
5.2 茭白幾丁質(zhì)酶基因ZlChis的鑒定
5.3 茭白黑粉菌的分離與驗證
5.4 非生物脅迫對茭白葉片幾丁質(zhì)酶基因ZlChis表達的影響
5.5 茭白黑粉菌侵染對雄茭葉片幾丁質(zhì)酶基因ZlChis表達的影響
5.6 茭白黑粉菌侵染對雄茭生理活性的影響
5.7 接種植株的茭白黑粉菌檢測
5.8 結(jié)論
參考文獻
第6章 茭白銨轉(zhuǎn)運蛋白基因ZlAMTs的鑒定及在低氮條件下的表達分析
6.1 前言
6.2 茭白ZlAMTs基因的鑒定與理化性質(zhì)分析
6.3 茭白ZlAMTs基因的系統(tǒng)發(fā)育分析與基因結(jié)構(gòu)特征
6.4 茭白ZlAMTs蛋白的保守結(jié)構(gòu)域和保守基序分析
6.5 茭白ZlAMTs基因染色體定位和共線性分析
6.6 茭白ZlAMTs基因啟動子區(qū)域假定的順式作用調(diào)控元件分析
6.7 茭白ZlAMTs基因在低氮條件下的表達分析
6.8 結(jié)論
第7章 茭白的起源與馴化
7.1 前言
7.2 中國菰和茭白的利用歷史
7.3 中國菰和茭白的遺傳結(jié)構(gòu)
7.4 茭白的起源與馴化
7.5 茭白黑粉菌與茭白栽培品種的多樣性
7.6 結(jié)論
參考文獻
第8章 茭白黑粉菌誘導茭白莖發(fā)育重編程的轉(zhuǎn)錄組研究
8.1 前言
8.2 植物材料
8.3 茭白黑粉菌侵染和對照莖的轉(zhuǎn)錄組組裝、功能富集和差異表達基因
8.4 茭白莖中差異表達基因的表達譜分析
8.5 茭白黑粉菌基因表達譜分析
8.6 茭白莖膨大相關(guān)候選基因的鑒定
8.7 細胞分裂素和生長素在茭白膨大莖形成過程中的作用
8.8 茭白膨大莖的表型和茭白黑粉菌的菌株類型有關(guān)
8.9 結(jié)論
拳考文獻
第9章 茭白黑粉菌基因表達導致茭白膨大莖表型的變化
9.1 前言
9.2 正常茭白和灰茭膨大莖表型差異
9.3 正常茭白和灰茭膨大莖轉(zhuǎn)錄組及表達譜分析
9.4 茭白黑粉菌基因組基因功能分類
9.5 茭白黑粉菌效應子相關(guān)差異表達基因
9.6 茭白黑粉菌冬孢子形成相關(guān)差異表達基因
9.7 茭白黑粉菌參與黑色素形成的差異表達基因
9.8 差異表達基因的qRT-PCR驗證
9.9 脅迫處理對茭白黑粉菌UePKS、UeSPR5和UeLAC1基因表達的影響
9.10 結(jié)論
參考文獻
第10章 IncRNA在依賴于溫度的茭白莖膨大過程中的作用
10.1 前言
10.2 茭白莖形態(tài)
10.3 茭白植物組織和茭白黑粉菌中的IncRNA鑒定及特征
10.4 茭白植物組織和茭白黑粉菌中IncRNA及mRNA的表達特性
10.5 IncRNA的功能分析
10.6 植物防御反應及其相關(guān)IncRNA
10.7 植物激素相關(guān)IncRNA
10.8 氨基酸代謝及其相關(guān)IncRNA
10.9 結(jié)論
參考文獻
第11章 轉(zhuǎn)錄組分析揭示茭白黑粉菌誘導茭白膨大莖形成的共生機制
11.1 前言
11.2 植物材料及處理
11.3 茭白孕茭前后表型分析
11.4 植物激素對茭白莖部膨大的響應
11.5 轉(zhuǎn)錄組測序及差異表達基因分析
11.6 差異表達基因分析
11.7 差異表達基因的GO和KEGG分析
11.8 差異表達基因的調(diào)控概述、非生物脅迫和轉(zhuǎn)錄因子分析
11.9 植物激素信號轉(zhuǎn)導通路相關(guān)基因表達及