艾穆，字和父，平江人。因中鄉(xiāng)舉任命為阜城教諭，鄰郡諸生如趙南星、喬璧星等都前來學(xué)習(xí)。后進(jìn)入京城，為國子監(jiān)助教。張居正知道艾穆的名聲，想將他任用為誥敕房中書舍人，艾穆不答應(yīng)。

　　萬歷初年，他升任刑部主事，晉為員外郎。審查陜西囚犯的罪狀。當(dāng)時(shí)張居正執(zhí)法嚴(yán)厲，判決囚犯不到一定數(shù)額的人要治罪。艾穆與御史商量，只判決了兩人。御史擔(dān)心不稱職，艾穆說：“我決不會(huì)用人命來博取官職。”回到朝廷，張居正盛氣凌然質(zhì)問他。艾穆說：“皇上很年幼，小臣要體現(xiàn)皇上重視生命的德行，來幫助成就您公平允當(dāng)?shù)刂畏?，有罪我也甘心。”作揖退下?br />
　　等到張居正父死不服喪，艾穆在家嘆息，于是與主事沈思孝上疏勸諫說：“自從張居正不服喪后，妖星突然出現(xiàn)，星光直逼中天。言官曾士楚、陳三謨甘心冒犯清議，率先請(qǐng)求張居正留下，人心頓然泯滅，舉國如狂?，F(xiàn)在星變沒有消失，火災(zāi)又起來了。臣怎么敢愛惜生命，不拋頭灑血為陛下進(jìn)言。陛下之所以留下張居正，說是為國家的緣故，而國家所重視的莫過于綱常。首輔大臣是綱常的表率。綱常不顧，社稷怎能安寧？事情偶然為之，是特例。而萬世不變的，是先王的制度。現(xiàn)在拋棄先王的制度，而效法近世的特例，像這樣怎么能行呢？張居正現(xiàn)在因特例留下，礙著情面就任了。等到國家有大事慶賀、大祭祀，身為首輔，想避開則害了君臣大義，想出來則傷了父子之情。臣不知道陛下怎么安置張居正，張居正又把自己置于何地？徐庶因?yàn)槟赣H去世而向昭烈帝辭職說：‘臣方寸已亂。’張居正難道不是人家兒子而方寸不亂嗎？位處人臣之上，卻不修凡人的日常禮節(jié)，何以面對(duì)天下后世！臣聽說過古代圣賢的帝王常常用孝來勸誡人，沒有聽說不讓服親喪的。身為人臣，轉(zhuǎn)移孝道而侍奉君王，沒有聽說剝奪他人孝行的。用禮義廉恥教育天下唯恐不夠，竟然將其剝奪，使天下做人家兒子的，都忘了對(duì)父親養(yǎng)育三年的愛心，綱常淪落了。到那時(shí)想用法律整頓，怎么辦得到呢？陛下果真眷念張居正，當(dāng)用道德來愛護(hù)他，讓他能奔喪盡孝，使他保全大節(jié)，那么就綱常樹立而朝廷端正，朝廷端正則百官、萬民莫不端正，災(zāi)變也沒有不可消除的?！?br />
　　當(dāng)時(shí)吳中行、趙用賢請(qǐng)皇上讓張居正奔喪，將父親埋葬后再回到朝廷，而艾穆、沈思孝直接請(qǐng)求讓他服三年之喪，所以，張居正尤其惱怒。吳中行、趙用賢杖六十下，艾穆、沈思孝杖八十下，另加手銬，置于詔獄中。過了三天，用木板抬出城門，艾穆派往戍守涼州。由于傷太重不醒人事。不久蘇醒過來，于是派往戍守所。艾穆是張居正的鄉(xiāng)人。張居正對(duì)人說：“昔時(shí)嚴(yán)分宜沒有同鄉(xiāng)攻擊他，我不能與嚴(yán)分宜相比。”萬歷九年(1581)，全面考核官吏，又將艾穆、沈思孝置于考察的名冊(cè)上。

　　等到張居正死了，言官爭(zhēng)相推薦他。艾穆起用為戶部員外郎。任為四川僉事，逐漸升至太仆少卿。萬歷十九年(1591)秋天，提拔為右僉都御史，巡撫四川。前任崇陽知縣周應(yīng)中、賓州知州葉春及行為義氣過人，艾穆推薦他們代替自己，皇上沒有回答。已經(jīng)上任，有人報(bào)告播州宣慰使楊應(yīng)龍叛亂，貴州巡撫葉夢(mèng)熊請(qǐng)求征討。四川人大多說楊應(yīng)龍勢(shì)力強(qiáng)，不可以輕而易舉征討，艾穆也不想用兵，與葉夢(mèng)熊意見不同。朝廷命令兩位撫臣一同考察，楊應(yīng)龍不愿到貴州，于是將他逮捕到重慶，對(duì)質(zhì)后按罪當(dāng)斬，楊應(yīng)龍貢上物品贖罪，艾穆讓他回去了。艾穆生病回鄉(xiāng)，沒有多久就去世了。后來?xiàng)顟?yīng)龍叛亂，議論的人追究艾穆的罪過，皇上奪去他的職務(wù)。