吳百朋，字維錫，義烏人。嘉靖二十六年(1547)的進士。授職為永豐知縣。他受征召，就任御史，歷任淮、揚、湖廣的按察使。晉升為大理寺丞、右少卿。

　　嘉靖四十二年(1563)夏天，他升任右僉都御史、鄖陽巡撫。改任提督，負責軍務，巡視南昌、贛州、汀州、漳州。與兩廣提督吳桂芳討伐、平定河源的亂賊李亞元、程鄉(xiāng)的亂賊葉丹樓，又會師一處，在海豐打敗倭寇。

　　起初，廣東大埔的百姓藍松山、余大眷倡導叛亂，在漳州、延平、興州、泉州之間流竄、搶劫。官軍擊敗了他們，他們逃到永春，與香寮的盜賊藍阿普、范繼祖聯(lián)合侵犯德化，被都指揮耿宗元打敗，他們假裝請求招安。吳百朋也佯裝罷兵，利誘亂賊的黨徒為內(nèi)應，先后將他們?nèi)孔カ@，只有三個叛賊巢穴沒有攻下。三個巢穴是指和平的李文彪所占據(jù)的岑岡，龍南的謝允樟所占據(jù)的高沙，賴清規(guī)所占據(jù)的下歷。朝廷因為倭患棘手，十年沒有討伐三股亂賊。李文彪死后，他的兒子李珍與江月照接替他，更加猖獗。嘉靖四十四年(1565)秋天，吳百朋晉升為右副都御史，依然巡防上述地區(qū)。他上奏說“：三個巢穴的亂賊冒犯尊卑之禮而稱王，即刻招安即刻又叛亂。廣東的和平、龍川、興寧，江西的龍南、信豐、安遠，被蠶食過半。不趕緊討伐，禍害不可言說。三個巢穴中只有賴清規(guī)的勢力跨江西、廣東六縣，最違逆圣命，討伐必須從下歷開始。”世宗將奏章交給部中議論，并依從了他。吳百朋便命令守備蔡汝蘭在苦竹嶂討伐并擒拿了賴清規(guī)，震懾了眾賊。

　　隆慶初年，吏部因為吳百朋頗受兵營之苦，漸次升他任大理卿。給事中歐陽一敬等人奏請穆宗仍將吳百朋留任負責剿滅亂賊，穆宗下詔將他升任兵部右侍郎兼右僉都御史，依舊巡撫故地。吳百朋上奏，春天用兵妨礙農(nóng)田的耕作，應該進行招安，穆宗聽從了他的建議。不久，他升任南京兵部右侍郎。請求回鄉(xiāng)終養(yǎng)天年，穆宗不同意。改任為刑部右侍郎。父親去世后回鄉(xiāng)服喪，再度出山時改任兵部職。

　　萬歷初年，奉命巡視宣州、大同、山西三鎮(zhèn)。吳百朋以糧餉、險隘、兵馬、器械、屯田、鹽法、番馬、逆黨等八件事情考核邊疆大臣，督撫王崇古、吳兌，總兵郭琥以下的官吏，分別受到升官賞賜或罷免的處理。又進呈邊防圖，凡是關塞險隘，番族部落，士馬強弱，亭障遠近，了如指掌。后由于探視母親回鄉(xiāng)。又出任南京右都御史，升任刑部尚書。過了一年去世。