袁死黎繼，北京政府的大權(quán)便在段祺瑞掌握中，一切大政均是段的決定。6月10日裁撤了陸海軍大元帥統(tǒng)率辦事處，這是袁以總統(tǒng)的身份抓軍權(quán)的機(jī)構(gòu)，袁在世之日和段鬧得最不愉快的，就是這個(gè)機(jī)構(gòu)，黎當(dāng)總統(tǒng)，段自然不能再讓這個(gè)機(jī)構(gòu)存在，所以首先廢除了它。13日令徐樹(shù)錚為國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)，令王式通為國(guó)務(wù)院參議。徐樹(shù)錚是段的智囊，倚為腹心，卻又是袁所最憎恨的人。段出任國(guó)務(wù)總理時(shí)，就為了要派徐樹(shù)錚為國(guó)務(wù)院秘書(shū)長(zhǎng)而和袁鬧得極不愉快，現(xiàn)在是段的天下了，徐樹(shù)錚當(dāng)然要先掌大權(quán)的。這正合了一朝天子一朝臣的古話(huà)。19日下令裁撤京畿軍政執(zhí)法處，這是袁的特務(wù)機(jī)構(gòu)，也是被各方最痛恨的機(jī)構(gòu)，段為了收攬人心，所以先裁撤了它。29日廢國(guó)務(wù)卿名義，仍恢復(fù)國(guó)務(wù)總理，裁撤參政院和平政院所屬的肅政廳。
30日政府人事大改組，外交總長(zhǎng)、交通總長(zhǎng)曹汝霖，內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)王揖唐、海軍總長(zhǎng)劉冠雄、司法總長(zhǎng)、農(nóng)商總長(zhǎng)章宗祥、教育總長(zhǎng)張國(guó)淦辭職照準(zhǔn)。以唐紹儀為外交總長(zhǎng)、許世英為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、陳錦濤為財(cái)政總長(zhǎng)、程璧光為海軍總長(zhǎng)、張耀曾為司法總長(zhǎng)、孫洪伊為教育總長(zhǎng)、張國(guó)淦為農(nóng)商總長(zhǎng)、汪大燮為交通總長(zhǎng)、段祺瑞自兼陸軍總長(zhǎng)。唐紹儀未到任以前陳錦濤暫兼外交總長(zhǎng)，張耀曾未到任前，以張國(guó)淦兼司法總長(zhǎng)。7月12日再局部改組，以孫洪伊為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、范源濂為教育總長(zhǎng)、許世英為交通總長(zhǎng)。8月1日改派谷鐘秀為農(nóng)商總長(zhǎng)，張國(guó)淦轉(zhuǎn)任總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)。
7月6日對(duì)于各省軍政首長(zhǎng)的名稱(chēng)加以修改，在官制未定以前，各省督理軍務(wù)長(zhǎng)官改稱(chēng)督軍，民政長(zhǎng)官改稱(chēng)省長(zhǎng)。令張作霖為奉天督軍，孟恩遠(yuǎn)吉林督軍，張懷芝山東督軍，趙倜河南督軍，閻錫山山西督軍，馮國(guó)璋江蘇督軍，張勛安徽督軍，李純江西督軍，李厚基福建督軍，呂公望浙江督軍，王占元湖北督軍，陳宦湖南督軍，陳樹(shù)藩陜西督軍，蔡鍔四川督軍，陸榮廷廣東督軍，陳炳焜廣西督軍，唐繼堯云南督軍，劉顯世貴州督軍。令朱家寶為直隸省長(zhǎng)，郭宗熙吉林省長(zhǎng)，畢桂芳黑龍江省長(zhǎng)，田文烈河南省長(zhǎng)，沈銘昌山西省長(zhǎng)，齊耀琳江蘇省長(zhǎng)，倪嗣沖安徽省長(zhǎng)，戚揚(yáng)江西省長(zhǎng)，范守佑湖北省長(zhǎng)，張廣建甘肅省長(zhǎng)，楊增新新疆省長(zhǎng)，朱慶瀾廣東省長(zhǎng)，羅佩金廣西省長(zhǎng)，任可澄云南省長(zhǎng)，戴戡貴州省長(zhǎng)，胡瑞霖署福建省長(zhǎng)，孫發(fā)緒署山東省長(zhǎng)，張作霖兼署奉天省長(zhǎng)，呂公望兼署浙江省長(zhǎng)，陳宦兼署湖南省長(zhǎng)，陳樹(shù)藩兼署陜西省長(zhǎng)，蔡鍔兼署四川省長(zhǎng)。令朱家寶兼署直隸督軍，畢桂芳兼署黑龍江督軍，張廣建兼署甘肅督軍，楊增新兼署新疆督軍。令湖南督軍陳宦迅速赴任，未到任前以陸榮廷暫署，廣東督軍陸榮廷未到任前以龍濟(jì)光暫署。令授李烈鈞勛二位，陸軍中將加上將銜。
段祺瑞發(fā)表的各省軍政首長(zhǎng)名單，是煞費(fèi)若心的，一方面要促進(jìn)南北統(tǒng)一，一方面要鞏固北洋勢(shì)力，求全而不全思想。感覺(jué)是不真實(shí)的暗昧的認(rèn)識(shí)，理性才是真理的認(rèn)識(shí)。原，換湯沒(méi)有換藥。舉例言之，袁頒布的將軍名義和護(hù)國(guó)軍方面的都督名義同時(shí)取消，代之為督軍，只是在都督和將軍兩個(gè)銜頭中各抽出一個(gè)字合創(chuàng)督軍的新名詞而已；其次是委曲求全方面，這次人事安排，無(wú)論帝制與反袁派，在臺(tái)上或新被逐（如陳宦）者，都給予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上總算盡了最大努力。段的本意想在各省達(dá)到軍民分治，所以只有少數(shù)省份是以督軍而兼署省長(zhǎng)的，署是臨時(shí)性質(zhì)。以省長(zhǎng)而兼署督軍的，只有四個(gè)省。這些省都是以小軍閥或者以文人而權(quán)充軍事長(zhǎng)官，這當(dāng)然是臨時(shí)性質(zhì)。至于段在四川、湖南、廣東、廣西四省的權(quán)力分配，簡(jiǎn)直是播下了戰(zhàn)爭(zhēng)種子，制造了紛亂的根源。尤其是對(duì)湖南，湖南是南北用兵必爭(zhēng)之地，較之四川還要重要，因?yàn)樵诒毖筌妬?lái)說(shuō)，取湖南比取四川容易得多。
為什么段不維持湯薌銘的湖南督軍而改派他為廣東查辦使呢？原來(lái)就在段發(fā)表各省督軍名單的前兩天，湖南出了事，湯薌銘逃之夭夭。湖南獨(dú)立時(shí)，北洋軍第六師在湘西，安武軍倪毓棻部在岳州，湯直接指揮的，是北洋軍一個(gè)混成旅，由旅長(zhǎng)車(chē)震率領(lǐng)，駐扎在長(zhǎng)沙附近。這時(shí)候，廣西軍已有一部分到達(dá)衡陽(yáng)和寶慶。陸榮廷以護(hù)國(guó)軍湘、粵、桂聯(lián)軍總司令身份，于6月初由廣東開(kāi)到湖南，進(jìn)駐衡州。在湖南內(nèi)部，趙恒惕等已組成了湘軍兩師，湘西一部分民軍也開(kāi)到長(zhǎng)沙附近成立了一個(gè)師。這是個(gè)劍拔弩張的局面，袁軍與護(hù)國(guó)軍無(wú)法和平相處，隨時(shí)可能發(fā)生沖突。湯薌銘的處境，和陳宦在成都有點(diǎn)相同，既不能指揮駐扎在湘西、湘北的袁軍，又不能指揮湖南的民軍和桂、粵的客軍。最糟的是湖南人恨透了這個(gè)殺人如麻的湯屠戶(hù)，因此各路民軍圍攻長(zhǎng)沙，以及國(guó)民黨人要用手槍和炸彈對(duì)付湯的風(fēng)聲傳遍了長(zhǎng)沙城。7月4日深夜湯薌銘在四面楚歌中離開(kāi)了長(zhǎng)沙。
湯薌銘走后，湘軍已成立了三個(gè)師，師長(zhǎng)是陳復(fù)初、趙恒惕、陳忠洵。曾繼梧以湘軍第一軍長(zhǎng)暫代湖南都督，龍璋暫代湖南民政長(zhǎng)。隨后程潛以湖南護(hù)國(guó)軍總司令名義由云南到了湖南，他的部隊(duì)也改為湘軍第四師。湯薌銘的離去，并未減輕湖南的火藥味，而7月6日北京政府又發(fā)表陳宦為湖南督軍兼署省長(zhǎng)，陳宦未到任前，派陸榮廷署理督軍和省長(zhǎng)。這個(gè)命令使湖南更加復(fù)雜了。
段祺瑞對(duì)陳宦印象惡劣極了，那么段又為什么派陳為湖南督軍兼署省長(zhǎng)呢？這是由于黎元洪堅(jiān)決主張必須給陳一個(gè)督軍職務(wù)。當(dāng)湯薌銘逃離湖南后，段打算迅速派遣一支北洋軍進(jìn)駐湖南，又苦于無(wú)兵可調(diào)，恰好這時(shí)陳宦由四川撤出時(shí)里奧（JohannesCanreolus，約1380—1444）、卡哲坦（CajeF，手上還有兩旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又給陳一個(gè)戴罪圖功的機(jī)會(huì)。
這道命令立刻引起了湖南人民的激烈反對(duì)，湖南人趕走了一個(gè)北洋軍閥，斷不容又來(lái)一個(gè)北洋軍閥，因此湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南都督。為什么推劉呢？因?yàn)閯⑷宋跻郧白鲞^(guò)廣西藩臺(tái)，與桂軍陸榮廷頗有淵源，想通過(guò)劉的關(guān)系取得桂軍協(xié)助以拒北洋軍。
陸榮廷支持湖南人民這個(gè)行動(dòng)，因?yàn)楣疖娨膊幌Ｍ毖筌姶笈e進(jìn)駐湖南。北軍人湘問(wèn)題引起了湖南人民和滇軍、桂軍的反對(duì)，其他黨派人士如熊希齡、范源濂等則希望調(diào)蔡鍔回到湖南，國(guó)民黨人士則希望以甫由美返國(guó)的黃興擔(dān)任?？墒遣?、黃兩人均無(wú)意于湘督。黃興推薦譚延闿以自代。譚在各方都有很好的人緣，不過(guò)和北洋系的關(guān)系不夠深。
這時(shí)，窮途末路的陳宦知道自己不適宜于督湘，因此自動(dòng)表示辭去湘督，而段祺瑞也了解，如果硬性派北軍人湘會(huì)主義改造和社會(huì)主義建設(shè)，繼承和捍衛(wèi)了馬克思列寧主義，必會(huì)引起戰(zhàn)爭(zhēng)，段覺(jué)得這個(gè)用兵時(shí)間尚未成熟。因此他于7月16日改派劉人熙為湖南督軍，并下令把第六師由湘西調(diào)回江西，第七師由四川調(diào)往洛陽(yáng)，第三師也由四川調(diào)回岳州。
段祺瑞本來(lái)預(yù)定的計(jì)劃是派第三師師長(zhǎng)曹錕繼陳宦以后的湖南督軍，可是，段自己覺(jué)得他在北京的基礎(chǔ)尚未穩(wěn)定，必須靠一個(gè)可靠的北洋大將在自己身邊，以加強(qiáng)自己的地位，因此選中了曹錕。曹一直給人印象是“老實(shí)人”，所以段調(diào)曹為直系督軍。同時(shí)把7月間開(kāi)回岳州的第三師分批調(diào)回北方。
這并不等于段完全放棄湖南，因?yàn)樗职擦艘粋€(gè)棋子在湖南，他派他的內(nèi)親吳光新率領(lǐng)北軍第三旅接防岳州。這當(dāng)然是埋伏吳做為將來(lái)湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫為。段內(nèi)定吳為湘督的消息，立刻傳遍了湖南，當(dāng)然又引起湖南全省激烈的反對(duì)，甚至公開(kāi)宣稱(chēng)為了抗阻北軍。不惜一戰(zhàn)。
段這才了解湖南的強(qiáng)硬，于是在8月3日下令改派譚延闿為湖南省長(zhǎng)兼署督軍。所謂的“署”是暫代的意思，段這命令中，派譚為省長(zhǎng)暫代督軍，即表示將來(lái)還要派一個(gè)督軍而語(yǔ)言圖畫(huà)論是邏輯化的描述語(yǔ)言論。對(duì)邏輯實(shí)證主義有很，所以段這期間給譚的電報(bào)都是稱(chēng)譚為省長(zhǎng)。
譚延闿是反袁的，他在湖南很得人望。癸丑二次革命失敗后，他承當(dāng)一切湖南的責(zé)任，袁調(diào)他和趙恒惕赴京。趙被囚，他亦形同軟禁，有這段經(jīng)過(guò)，更使他在湖南受人愛(ài)戴。
湖南人對(duì)于湘督一職很敏感，這是因?yàn)闇G銘殺戮太甚所招致，而湖南人甚至西南護(hù)國(guó)軍方面，反對(duì)北洋軍再入湖南的態(tài)度，則尤其堅(jiān)決，不過(guò)北洋軍留在岳州已是既成事實(shí)，所以當(dāng)時(shí)等于有一個(gè)默契，只要北軍不越過(guò)洞庭湖，似乎雙方就能和平共存下去。
譚延闿8月20日就任湘督。
北京政府任命各省督軍命令頒布后，首先發(fā)生了馮國(guó)璋和張勛互爭(zhēng)地盤(pán)的糾紛。馮、張兩人都是袁時(shí)代的“上將軍”，不過(guò)馮在北洋派中的資望遠(yuǎn)在張勛之上。張勛的地盤(pán)在安徽，他的總部則在徐州，并將隴海線(xiàn)徐州以東的廣大地區(qū)據(jù)為己有，這些地區(qū)是屬于江蘇的，馮國(guó)璋對(duì)此久已不能忍受。袁世凱末期，袁正想利用馮、張兩人的利害矛盾以便從中操縱，馮鑒于袁的態(tài)度，所以只得隱忍，袁死后，督軍命令又發(fā)表，馮認(rèn)為再也不能容忍下去了，因此電請(qǐng)張勛移駐安慶以符定制。那知張勛卻告訴馮，他除了安徽督軍一職外，還兼長(zhǎng)江巡閱使，江蘇是在長(zhǎng)江流域內(nèi)，長(zhǎng)江巡閱使駐防徐州怎能說(shuō)不符定制。馮接了這個(gè)電報(bào)，氣得一佛出世，二佛升天，竟氣得向北京政府辭職。
馮辭職當(dāng)然是一種姿態(tài)，是敦促北京下令張勛讓徐州，然而北京政府這時(shí)又哪兒有力量貫徹這種行動(dòng)，只能委婉地勸張自動(dòng)讓防，張勛根本不理。8月29日，馮再電北京政府，歷數(shù)辮子軍在徐海一帶橫行不法種種，使人民痛苦不堪，馮身為江蘇督軍，不能坐視不理，加以張對(duì)政府命令置之不理，政府應(yīng)該處理。于是北京政府再度勸告張勛移駐安慶，那知張勛也來(lái)一個(gè)辭職手段要脅，他電告北京政府寧可辭去安徽督軍，也不會(huì)讓徐州。馮、張的糾紛只好不了了之了。
這是很妙的現(xiàn)象，安徽省督軍的駐地，不在安徽而在江蘇，省長(zhǎng)的駐地也不在省會(huì)安慶而在蚌埠，安慶只設(shè)有督軍和省長(zhǎng)的駐省辦事處。安徽的民政、財(cái)政、教育等庶政當(dāng)然是在省會(huì)安慶，于是省政諸事每天要用函電向蚌埠請(qǐng)示處理。安徽省長(zhǎng)倪嗣沖，也是一個(gè)驕橫不法的軍閥，他怎么說(shuō)也不肯離開(kāi)蚌埠。北京政府雖然一再敦促他把省長(zhǎng)公署遷至安慶，他也來(lái)個(gè)相應(yīng)不理。
6月6日袁去世，6月7日陜西陳樹(shù)藩宣布取消獨(dú)立，6月8日四川陳宦宣布取消獨(dú)立，6月9日廣東龍濟(jì)光也宣布取消獨(dú)立。段祺瑞對(duì)這三個(gè)取消獨(dú)立的地方首長(zhǎng)采取各別不同的辦法，他的目的只是達(dá)到北洋派專(zhuān)政和分化護(hù)國(guó)軍力量。
本來(lái)龍濟(jì)光的獨(dú)立就很勉強(qiáng)，他是在廣西護(hù)國(guó)軍和廣東各地民軍四面包圍下被迫宣布獨(dú)立的。在宣布獨(dú)立時(shí)，他取得了袁世凱的秘密指示和諒解。所以他雖然獨(dú)立了，卻仍然和袁有密電往來(lái)，請(qǐng)?jiān)w調(diào)北洋軍由海道開(kāi)至廣東以解救他的危機(jī)，袁死后，他又與繼承袁的段祺瑞取得了密切聯(lián)系。
當(dāng)軍務(wù)院在肇慶成立時(shí)，代理?yè)彳婇L(zhǎng)岑春煊和廣西都督陸榮廷都曾電請(qǐng)?jiān)颇献o(hù)國(guó)軍第二軍總司令李烈鈞取道廣西和廣東向江西進(jìn)兵。于是李烈鈞便率領(lǐng)張開(kāi)儒、方聲濤兩個(gè)梯團(tuán)，于5月12日開(kāi)到肇慶。這時(shí)袁世凱還未死，龍濟(jì)光當(dāng)然內(nèi)心里極不愿意出兵北伐，又拒絕滇軍通過(guò)廣州，他所持的理由是害怕引起誤會(huì)，主客兩軍自相沖突。陸榮廷也害怕在廣東境內(nèi)引起這種沖突，因而主張對(duì)龍妥協(xié)，和龍商定滇軍假道廣東的路線(xiàn)，由肇慶經(jīng)三水到琶江口，轉(zhuǎn)乘火車(chē)到韶關(guān)，避免經(jīng)過(guò)廣州。但是6月7日張開(kāi)儒梯團(tuán)到達(dá)韶關(guān)時(shí)，袁已去世，龍借此理由，電令韶關(guān)鎮(zhèn)守使朱福全閉門(mén)不納，迫使滇軍露宿城外，龍軍又在城上架炮轟擊，因此爆發(fā)了北江戰(zhàn)爭(zhēng)。
6月9日龍不和軍務(wù)院聯(lián)絡(luò)便擅自宣告取消獨(dú)立，龍這一著是想擺脫軍務(wù)院的干涉，因?yàn)樗麅?nèi)心一直認(rèn)為自己是北洋系，所以心甘情愿倒向北京政府，他認(rèn)為北洋軍系是全國(guó)最強(qiáng)大的軍事力量，依賴(lài)北洋系作靠山，他就不怕滇軍和桂軍，他認(rèn)為必須要把滇軍和桂軍驅(qū)逐出廣東，他才能在廣東安枕，所以他在取消獨(dú)立的同時(shí)，秘密電請(qǐng)段內(nèi)閣要求段三路出兵“援粵”，除由海道運(yùn)輸北洋軍來(lái)粵外，并令江西、福建兩省的北洋軍由陸路開(kāi)進(jìn)廣東，幫他夾擊滇軍，先擊敗滇軍再驅(qū)逐桂軍。龍濟(jì)光的愿望是不讓滇、桂軍假道廣東北伐，這和段祺瑞的內(nèi)心打算相同，段當(dāng)然不愿見(jiàn)西南護(hù)國(guó)軍擴(kuò)大力量，所以在龍濟(jì)光取消獨(dú)立后，北京政府發(fā)表命令對(duì)龍的行動(dòng)大加贊揚(yáng)，認(rèn)為他“具有世界之眼光”。6月21日，北京政府又派龍濟(jì)光兼任廣東巡按使。段內(nèi)閣的三路援粵計(jì)劃也在加緊部署中。
當(dāng)軍務(wù)院還未撤銷(xiāo)前，龍濟(jì)光就故態(tài)復(fù)萌了，他指使駐在龍州的嫡系部隊(duì)濟(jì)軍以敵對(duì)態(tài)度對(duì)付護(hù)國(guó)軍，用堅(jiān)壁清野的方法對(duì)待李烈鈞所率假道北伐的滇軍，且在城樓上開(kāi)炮轟擊，同時(shí)密電請(qǐng)求段祺瑞迅速調(diào)派北軍三路入粵援助。不料這個(gè)電報(bào)卻被軍務(wù)院截獲，由代理?yè)彳婇L(zhǎng)岑春煊通電揭曉，龍無(wú)法抵賴(lài)，只好偽造軍務(wù)院不肯撤銷(xiāo)和岑春煊、李烈鈞兩人密謀攻占廣東的往還電以資抵消。
段祺瑞當(dāng)然不歡喜護(hù)國(guó)軍繼續(xù)北進(jìn)，所以接受了龍的乞援電，并電令江西督軍李純就近調(diào)遣北洋軍第六師全部開(kāi)往贛南；福建督軍李厚基率軍開(kāi)往閩南；并派薩鎮(zhèn)冰率海軍以保護(hù)外僑為名開(kāi)往廣州，伺機(jī)消滅滇軍，以保全廣東為北洋勢(shì)力范圍。李純已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盤(pán)，對(duì)于廣東就不太感興趣，所以對(duì)段的命令陽(yáng)奉陰違，只是象征地派兵，其目的是防堵滇軍侵入贛、閩。
李烈鈞率領(lǐng)的滇軍在韶州遭遇龍濟(jì)光的濟(jì)軍攻擊，全軍極為憤慨，乃發(fā)動(dòng)猛烈攻擊，于5年6月7日攻入韶州。龍派軍增援，7月3日又被滇軍在源潭予以痛擊，濟(jì)軍大敗，桂軍莫榮新乘機(jī)由西路攻入三水，龍被迫放棄一切，集中兵力困守廣州。
由于廣東形勢(shì)的變化，段內(nèi)閣乃于7月6日發(fā)表全國(guó)各省軍民長(zhǎng)官命令時(shí)，借機(jī)對(duì)廣東問(wèn)題作一大調(diào)動(dòng)，將李烈鈞調(diào)到北京“另有任用”，以陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長(zhǎng)，龍濟(jì)光為兩廣礦務(wù)督辦，同時(shí)又任命陸榮廷暫署湖南督軍，陸未到廣東前，仍由龍濟(jì)光暫署廣東督軍。
在這個(gè)人事命令中，包含了很多陰謀，第一調(diào)李烈鈞入京是調(diào)虎離山，移開(kāi)了廣東北洋派正面的敵人；第二桂軍雖然也和龍濟(jì)光為敵，可是態(tài)度不似李烈鈞那么頑強(qiáng)，所以發(fā)表陸榮廷為廣東督軍，就可以軟化桂軍；第三又派陸榮廷署理湖南督軍，是阻止陸到廣東接任督軍，使龍濟(jì)光可以繼續(xù)留在廣東督軍位子上，以待北洋軍的來(lái)援。這是一石兩鳥(niǎo)的妙計(jì)，對(duì)滇軍是調(diào)虎離山，桂軍是緩兵之計(jì)。
就段來(lái)說(shuō)，對(duì)廣東問(wèn)題已是煞費(fèi)苦心了。
段祺瑞對(duì)廣東的安排引起廣東人士激烈的反對(duì)，以唐紹儀、梁?jiǎn)⒊?、王寵惠為首的各黨各派代表，紛紛電請(qǐng)北京政府罷免這個(gè)廣東人民的公敵龍濟(jì)光。于是段乃借口“粵事真相不明”，加派剛由湖南逃出來(lái)的湯薌銘為廣東查辦使，并派海軍上將薩鎮(zhèn)冰為粵閩巡閱使，借海軍來(lái)向敵對(duì)方面鎮(zhèn)壓。
湯薌銘和黎元洪、段祺瑞都有相當(dāng)關(guān)系。由于他是湖北人，和黎元洪是同鄉(xiāng)，又同為海軍學(xué)生出身。袁世凱未死前，馮國(guó)璋召集南京會(huì)議，湯薌銘和馮國(guó)璋都是主張?jiān)宋坏模T這樣主張，是為了自己想借南方支持登上總統(tǒng)寶座，湯則是自始至終主張由副總統(tǒng)黎元洪繼任大總統(tǒng)。因?yàn)檫@個(gè)原故，黎內(nèi)心對(duì)湯極有好感。段祺瑞對(duì)湯也不壞，雖然袁死前湯和陳宦是最后迫袁致死的“倒戈”人物，可是陳宦早已通款于蔡鍔，對(duì)袁和北洋系都不忠，而湯則是在重大壓力下被迫宣布獨(dú)立的。段知道湯這個(gè)人不會(huì)投靠國(guó)民黨，所以也對(duì)湯有好感，加以段這時(shí)正要借重湯薌銘的哥哥、進(jìn)步黨領(lǐng)袖湯化龍?jiān)趪?guó)會(huì)內(nèi)相助，所以拉攏湯薌銘，也是拉攏湯化龍。
黎本想邀湯薌銘赴北京為海軍總長(zhǎng)，段卻派了他為廣東查辦使。段這個(gè)安排是師袁的，袁世凱在癸丑二次革命時(shí)，曾派湯為湖南查辦使，率領(lǐng)一部分軍艦開(kāi)到洞庭湖，隨后即發(fā)表他為湖南都督。廣東人士深怕段也來(lái)這一手，則趕走了一個(gè)殺人魔王，又來(lái)了一個(gè)殺人魔王，因此也堅(jiān)決反對(duì)湯到廣東。
陸榮廷如何呢？他的桂軍本是向廣東和湖南兩方面發(fā)展的，他在廣東，不像滇軍那樣和濟(jì)軍尖銳化，他利用滇軍和濟(jì)軍為敵，就帶領(lǐng)了一部分桂軍開(kāi)進(jìn)湖南，把湖南控制在他的手里。
拿湖南和廣東相比，湖南地當(dāng)要沖，內(nèi)部情況復(fù)雜，財(cái)源不及廣東富饒，兩者相較，魚(yú)與熊掌不可得而兼，當(dāng)然舍湖南而取廣東，因此，7月10日陸榮廷不理睬北京命令他暫署湖南督軍的命令，由衡州班師回桂，集中主力準(zhǔn)備開(kāi)赴廣東。
段祺瑞在北京聽(tīng)說(shuō)陸榮廷由湘班師回桂，正準(zhǔn)備入粵的消息后，大為不安，這與他的安排恰恰相反，他本是一套假戲，而陸則是認(rèn)了真要假戲真做。于是他在7月29日以國(guó)務(wù)院名義秘密發(fā)出艷電，征求各省北洋軍伐對(duì)處理廣東問(wèn)題表示意見(jiàn)。這又是師法袁世凱的，利用北洋軍伐，引起他們對(duì)南方各省有興趣。
段祺瑞就是在處理廣東問(wèn)題時(shí)，引起了閣潮，他既然以袁世凱的繼承人自居，當(dāng)然最痛恨李烈鈞，認(rèn)為李是北洋系的死敵，他調(diào)李入京是勉強(qiáng)裝出客氣的樣子，李不受調(diào)，他就想借機(jī)翻臉。他的秘書(shū)長(zhǎng)徐樹(shù)錚了解他的私心，乃把未經(jīng)閣議討論和通過(guò)，催促贛、閩兩省出兵“討伐”李烈鈞的通電發(fā)出。因此導(dǎo)致內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)孫洪伊和徐樹(shù)錚正面沖突。
這時(shí)，在徐州的張勛也于7月31日發(fā)出通電痛斥李烈鈞，主張贛、閩兩省出兵“援粵”，接著倪嗣沖電請(qǐng)北京政府下令“討伐”李烈鈞。北方各省立即隨聲附和，張懷芝、趙倜、孟恩遠(yuǎn)、楊善德、閻錫山、馮國(guó)璋、王占元、畢桂芳、陳樹(shù)藩（依發(fā)電先后為序）紛紛通電“致討”，對(duì)李烈鈞極盡攻擊。
8月11日，北京政府發(fā)表處理廣東問(wèn)題的命令說(shuō)：
“龍濟(jì)光未交卸以前，責(zé)任守土，自應(yīng)約束將土，保衛(wèi)治安。李烈鈞統(tǒng)率士卒，責(zé)有攸歸。著即均勒所部，即日停兵。此后如有抗令開(kāi)釁情事，自當(dāng)嚴(yán)行聲討以肅國(guó)紀(jì)。”
這真是一個(gè)強(qiáng)詞奪理、顛倒是非的命令，把龍濟(jì)光說(shuō)成守土有責(zé)、維持治安的疆吏；而李烈鈞則是抗令開(kāi)釁、違反國(guó)紀(jì)的罪魁禍?zhǔn)?。事?shí)是怎樣呢？李烈鈞只是北洋系所深?lèi)和唇^的人，他是反對(duì)帝制最烈，而在云南倡義的三巨頭之一。至于龍濟(jì)光卻是袁所親愛(ài)的功狗，因效忠“洪憲皇帝”而被封王爵。
段以為用中央的威信向李烈鈞攤牌，他有北洋軍閥為后盾，如果李烈鈞不聽(tīng)命令，就是反抗政府，背叛國(guó)家，他便可以號(hào)召全國(guó)，鳴鼓而攻?？墒菚r(shí)間上不幫助段，這時(shí)陸榮廷已迅速帶兵到了肇慶，龍濟(jì)光在滇、桂軍雙重壓力下，乃被迫提出卸職條件：（一）濟(jì)軍2萬(wàn)人（虛報(bào)）以上，應(yīng)編為兩師；（二）請(qǐng)撥付軍餉和移防經(jīng)費(fèi)300萬(wàn)；（三）督辦兩廣礦務(wù)，應(yīng)選擇兩廣扼要地點(diǎn)屯駐濟(jì)軍，在濟(jì)軍駐防區(qū)內(nèi)，其他各軍須撤出；（四）督辦兩廣礦務(wù)公署應(yīng)照督軍公署的規(guī)模，直隸中央，本省長(zhǎng)官無(wú)權(quán)調(diào)度。
李烈鈞這時(shí)留在廣東已無(wú)價(jià)值，且留下變成眾矢之的，所以便于8月17日通電解除職務(wù)，在粵境內(nèi)的滇軍由張開(kāi)儒、方聲濤兩師長(zhǎng)直接統(tǒng)轄。8月22日李烈鈞和滇軍告別，于27日到肇慶會(huì)晤陸榮廷后，取道香港赴上海。
陸榮廷在肇慶裝病。8月25日薩鎮(zhèn)冰到了廣州，和廣東省長(zhǎng)朱慶瀾調(diào)?；浘?。龍濟(jì)光討到餉款后率兵移駐瓊州（海南島）。陸榮廷則遲至10月才在肇慶就職廣東督軍。
30日政府人事大改組，外交總長(zhǎng)、交通總長(zhǎng)曹汝霖，內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)王揖唐、海軍總長(zhǎng)劉冠雄、司法總長(zhǎng)、農(nóng)商總長(zhǎng)章宗祥、教育總長(zhǎng)張國(guó)淦辭職照準(zhǔn)。以唐紹儀為外交總長(zhǎng)、許世英為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、陳錦濤為財(cái)政總長(zhǎng)、程璧光為海軍總長(zhǎng)、張耀曾為司法總長(zhǎng)、孫洪伊為教育總長(zhǎng)、張國(guó)淦為農(nóng)商總長(zhǎng)、汪大燮為交通總長(zhǎng)、段祺瑞自兼陸軍總長(zhǎng)。唐紹儀未到任以前陳錦濤暫兼外交總長(zhǎng)，張耀曾未到任前，以張國(guó)淦兼司法總長(zhǎng)。7月12日再局部改組，以孫洪伊為內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、范源濂為教育總長(zhǎng)、許世英為交通總長(zhǎng)。8月1日改派谷鐘秀為農(nóng)商總長(zhǎng)，張國(guó)淦轉(zhuǎn)任總統(tǒng)府秘書(shū)長(zhǎng)。
7月6日對(duì)于各省軍政首長(zhǎng)的名稱(chēng)加以修改，在官制未定以前，各省督理軍務(wù)長(zhǎng)官改稱(chēng)督軍，民政長(zhǎng)官改稱(chēng)省長(zhǎng)。令張作霖為奉天督軍，孟恩遠(yuǎn)吉林督軍，張懷芝山東督軍，趙倜河南督軍，閻錫山山西督軍，馮國(guó)璋江蘇督軍，張勛安徽督軍，李純江西督軍，李厚基福建督軍，呂公望浙江督軍，王占元湖北督軍，陳宦湖南督軍，陳樹(shù)藩陜西督軍，蔡鍔四川督軍，陸榮廷廣東督軍，陳炳焜廣西督軍，唐繼堯云南督軍，劉顯世貴州督軍。令朱家寶為直隸省長(zhǎng)，郭宗熙吉林省長(zhǎng)，畢桂芳黑龍江省長(zhǎng)，田文烈河南省長(zhǎng)，沈銘昌山西省長(zhǎng)，齊耀琳江蘇省長(zhǎng)，倪嗣沖安徽省長(zhǎng)，戚揚(yáng)江西省長(zhǎng)，范守佑湖北省長(zhǎng)，張廣建甘肅省長(zhǎng)，楊增新新疆省長(zhǎng)，朱慶瀾廣東省長(zhǎng)，羅佩金廣西省長(zhǎng)，任可澄云南省長(zhǎng)，戴戡貴州省長(zhǎng)，胡瑞霖署福建省長(zhǎng)，孫發(fā)緒署山東省長(zhǎng)，張作霖兼署奉天省長(zhǎng)，呂公望兼署浙江省長(zhǎng)，陳宦兼署湖南省長(zhǎng)，陳樹(shù)藩兼署陜西省長(zhǎng)，蔡鍔兼署四川省長(zhǎng)。令朱家寶兼署直隸督軍，畢桂芳兼署黑龍江督軍，張廣建兼署甘肅督軍，楊增新兼署新疆督軍。令湖南督軍陳宦迅速赴任，未到任前以陸榮廷暫署，廣東督軍陸榮廷未到任前以龍濟(jì)光暫署。令授李烈鈞勛二位，陸軍中將加上將銜。
段祺瑞發(fā)表的各省軍政首長(zhǎng)名單，是煞費(fèi)若心的，一方面要促進(jìn)南北統(tǒng)一，一方面要鞏固北洋勢(shì)力，求全而不全思想。感覺(jué)是不真實(shí)的暗昧的認(rèn)識(shí)，理性才是真理的認(rèn)識(shí)。原，換湯沒(méi)有換藥。舉例言之，袁頒布的將軍名義和護(hù)國(guó)軍方面的都督名義同時(shí)取消，代之為督軍，只是在都督和將軍兩個(gè)銜頭中各抽出一個(gè)字合創(chuàng)督軍的新名詞而已；其次是委曲求全方面，這次人事安排，無(wú)論帝制與反袁派，在臺(tái)上或新被逐（如陳宦）者，都給予一定的位置安排，人人各得其所，在安排上總算盡了最大努力。段的本意想在各省達(dá)到軍民分治，所以只有少數(shù)省份是以督軍而兼署省長(zhǎng)的，署是臨時(shí)性質(zhì)。以省長(zhǎng)而兼署督軍的，只有四個(gè)省。這些省都是以小軍閥或者以文人而權(quán)充軍事長(zhǎng)官，這當(dāng)然是臨時(shí)性質(zhì)。至于段在四川、湖南、廣東、廣西四省的權(quán)力分配，簡(jiǎn)直是播下了戰(zhàn)爭(zhēng)種子，制造了紛亂的根源。尤其是對(duì)湖南，湖南是南北用兵必爭(zhēng)之地，較之四川還要重要，因?yàn)樵诒毖筌妬?lái)說(shuō)，取湖南比取四川容易得多。
為什么段不維持湯薌銘的湖南督軍而改派他為廣東查辦使呢？原來(lái)就在段發(fā)表各省督軍名單的前兩天，湖南出了事，湯薌銘逃之夭夭。湖南獨(dú)立時(shí)，北洋軍第六師在湘西，安武軍倪毓棻部在岳州，湯直接指揮的，是北洋軍一個(gè)混成旅，由旅長(zhǎng)車(chē)震率領(lǐng)，駐扎在長(zhǎng)沙附近。這時(shí)候，廣西軍已有一部分到達(dá)衡陽(yáng)和寶慶。陸榮廷以護(hù)國(guó)軍湘、粵、桂聯(lián)軍總司令身份，于6月初由廣東開(kāi)到湖南，進(jìn)駐衡州。在湖南內(nèi)部，趙恒惕等已組成了湘軍兩師，湘西一部分民軍也開(kāi)到長(zhǎng)沙附近成立了一個(gè)師。這是個(gè)劍拔弩張的局面，袁軍與護(hù)國(guó)軍無(wú)法和平相處，隨時(shí)可能發(fā)生沖突。湯薌銘的處境，和陳宦在成都有點(diǎn)相同，既不能指揮駐扎在湘西、湘北的袁軍，又不能指揮湖南的民軍和桂、粵的客軍。最糟的是湖南人恨透了這個(gè)殺人如麻的湯屠戶(hù)，因此各路民軍圍攻長(zhǎng)沙，以及國(guó)民黨人要用手槍和炸彈對(duì)付湯的風(fēng)聲傳遍了長(zhǎng)沙城。7月4日深夜湯薌銘在四面楚歌中離開(kāi)了長(zhǎng)沙。
湯薌銘走后，湘軍已成立了三個(gè)師，師長(zhǎng)是陳復(fù)初、趙恒惕、陳忠洵。曾繼梧以湘軍第一軍長(zhǎng)暫代湖南都督，龍璋暫代湖南民政長(zhǎng)。隨后程潛以湖南護(hù)國(guó)軍總司令名義由云南到了湖南，他的部隊(duì)也改為湘軍第四師。湯薌銘的離去，并未減輕湖南的火藥味，而7月6日北京政府又發(fā)表陳宦為湖南督軍兼署省長(zhǎng)，陳宦未到任前，派陸榮廷署理督軍和省長(zhǎng)。這個(gè)命令使湖南更加復(fù)雜了。
段祺瑞對(duì)陳宦印象惡劣極了，那么段又為什么派陳為湖南督軍兼署省長(zhǎng)呢？這是由于黎元洪堅(jiān)決主張必須給陳一個(gè)督軍職務(wù)。當(dāng)湯薌銘逃離湖南后，段打算迅速派遣一支北洋軍進(jìn)駐湖南，又苦于無(wú)兵可調(diào)，恰好這時(shí)陳宦由四川撤出時(shí)里奧（JohannesCanreolus，約1380—1444）、卡哲坦（CajeF，手上還有兩旅兵力，派他就近入湘，既可敷衍黎，又給陳一個(gè)戴罪圖功的機(jī)會(huì)。
這道命令立刻引起了湖南人民的激烈反對(duì)，湖南人趕走了一個(gè)北洋軍閥，斷不容又來(lái)一個(gè)北洋軍閥，因此湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南都督。為什么推劉呢？因?yàn)閯⑷宋跻郧白鲞^(guò)廣西藩臺(tái)，與桂軍陸榮廷頗有淵源，想通過(guò)劉的關(guān)系取得桂軍協(xié)助以拒北洋軍。
陸榮廷支持湖南人民這個(gè)行動(dòng)，因?yàn)楣疖娨膊幌Ｍ毖筌姶笈e進(jìn)駐湖南。北軍人湘問(wèn)題引起了湖南人民和滇軍、桂軍的反對(duì)，其他黨派人士如熊希齡、范源濂等則希望調(diào)蔡鍔回到湖南，國(guó)民黨人士則希望以甫由美返國(guó)的黃興擔(dān)任?？墒遣?、黃兩人均無(wú)意于湘督。黃興推薦譚延闿以自代。譚在各方都有很好的人緣，不過(guò)和北洋系的關(guān)系不夠深。
這時(shí)，窮途末路的陳宦知道自己不適宜于督湘，因此自動(dòng)表示辭去湘督，而段祺瑞也了解，如果硬性派北軍人湘會(huì)主義改造和社會(huì)主義建設(shè)，繼承和捍衛(wèi)了馬克思列寧主義，必會(huì)引起戰(zhàn)爭(zhēng)，段覺(jué)得這個(gè)用兵時(shí)間尚未成熟。因此他于7月16日改派劉人熙為湖南督軍，并下令把第六師由湘西調(diào)回江西，第七師由四川調(diào)往洛陽(yáng)，第三師也由四川調(diào)回岳州。
段祺瑞本來(lái)預(yù)定的計(jì)劃是派第三師師長(zhǎng)曹錕繼陳宦以后的湖南督軍，可是，段自己覺(jué)得他在北京的基礎(chǔ)尚未穩(wěn)定，必須靠一個(gè)可靠的北洋大將在自己身邊，以加強(qiáng)自己的地位，因此選中了曹錕。曹一直給人印象是“老實(shí)人”，所以段調(diào)曹為直系督軍。同時(shí)把7月間開(kāi)回岳州的第三師分批調(diào)回北方。
這并不等于段完全放棄湖南，因?yàn)樗职擦艘粋€(gè)棋子在湖南，他派他的內(nèi)親吳光新率領(lǐng)北軍第三旅接防岳州。這當(dāng)然是埋伏吳做為將來(lái)湘督的打算。天下事如要人莫知，除非已莫為。段內(nèi)定吳為湘督的消息，立刻傳遍了湖南，當(dāng)然又引起湖南全省激烈的反對(duì)，甚至公開(kāi)宣稱(chēng)為了抗阻北軍。不惜一戰(zhàn)。
段這才了解湖南的強(qiáng)硬，于是在8月3日下令改派譚延闿為湖南省長(zhǎng)兼署督軍。所謂的“署”是暫代的意思，段這命令中，派譚為省長(zhǎng)暫代督軍，即表示將來(lái)還要派一個(gè)督軍而語(yǔ)言圖畫(huà)論是邏輯化的描述語(yǔ)言論。對(duì)邏輯實(shí)證主義有很，所以段這期間給譚的電報(bào)都是稱(chēng)譚為省長(zhǎng)。
譚延闿是反袁的，他在湖南很得人望。癸丑二次革命失敗后，他承當(dāng)一切湖南的責(zé)任，袁調(diào)他和趙恒惕赴京。趙被囚，他亦形同軟禁，有這段經(jīng)過(guò)，更使他在湖南受人愛(ài)戴。
湖南人對(duì)于湘督一職很敏感，這是因?yàn)闇G銘殺戮太甚所招致，而湖南人甚至西南護(hù)國(guó)軍方面，反對(duì)北洋軍再入湖南的態(tài)度，則尤其堅(jiān)決，不過(guò)北洋軍留在岳州已是既成事實(shí)，所以當(dāng)時(shí)等于有一個(gè)默契，只要北軍不越過(guò)洞庭湖，似乎雙方就能和平共存下去。
譚延闿8月20日就任湘督。
北京政府任命各省督軍命令頒布后，首先發(fā)生了馮國(guó)璋和張勛互爭(zhēng)地盤(pán)的糾紛。馮、張兩人都是袁時(shí)代的“上將軍”，不過(guò)馮在北洋派中的資望遠(yuǎn)在張勛之上。張勛的地盤(pán)在安徽，他的總部則在徐州，并將隴海線(xiàn)徐州以東的廣大地區(qū)據(jù)為己有，這些地區(qū)是屬于江蘇的，馮國(guó)璋對(duì)此久已不能忍受。袁世凱末期，袁正想利用馮、張兩人的利害矛盾以便從中操縱，馮鑒于袁的態(tài)度，所以只得隱忍，袁死后，督軍命令又發(fā)表，馮認(rèn)為再也不能容忍下去了，因此電請(qǐng)張勛移駐安慶以符定制。那知張勛卻告訴馮，他除了安徽督軍一職外，還兼長(zhǎng)江巡閱使，江蘇是在長(zhǎng)江流域內(nèi)，長(zhǎng)江巡閱使駐防徐州怎能說(shuō)不符定制。馮接了這個(gè)電報(bào)，氣得一佛出世，二佛升天，竟氣得向北京政府辭職。
馮辭職當(dāng)然是一種姿態(tài)，是敦促北京下令張勛讓徐州，然而北京政府這時(shí)又哪兒有力量貫徹這種行動(dòng)，只能委婉地勸張自動(dòng)讓防，張勛根本不理。8月29日，馮再電北京政府，歷數(shù)辮子軍在徐海一帶橫行不法種種，使人民痛苦不堪，馮身為江蘇督軍，不能坐視不理，加以張對(duì)政府命令置之不理，政府應(yīng)該處理。于是北京政府再度勸告張勛移駐安慶，那知張勛也來(lái)一個(gè)辭職手段要脅，他電告北京政府寧可辭去安徽督軍，也不會(huì)讓徐州。馮、張的糾紛只好不了了之了。
這是很妙的現(xiàn)象，安徽省督軍的駐地，不在安徽而在江蘇，省長(zhǎng)的駐地也不在省會(huì)安慶而在蚌埠，安慶只設(shè)有督軍和省長(zhǎng)的駐省辦事處。安徽的民政、財(cái)政、教育等庶政當(dāng)然是在省會(huì)安慶，于是省政諸事每天要用函電向蚌埠請(qǐng)示處理。安徽省長(zhǎng)倪嗣沖，也是一個(gè)驕橫不法的軍閥，他怎么說(shuō)也不肯離開(kāi)蚌埠。北京政府雖然一再敦促他把省長(zhǎng)公署遷至安慶，他也來(lái)個(gè)相應(yīng)不理。
6月6日袁去世，6月7日陜西陳樹(shù)藩宣布取消獨(dú)立，6月8日四川陳宦宣布取消獨(dú)立，6月9日廣東龍濟(jì)光也宣布取消獨(dú)立。段祺瑞對(duì)這三個(gè)取消獨(dú)立的地方首長(zhǎng)采取各別不同的辦法，他的目的只是達(dá)到北洋派專(zhuān)政和分化護(hù)國(guó)軍力量。
本來(lái)龍濟(jì)光的獨(dú)立就很勉強(qiáng)，他是在廣西護(hù)國(guó)軍和廣東各地民軍四面包圍下被迫宣布獨(dú)立的。在宣布獨(dú)立時(shí)，他取得了袁世凱的秘密指示和諒解。所以他雖然獨(dú)立了，卻仍然和袁有密電往來(lái)，請(qǐng)?jiān)w調(diào)北洋軍由海道開(kāi)至廣東以解救他的危機(jī)，袁死后，他又與繼承袁的段祺瑞取得了密切聯(lián)系。
當(dāng)軍務(wù)院在肇慶成立時(shí)，代理?yè)彳婇L(zhǎng)岑春煊和廣西都督陸榮廷都曾電請(qǐng)?jiān)颇献o(hù)國(guó)軍第二軍總司令李烈鈞取道廣西和廣東向江西進(jìn)兵。于是李烈鈞便率領(lǐng)張開(kāi)儒、方聲濤兩個(gè)梯團(tuán)，于5月12日開(kāi)到肇慶。這時(shí)袁世凱還未死，龍濟(jì)光當(dāng)然內(nèi)心里極不愿意出兵北伐，又拒絕滇軍通過(guò)廣州，他所持的理由是害怕引起誤會(huì)，主客兩軍自相沖突。陸榮廷也害怕在廣東境內(nèi)引起這種沖突，因而主張對(duì)龍妥協(xié)，和龍商定滇軍假道廣東的路線(xiàn)，由肇慶經(jīng)三水到琶江口，轉(zhuǎn)乘火車(chē)到韶關(guān)，避免經(jīng)過(guò)廣州。但是6月7日張開(kāi)儒梯團(tuán)到達(dá)韶關(guān)時(shí)，袁已去世，龍借此理由，電令韶關(guān)鎮(zhèn)守使朱福全閉門(mén)不納，迫使滇軍露宿城外，龍軍又在城上架炮轟擊，因此爆發(fā)了北江戰(zhàn)爭(zhēng)。
6月9日龍不和軍務(wù)院聯(lián)絡(luò)便擅自宣告取消獨(dú)立，龍這一著是想擺脫軍務(wù)院的干涉，因?yàn)樗麅?nèi)心一直認(rèn)為自己是北洋系，所以心甘情愿倒向北京政府，他認(rèn)為北洋軍系是全國(guó)最強(qiáng)大的軍事力量，依賴(lài)北洋系作靠山，他就不怕滇軍和桂軍，他認(rèn)為必須要把滇軍和桂軍驅(qū)逐出廣東，他才能在廣東安枕，所以他在取消獨(dú)立的同時(shí)，秘密電請(qǐng)段內(nèi)閣要求段三路出兵“援粵”，除由海道運(yùn)輸北洋軍來(lái)粵外，并令江西、福建兩省的北洋軍由陸路開(kāi)進(jìn)廣東，幫他夾擊滇軍，先擊敗滇軍再驅(qū)逐桂軍。龍濟(jì)光的愿望是不讓滇、桂軍假道廣東北伐，這和段祺瑞的內(nèi)心打算相同，段當(dāng)然不愿見(jiàn)西南護(hù)國(guó)軍擴(kuò)大力量，所以在龍濟(jì)光取消獨(dú)立后，北京政府發(fā)表命令對(duì)龍的行動(dòng)大加贊揚(yáng)，認(rèn)為他“具有世界之眼光”。6月21日，北京政府又派龍濟(jì)光兼任廣東巡按使。段內(nèi)閣的三路援粵計(jì)劃也在加緊部署中。
當(dāng)軍務(wù)院還未撤銷(xiāo)前，龍濟(jì)光就故態(tài)復(fù)萌了，他指使駐在龍州的嫡系部隊(duì)濟(jì)軍以敵對(duì)態(tài)度對(duì)付護(hù)國(guó)軍，用堅(jiān)壁清野的方法對(duì)待李烈鈞所率假道北伐的滇軍，且在城樓上開(kāi)炮轟擊，同時(shí)密電請(qǐng)求段祺瑞迅速調(diào)派北軍三路入粵援助。不料這個(gè)電報(bào)卻被軍務(wù)院截獲，由代理?yè)彳婇L(zhǎng)岑春煊通電揭曉，龍無(wú)法抵賴(lài)，只好偽造軍務(wù)院不肯撤銷(xiāo)和岑春煊、李烈鈞兩人密謀攻占廣東的往還電以資抵消。
段祺瑞當(dāng)然不歡喜護(hù)國(guó)軍繼續(xù)北進(jìn)，所以接受了龍的乞援電，并電令江西督軍李純就近調(diào)遣北洋軍第六師全部開(kāi)往贛南；福建督軍李厚基率軍開(kāi)往閩南；并派薩鎮(zhèn)冰率海軍以保護(hù)外僑為名開(kāi)往廣州，伺機(jī)消滅滇軍，以保全廣東為北洋勢(shì)力范圍。李純已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盤(pán)，對(duì)于廣東就不太感興趣，所以對(duì)段的命令陽(yáng)奉陰違，只是象征地派兵，其目的是防堵滇軍侵入贛、閩。
李烈鈞率領(lǐng)的滇軍在韶州遭遇龍濟(jì)光的濟(jì)軍攻擊，全軍極為憤慨，乃發(fā)動(dòng)猛烈攻擊，于5年6月7日攻入韶州。龍派軍增援，7月3日又被滇軍在源潭予以痛擊，濟(jì)軍大敗，桂軍莫榮新乘機(jī)由西路攻入三水，龍被迫放棄一切，集中兵力困守廣州。
由于廣東形勢(shì)的變化，段內(nèi)閣乃于7月6日發(fā)表全國(guó)各省軍民長(zhǎng)官命令時(shí)，借機(jī)對(duì)廣東問(wèn)題作一大調(diào)動(dòng)，將李烈鈞調(diào)到北京“另有任用”，以陸榮廷為廣東督軍，朱慶瀾為廣東省長(zhǎng)，龍濟(jì)光為兩廣礦務(wù)督辦，同時(shí)又任命陸榮廷暫署湖南督軍，陸未到廣東前，仍由龍濟(jì)光暫署廣東督軍。
在這個(gè)人事命令中，包含了很多陰謀，第一調(diào)李烈鈞入京是調(diào)虎離山，移開(kāi)了廣東北洋派正面的敵人；第二桂軍雖然也和龍濟(jì)光為敵，可是態(tài)度不似李烈鈞那么頑強(qiáng)，所以發(fā)表陸榮廷為廣東督軍，就可以軟化桂軍；第三又派陸榮廷署理湖南督軍，是阻止陸到廣東接任督軍，使龍濟(jì)光可以繼續(xù)留在廣東督軍位子上，以待北洋軍的來(lái)援。這是一石兩鳥(niǎo)的妙計(jì)，對(duì)滇軍是調(diào)虎離山，桂軍是緩兵之計(jì)。
就段來(lái)說(shuō)，對(duì)廣東問(wèn)題已是煞費(fèi)苦心了。
段祺瑞對(duì)廣東的安排引起廣東人士激烈的反對(duì)，以唐紹儀、梁?jiǎn)⒊?、王寵惠為首的各黨各派代表，紛紛電請(qǐng)北京政府罷免這個(gè)廣東人民的公敵龍濟(jì)光。于是段乃借口“粵事真相不明”，加派剛由湖南逃出來(lái)的湯薌銘為廣東查辦使，并派海軍上將薩鎮(zhèn)冰為粵閩巡閱使，借海軍來(lái)向敵對(duì)方面鎮(zhèn)壓。
湯薌銘和黎元洪、段祺瑞都有相當(dāng)關(guān)系。由于他是湖北人，和黎元洪是同鄉(xiāng)，又同為海軍學(xué)生出身。袁世凱未死前，馮國(guó)璋召集南京會(huì)議，湯薌銘和馮國(guó)璋都是主張?jiān)宋坏模T這樣主張，是為了自己想借南方支持登上總統(tǒng)寶座，湯則是自始至終主張由副總統(tǒng)黎元洪繼任大總統(tǒng)。因?yàn)檫@個(gè)原故，黎內(nèi)心對(duì)湯極有好感。段祺瑞對(duì)湯也不壞，雖然袁死前湯和陳宦是最后迫袁致死的“倒戈”人物，可是陳宦早已通款于蔡鍔，對(duì)袁和北洋系都不忠，而湯則是在重大壓力下被迫宣布獨(dú)立的。段知道湯這個(gè)人不會(huì)投靠國(guó)民黨，所以也對(duì)湯有好感，加以段這時(shí)正要借重湯薌銘的哥哥、進(jìn)步黨領(lǐng)袖湯化龍?jiān)趪?guó)會(huì)內(nèi)相助，所以拉攏湯薌銘，也是拉攏湯化龍。
黎本想邀湯薌銘赴北京為海軍總長(zhǎng)，段卻派了他為廣東查辦使。段這個(gè)安排是師袁的，袁世凱在癸丑二次革命時(shí)，曾派湯為湖南查辦使，率領(lǐng)一部分軍艦開(kāi)到洞庭湖，隨后即發(fā)表他為湖南都督。廣東人士深怕段也來(lái)這一手，則趕走了一個(gè)殺人魔王，又來(lái)了一個(gè)殺人魔王，因此也堅(jiān)決反對(duì)湯到廣東。
陸榮廷如何呢？他的桂軍本是向廣東和湖南兩方面發(fā)展的，他在廣東，不像滇軍那樣和濟(jì)軍尖銳化，他利用滇軍和濟(jì)軍為敵，就帶領(lǐng)了一部分桂軍開(kāi)進(jìn)湖南，把湖南控制在他的手里。
拿湖南和廣東相比，湖南地當(dāng)要沖，內(nèi)部情況復(fù)雜，財(cái)源不及廣東富饒，兩者相較，魚(yú)與熊掌不可得而兼，當(dāng)然舍湖南而取廣東，因此，7月10日陸榮廷不理睬北京命令他暫署湖南督軍的命令，由衡州班師回桂，集中主力準(zhǔn)備開(kāi)赴廣東。
段祺瑞在北京聽(tīng)說(shuō)陸榮廷由湘班師回桂，正準(zhǔn)備入粵的消息后，大為不安，這與他的安排恰恰相反，他本是一套假戲，而陸則是認(rèn)了真要假戲真做。于是他在7月29日以國(guó)務(wù)院名義秘密發(fā)出艷電，征求各省北洋軍伐對(duì)處理廣東問(wèn)題表示意見(jiàn)。這又是師法袁世凱的，利用北洋軍伐，引起他們對(duì)南方各省有興趣。
段祺瑞就是在處理廣東問(wèn)題時(shí)，引起了閣潮，他既然以袁世凱的繼承人自居，當(dāng)然最痛恨李烈鈞，認(rèn)為李是北洋系的死敵，他調(diào)李入京是勉強(qiáng)裝出客氣的樣子，李不受調(diào)，他就想借機(jī)翻臉。他的秘書(shū)長(zhǎng)徐樹(shù)錚了解他的私心，乃把未經(jīng)閣議討論和通過(guò)，催促贛、閩兩省出兵“討伐”李烈鈞的通電發(fā)出。因此導(dǎo)致內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)孫洪伊和徐樹(shù)錚正面沖突。
這時(shí)，在徐州的張勛也于7月31日發(fā)出通電痛斥李烈鈞，主張贛、閩兩省出兵“援粵”，接著倪嗣沖電請(qǐng)北京政府下令“討伐”李烈鈞。北方各省立即隨聲附和，張懷芝、趙倜、孟恩遠(yuǎn)、楊善德、閻錫山、馮國(guó)璋、王占元、畢桂芳、陳樹(shù)藩（依發(fā)電先后為序）紛紛通電“致討”，對(duì)李烈鈞極盡攻擊。
8月11日，北京政府發(fā)表處理廣東問(wèn)題的命令說(shuō)：
“龍濟(jì)光未交卸以前，責(zé)任守土，自應(yīng)約束將土，保衛(wèi)治安。李烈鈞統(tǒng)率士卒，責(zé)有攸歸。著即均勒所部，即日停兵。此后如有抗令開(kāi)釁情事，自當(dāng)嚴(yán)行聲討以肅國(guó)紀(jì)。”
這真是一個(gè)強(qiáng)詞奪理、顛倒是非的命令，把龍濟(jì)光說(shuō)成守土有責(zé)、維持治安的疆吏；而李烈鈞則是抗令開(kāi)釁、違反國(guó)紀(jì)的罪魁禍?zhǔn)?。事?shí)是怎樣呢？李烈鈞只是北洋系所深?lèi)和唇^的人，他是反對(duì)帝制最烈，而在云南倡義的三巨頭之一。至于龍濟(jì)光卻是袁所親愛(ài)的功狗，因效忠“洪憲皇帝”而被封王爵。
段以為用中央的威信向李烈鈞攤牌，他有北洋軍閥為后盾，如果李烈鈞不聽(tīng)命令，就是反抗政府，背叛國(guó)家，他便可以號(hào)召全國(guó)，鳴鼓而攻?？墒菚r(shí)間上不幫助段，這時(shí)陸榮廷已迅速帶兵到了肇慶，龍濟(jì)光在滇、桂軍雙重壓力下，乃被迫提出卸職條件：（一）濟(jì)軍2萬(wàn)人（虛報(bào)）以上，應(yīng)編為兩師；（二）請(qǐng)撥付軍餉和移防經(jīng)費(fèi)300萬(wàn)；（三）督辦兩廣礦務(wù)，應(yīng)選擇兩廣扼要地點(diǎn)屯駐濟(jì)軍，在濟(jì)軍駐防區(qū)內(nèi)，其他各軍須撤出；（四）督辦兩廣礦務(wù)公署應(yīng)照督軍公署的規(guī)模，直隸中央，本省長(zhǎng)官無(wú)權(quán)調(diào)度。
李烈鈞這時(shí)留在廣東已無(wú)價(jià)值，且留下變成眾矢之的，所以便于8月17日通電解除職務(wù)，在粵境內(nèi)的滇軍由張開(kāi)儒、方聲濤兩師長(zhǎng)直接統(tǒng)轄。8月22日李烈鈞和滇軍告別，于27日到肇慶會(huì)晤陸榮廷后，取道香港赴上海。
陸榮廷在肇慶裝病。8月25日薩鎮(zhèn)冰到了廣州，和廣東省長(zhǎng)朱慶瀾調(diào)?；浘?。龍濟(jì)光討到餉款后率兵移駐瓊州（海南島）。陸榮廷則遲至10月才在肇慶就職廣東督軍。
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