植物氧化還原酶：起源、進(jìn)化與功能研究

第一篇 活性氧相關(guān)理論與國內(nèi)外研究概述
第一章 活性氧及其穩(wěn)態(tài)  002
第一節(jié) 活性氧  002
一、活性氧的概念  002
二、活性氧產(chǎn)生的位置  003
三、活性氧的功能  004
四、活性氧過量產(chǎn)生的脅迫條件  005
五、活性氧的氧化損傷  006
第二節(jié) 活性氧穩(wěn)態(tài)調(diào)控  007
一、活性氧是一把“雙刃劍”  007
二、非酶促系統(tǒng)  008
三、酶促系統(tǒng)  009
第二章 CⅢ類過氧化物酶  012
第一節(jié) CⅢ類過氧化物酶的酶促循環(huán)  012
第二節(jié) CⅢ類過氧化物酶的功能多樣性  013
一、CⅢ類過氧化物酶參與細(xì)胞壁木質(zhì)化  013
二、CⅢ類過氧化物酶參與植物非生物脅迫響應(yīng)  013
三、CⅢ類過氧化物酶參與植物生物脅迫響應(yīng)  013
第二篇 氧化還原酶數(shù)據(jù)庫與多基因家族注釋
第三章 氧化還原酶數(shù)據(jù)庫  016
第一節(jié) CⅢ類過氧化物酶數(shù)據(jù)庫  016
一、CⅢ類過氧化物酶數(shù)據(jù)庫PeroxiBase  016
二、過氧化物酶數(shù)據(jù)庫  017
三、過氧化物酶家族分類工具PeroxiScan  017
第二節(jié) 過氧化物酶進(jìn)化分析數(shù)據(jù)庫  018
一、過氧化物酶數(shù)據(jù)庫的升級概述  018
二、多參數(shù)檢索  019
三、多基因家族半自動注釋  021
四、基因家族分類工具：新PeroxiScan  021
五、進(jìn)化分析的新工具：PhyML  022
六、基因結(jié)構(gòu)分析的可視化工具：GECA  022
七、新數(shù)據(jù)類型和展示方式  023
八、更多的數(shù)據(jù)量  023
九、新PeroxiBase 的工作流程  025
十、數(shù)據(jù)庫的基本功能：Browse the Database  026
第三節(jié) RedOxiBase：活性氧穩(wěn)態(tài)調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫  026
一、RedOxiBase 概述  026
二、新的交互界面  026
三、進(jìn)化分析的新工具：Orthogroup  028
四、比較基因組學(xué)的新工具：Circos 和Chromodraw  028
五、蛋白質(zhì)表達(dá)分析工具：ExpressWeb  028
第四章 氧化還原酶多基因家族注釋  032
第一節(jié) 基因家族自動注釋：問題和解決方案  032
一、核酸測序和組裝  032
二、基因注釋的熱潮  036
三、基因組注釋的方法與步驟  036
四、基因組注釋偏差  037
五、改進(jìn)基因組自動注釋偏差的方法  037
第二節(jié) 氧化還原酶家族專屬注釋流程  039
一、氧化還原酶自動注釋錯誤率高  039
二、氧化還原酶自動注釋常見錯誤  040
三、氧化還原酶家族注釋的專用流程  042
第三篇 氧化還原酶的起源與進(jìn)化
第五章 氧化還原酶的起源  046
第一節(jié) 非動物過氧化物酶的起源  046
一、非動物過氧化物酶  046
二、非動物過氧化物酶有保守的3D 結(jié)構(gòu)  048
三、CⅢ Prx 起源的基因結(jié)構(gòu)證據(jù)  049
第二節(jié) 非動物過氧化物酶的基因劑量進(jìn)化  049
一、數(shù)據(jù)來源和過氧化物酶注釋  049
二、非動物過氧化物酶具有特定的分類學(xué)分布  050
第三節(jié) 非動物過氧化物酶的蛋白劑量進(jìn)化  053
一、生物體的培養(yǎng)和收集  053
二、APX、CcP 和CⅢ過氧化物酶的活性測定  054
三、CⅢ過氧化物酶在陸生植物中的活性高于藻類  054
第四節(jié) 植物過氧化物酶的起源和進(jìn)化模型  057
第六章 氧化還原酶基因的獲得與丟失  058
第一節(jié) 數(shù)據(jù)來源和基因注釋  058
一、數(shù)據(jù)來源  058
二、氧化還原酶的注釋流程  059
三、注釋結(jié)果  060
四、實(shí)驗(yàn)檢測是必要且有效檢測“遺漏”基因的步驟  062
第二節(jié) 四個(gè)桉樹物種中的11 個(gè)ROS 調(diào)控家族的比較  071
一、進(jìn)化過程中的基因得失事件  071
二、氧化還原酶基因家族的表達(dá)譜  073
三、四個(gè)桉樹物種的分化  074
第七章 過氧化物酶基因的復(fù)制與“熱點(diǎn)”  077
第一節(jié) 氧化還原酶的系統(tǒng)發(fā)育和染色體定位  077
一、氧化還原酶的系統(tǒng)發(fā)育分析  077
二、氧化還原酶基因的染色體定位和“熱點(diǎn)”現(xiàn)象  077
第二節(jié) 氧化還原酶基因家族的保守性  080
一、氧化還原酶基因家族具有不同的保守性  080
二、大小變異的家族包含基因復(fù)制事件  082
三、重復(fù)的基因具有不同的表達(dá)譜  084
第八章 植物CⅢ Prx 的基因結(jié)構(gòu)進(jìn)化  086
第一節(jié) 植物CⅢ Prx 基因結(jié)構(gòu)鑒定  086
第二節(jié) CⅢ Prx 家族的結(jié)構(gòu)差異  089
一、CⅢ Prx 的內(nèi)含子類型  089
二、低等植物CⅢ Prx 基因結(jié)構(gòu)  089
三、CⅢ Prx 的多種基因結(jié)構(gòu)類型  089
第三節(jié) 單、雙子葉植物CⅢ Prx 基因結(jié)構(gòu)分化  092
一、內(nèi)含子頻率差異  092
二、內(nèi)含子數(shù)量差異  092
三、內(nèi)含子大小差異  093
第四節(jié) CⅢ Prx 基因結(jié)構(gòu)進(jìn)化  093
一、CⅢ Prx 的經(jīng)典內(nèi)含子經(jīng)歷了內(nèi)含子丟失事件  093
二、CⅢ Prx 的稀有內(nèi)含子經(jīng)歷了內(nèi)含子增益事件  094
三、CⅢ Prx 基因祖先結(jié)構(gòu)和進(jìn)化模型  095
第九章 CⅢ Prx 的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)化  098
第一節(jié) CⅢ Prx 的二硫鍵結(jié)構(gòu)進(jìn)化  098
一、CⅢ Prx 的二硫鍵結(jié)構(gòu)  098
二、CⅢ Prx 的二硫鍵缺失  099
第二節(jié) CⅢ Prx 的保守基序進(jìn)化  099
第四篇 ROS 調(diào)控蛋白與植物抗病相關(guān)性研究
第十章 CⅢ Prx 家族與植物抗病相關(guān)性  102
第一節(jié) 柑橘CⅢ Prx 家族鑒定  102
一、柑橘CⅢ Prx 家族的鑒定流程  102
二、柑橘CⅢ Prx 家族  103
第二節(jié) 柑橘CⅢ Prx 家族的生物信息學(xué)分析  109
一、柑橘CⅢ Prx 家族的系統(tǒng)發(fā)育分析  109
二、柑橘CⅢ Prx 家族的基因結(jié)構(gòu)和保守基序  109
三、柑橘CⅢ Prx 的種內(nèi)和種間共線性分析  114
四、柑橘CⅢ Prx 家族的染色體定位  114
五、柑橘CⅢ Prx 家族基因的強(qiáng)純化選擇  116
第三節(jié) 柑橘CⅢ Prx 家族的表達(dá)分析  117
一、Xcc 誘導(dǎo)柑橘CⅢ Prx 的表達(dá)  117
二、激素誘導(dǎo)柑橘CⅢ Prx 的表達(dá)  118
三、兩個(gè)柑橘CⅢ Prx 的亞細(xì)胞定位分析  119
第十一章 Cat 家族與植物抗病相關(guān)性  121
第一節(jié) CsCat01 克隆與生物信息學(xué)分析  121
一、CsCat01 編碼序列和啟動子克隆  121
二、CsCat01 生物信息學(xué)分析  121
三、CsCat01 系統(tǒng)發(fā)育分析  122
第二節(jié) CsCat01 的表達(dá)分析  124
一、CsCat01 受植物激素的誘導(dǎo)表達(dá)分析  124
二、CsCat01 受柑橘潰瘍病菌侵染的誘導(dǎo)表達(dá)分析  125
三、柑橘潰瘍病菌誘導(dǎo)下CAT 酶活性和H2O2 含量變化  126
四、CsCat01 調(diào)控柑橘對潰瘍病抗性的模型  126
第十二章 APX 家族與植物抗病相關(guān)性  128
第一節(jié) 柑橘APX 家族  128
一、柑橘APX 家族的鑒定  128
二、柑橘APX 家族的理化性質(zhì)  129
第二節(jié) 柑橘APX 家族的生物信息學(xué)分析  130
一、柑橘APX 家族的系統(tǒng)發(fā)育分析、染色體定位、共線性分析和基因結(jié)構(gòu)  130
二、柑橘APX 家族的保守基序和功能域分析  131
三、柑橘APX 家族的啟動子元件分析  131
四、柑橘APX 家族的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)  134
第三節(jié) 柑橘APX 家族的表達(dá)分析  136
一、植物激素對柑橘APX 家族的誘導(dǎo)表達(dá)  136
二、Xcc 對柑橘APX 家族的誘導(dǎo)表達(dá)  137
三、CsAPX01 和CsAPX02 的瞬時(shí)表達(dá)  138
第十三章 Rboh 家族與植物抗病相關(guān)性  140
第一節(jié) Rboh 類轉(zhuǎn)錄因子的研究背景  140
第二節(jié) 柑橘Rboh 家族  141
一、柑橘Rboh 家族鑒定和理化性質(zhì)  141
二、柑橘Rboh 家族的二級結(jié)構(gòu)  142
第三節(jié) 柑橘Rboh 家族的生物信息學(xué)特征  142
一、柑橘Rboh 家族的系統(tǒng)進(jìn)化分析  142
二、柑橘Rboh 家族的染色體定位和基因結(jié)構(gòu)  144
三、柑橘Rboh 家族的多序列比對和功能結(jié)構(gòu)域  144
四、柑橘Rboh 家族的保守基序分析  146
五、柑橘Rboh 家族的啟動子順式作用元件  146
第四節(jié) 柑橘Rboh 家族的表達(dá)模式  147
一、激素誘導(dǎo)柑橘Rboh 家族的表達(dá)模式  147
二、柑橘潰瘍病菌誘導(dǎo)柑橘Rboh 家族的表達(dá)模式  149
第十四章 SOD 家族與植物抗病相關(guān)性  152
第一節(jié) 柑橘SOD 家族  152
第二節(jié) 柑橘SOD 家族的生物信息學(xué)分析  153
一、柑橘SOD 家族在染色體上的分布和基因結(jié)構(gòu)  153
二、柑橘SOD 的功能結(jié)構(gòu)域  154
三、柑橘和擬南芥SOD 家族的系統(tǒng)發(fā)育和共線性分析  155
四、柑橘SOD 家族蛋白的保守序列分析  156
五、柑橘SOD 基因啟動子中的順式元件和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)分析  157
第三節(jié) 柑橘SOD 家族的表達(dá)模式  158
一、柑橘潰瘍病菌誘導(dǎo)的柑橘SOD 家族表達(dá)模式  158
二、植物激素誘導(dǎo)的CsSOD 表達(dá)模式  159
三、CsSOD06 和CsSOD08 的瞬時(shí)表達(dá)  159
附錄一 相關(guān)縮略詞  162
附錄二 相關(guān)軟件、程序和數(shù)據(jù)庫  167
附錄三 與本研究相關(guān)的論文  169
參考文獻(xiàn)  171
后記  176