抗病毒藥物研發(fā)原理：快速發(fā)現(xiàn)技術(shù)與應(yīng)用實(shí)踐

緒論1
第一部分　病毒制備實(shí)驗(yàn)技術(shù)方法
第一章　雞胚培養(yǎng)法 11
第一節(jié)　概況  11
第二節(jié)　接種技術(shù) 11
第二章　動(dòng)物接種法16
第一節(jié)　概況 16
第二節(jié)　動(dòng)物接種16
第三節(jié)　樣本的收集與處理 17
第三章　組織培養(yǎng)法20
第一節(jié)　概況 20
第二節(jié)　單層細(xì)胞培養(yǎng)20
第三節(jié)　類器官培養(yǎng) 23
第四章　空斑及空斑減少中和試驗(yàn) 27
第一節(jié)　概況 27
第二節(jié)　材料 27
第三節(jié)　空斑滴定試驗(yàn)28
第四節(jié)　空斑減少中和試驗(yàn) 28
第五章　紅細(xì)胞凝集及凝集抑制試驗(yàn) 30
第一節(jié)　概況 30
第二節(jié)　紅細(xì)胞懸液制備30
第三節(jié)　紅細(xì)胞凝集試驗(yàn)33
第四節(jié)　紅細(xì)胞凝集抑制試驗(yàn)36
第五節(jié)　紅細(xì)胞凝集抑制試驗(yàn)抗體檢測(cè)39 
第二部分　新藥發(fā)現(xiàn)與藥理學(xué)評(píng)價(jià)
抗病毒藥物研發(fā)原理：快速發(fā)現(xiàn)技術(shù)與應(yīng)用實(shí)踐 
X
第六章　流感病毒神經(jīng)氨酸酶抑制活性評(píng)價(jià)47
第七章　流感病毒內(nèi)切酶抑制活性評(píng)價(jià) 50
第八章　流感病毒血凝素抑制活性評(píng)價(jià) 53
第九章　宿主關(guān)鍵蛋白 CLK1抑制活性評(píng)價(jià)56
第十章　新型冠狀病毒 3CLpro抑制活性評(píng)價(jià)59
第十一章　病毒誘導(dǎo)的細(xì)胞病變效應(yīng)抑制活性評(píng)價(jià)61
第十二章　流感病毒感染小鼠模型及藥效評(píng)價(jià)65
第十三章　RT-PCR檢測(cè)技術(shù)68
第十四章　炎癥因子檢測(cè)72
第三部分　虛擬篩選與網(wǎng)絡(luò)計(jì)算方法
第十五章　虛擬篩選的計(jì)算資源介紹 77
第一節(jié)　引言 77
第二節(jié)　化合物庫(kù)資源78
第三節(jié)　靶標(biāo)庫(kù)資源 90
第四節(jié)　虛擬篩選在線工具 96
第十六章　基于受體結(jié)構(gòu)的虛擬篩選 103
第一節(jié)　引言 103
第二節(jié)　分子對(duì)接103
第三節(jié)　分子動(dòng)力學(xué)模擬107
第四節(jié)　全新藥物設(shè)計(jì) 110
第十七章　基于配體結(jié)構(gòu)的虛擬篩選  114
第一節(jié)　引言  114
第二節(jié)　2D/3D相似度搜索 114
第三節(jié)　藥效團(tuán)搜索  118
第四節(jié)　機(jī)器學(xué)習(xí)與深度學(xué)習(xí)120
第十八章　基于網(wǎng)絡(luò)方法的虛擬篩選 128
第一節(jié)　引言 128
第二節(jié)　網(wǎng)絡(luò)近鄰法 129
第三節(jié)　其他網(wǎng)絡(luò)方法129
第十九章　網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的技術(shù)方法 132
第一節(jié)　引言 132 
第二節(jié)　網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)相關(guān)理論132
第三節(jié)　網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常見數(shù)據(jù)庫(kù)、軟件及分析方法133
第四節(jié)　網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究實(shí)踐流程 139
第四部分　靶向病毒蛋白的藥物發(fā)現(xiàn)
第二十章　流感病毒神經(jīng)氨酸酶（NA）抑制劑高通量篩選模型的建立與應(yīng)用145第一節(jié)　引言 145第二節(jié)　流感病毒 NA抑制劑篩選模型的建立 146第三節(jié)　流感病毒 NA抑制劑的高通量篩選154
第二十一章　流感病毒 RNA聚合酶的內(nèi)切酶抑制劑篩選模型的建立與新藥
　　　　　　發(fā)現(xiàn) 158
第一節(jié)　引言 158
第二節(jié)　流感病毒 RNA聚合酶的內(nèi)切酶抑制劑高通量篩選模型的建立158
第三節(jié)　PA抑制劑的理性篩選與新藥發(fā)現(xiàn)163
第四節(jié)　討論與結(jié)論 167
第二十二章　細(xì)皺香薷中抗流感病毒活性成分的提取分離與活性評(píng)價(jià)169
第一節(jié)　引言 169
第二節(jié)　細(xì)皺香薷中抗流感病毒活性成分的提取分離與結(jié)構(gòu)鑒定 169
第三節(jié)　抗流感病毒有效成分的評(píng)價(jià)172
第四節(jié)　討論與結(jié)論 175
第二十三章　蘇木中抗流感病毒活性成分的提取分離與活性評(píng)價(jià)177
第一節(jié)　引言 177
第二節(jié)　蘇木中抗流感病毒活性成分的提取分離與結(jié)構(gòu)鑒定177
第三節(jié)　抗病毒有效成分的評(píng)價(jià)180
第四節(jié)　討論與結(jié)論 182
第二十四章　猴耳環(huán)等中藥中抗流感病毒活性成分研究 184
第一節(jié)　引言 184
第二節(jié)　猴耳環(huán)中抗流感病毒活性成分研究184
第三節(jié)　虎杖中抗流感病毒活性成分研究 187
第四節(jié)　買麻藤中抗流感病毒活性成分研究189
第五節(jié)　甘草中抗流感病毒活性成分研究 191
第二十五章　黃酮類化合物作為流感病毒 NA抑制劑的構(gòu)效關(guān)系分析 195
第一節(jié)　引言 195
第二節(jié)　黃酮類化合物抗流感病毒活性評(píng)價(jià)195
第三節(jié)　黃酮類化合物抑制 NA的構(gòu)效關(guān)系分析201 
目　　錄 
第四節(jié)　討論與結(jié)論 202
第二十六章　臨床常用中成藥體外抗流感病毒作用再評(píng)價(jià) 206
第一節(jié)　引言 206
XII
第二節(jié)　臨床常用中成藥流感病毒 NA抑制活性評(píng)價(jià) 206
第三節(jié)　細(xì)胞水平抗流感病毒活性評(píng)價(jià)209
第四節(jié)　討論與結(jié)論  211
第五部分　靶向宿主蛋白的藥物發(fā)現(xiàn)
第二十七章　宿主蛋白 CLK1抑制劑篩選模型的建立與新藥發(fā)現(xiàn)215
第一節(jié)　引言 215
第二節(jié)　宿主蛋白 CLK1抑制劑篩選模型的建立 216
第三節(jié)　CLK1抑制劑的抗流感病毒活性221
第二十八章　圍涎素體內(nèi)抗流感病毒藥效及其作用機(jī)制研究 225
第一節(jié)　引言 225
第二節(jié)　圍涎素體內(nèi)抗流感病毒藥效225
第三節(jié)　圍涎素抗流感病毒機(jī)制研究230
第六部分　基于虛擬篩選與網(wǎng)絡(luò)計(jì)算的藥物發(fā)現(xiàn)
第二十九章　基于機(jī)器學(xué)習(xí)的流感病毒 NA抑制劑預(yù)測(cè)模型的建立與新藥發(fā)現(xiàn)241
第一節(jié)　引言 241
抗病毒藥物研發(fā)原理：快速發(fā)現(xiàn)技術(shù)與應(yīng)用實(shí)踐 
第二節(jié)　NA抑制劑預(yù)測(cè)模型的建立241
第三節(jié)　NA抑制劑的預(yù)測(cè)與活性 250
第四節(jié)　討論與結(jié)論 252
第三十章　基于機(jī)器學(xué)習(xí)的新型冠狀病毒 3CLpro抑制劑的發(fā)現(xiàn)與體外抗病毒
　　　　　活性驗(yàn)證254
第一節(jié)　引言 254
第二節(jié)　新型冠狀病毒 3CLpro抑制劑預(yù)測(cè)模型的建立254
第三節(jié)　3CLpro抑制劑的預(yù)測(cè)與實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證260
第四節(jié)　討論與結(jié)論 265
第三十一章　基于網(wǎng)絡(luò)鄰近法和宿主 -病毒相互作用組的抗流感病毒藥物發(fā)現(xiàn)267
第一節(jié)　引言 267
第二節(jié)　基于網(wǎng)絡(luò)鄰近法和宿主 -病毒相互作用組的抗流感病毒藥物發(fā)現(xiàn)267
第三節(jié)　苗頭藥物體外抗流感病毒活性評(píng)價(jià)270
第四節(jié)　苗頭藥物抗流感病毒的初步機(jī)制研究276 
第五節(jié)　討論與結(jié)論 280
第三十二章　基于網(wǎng)絡(luò)鄰近法和宿主 -病毒相互作用組的抗新型冠狀病毒藥物
　　　　　　發(fā)現(xiàn) 282
第一節(jié)　引言 282
第二節(jié)　基于網(wǎng)絡(luò)鄰近法的抗新型冠狀病毒藥物發(fā)現(xiàn)283
第三節(jié)　抗新型冠狀病毒活性驗(yàn)證與機(jī)制探討291
第四節(jié)　討論與結(jié)論 293
第三十三章　沙美特羅體內(nèi)外抗甲型流感病毒的藥效確證與機(jī)制研究296
第一節(jié)　引言 296
第二節(jié)　沙美特羅體內(nèi)外抗甲型流感病毒的藥效作用296
第三節(jié)　沙美特羅抗流感病毒作用機(jī)制300
第四節(jié)　討論與結(jié)論 306
第三十四章　復(fù)方一枝蒿抗流感有效成分的預(yù)測(cè)與網(wǎng)絡(luò)機(jī)制研究310
第一節(jié)　引言 310
第二節(jié)　化合物 -靶標(biāo)相互作用預(yù)測(cè)模型的建立和 CYZH有效成分預(yù)測(cè)310
第三節(jié)　復(fù)方一枝蒿抗流感有效成分的預(yù)測(cè)與驗(yàn)證318
第四節(jié)　討論與結(jié)論 323
第三十五章　小柴胡湯抗人冠狀病毒感染的物質(zhì)基礎(chǔ)與網(wǎng)絡(luò)機(jī)制研究326
第一節(jié)　引言 326
第二節(jié)　小柴胡湯抗人冠狀病毒感染的有效成分發(fā)現(xiàn)328
第三節(jié)　小柴胡湯抗人冠狀病毒感染的網(wǎng)絡(luò)機(jī)制研究341
第四節(jié)　討論與結(jié)論 345
附錄349
致謝372 
目　　錄