早在民國(guó)5年李根源在陜西省長(zhǎng)任內(nèi)受陳樹(shù)藩的壓迫，被迫離開(kāi)陜西后，輾轉(zhuǎn)到了上海，擺在他面前是兩條路，一條路去北京投奔段祺瑞，一條路到廣東參加護(hù)法政府。他不是北洋系，當(dāng)然不會(huì)選擇北上。廣州引誘他，因?yàn)榈谝唬核钦W(xué)系，廣州非常國(guó)會(huì)，政學(xué)系是多數(shù)派；第二在廣東有一支滇軍，如果他到了廣東，便有機(jī)會(huì)可以把滇軍抓在手中。

　　李根源字印泉，云南騰越（今騰沖）人，日本士官畢業(yè)，一臉麻子，自稱(chēng)李大麻子，是一位權(quán)術(shù)家，其呼風(fēng)喚雨手段，在當(dāng)時(shí)和徐樹(shù)錚不相上下。

　　據(jù)說(shuō)他從上海經(jīng)香港到廣州一段經(jīng)過(guò)極為生動(dòng)，他到廣州后，要對(duì)三個(gè)人下功夫，其一是孫中山，其二是岑春煊，其三是莫榮新。他先去見(jiàn)岑，岑是軍政府首席總裁，又是政學(xué)系領(lǐng)袖。李去見(jiàn)岑時(shí)，穿的是青衫馬褂，腳登雙絆鞋，一付老派模樣，見(jiàn)到岑即行跪拜大禮，口稱(chēng)：“根源行能無(wú)似，遘難陜西，此番間關(guān)來(lái)粵，愿效馳驅(qū)?！比缓蠓治鲆环髣?shì)，有平閩、攻湘、會(huì)師中原三策，把岑春煊說(shuō)得喜笑顏開(kāi)，從此李根源便成為岑的重要軍師了。接著他換了一套西裝去見(jiàn)孫中山，力陳自己參加同盟會(huì)，獻(xiàn)身革命種種，此次在陜西就是因?yàn)榉磳?duì)不革命的軍閥陳樹(shù)藩而遭受打擊，現(xiàn)在不辭萬(wàn)難，來(lái)廣州追隨先生革命。孫對(duì)每一個(gè)同志都是信任的，對(duì)李根源自然也不例外。最后他穿了軍服去見(jiàn)廣東督軍莫榮新，談到粵境滇軍的統(tǒng)率權(quán)，認(rèn)為云南督軍唐繼堯遙遙指揮這支滇軍是不合理的，也不符現(xiàn)實(shí)需要，應(yīng)該由榮師（指莫榮新）指揮才是。莫榮新聽(tīng)了正中下懷，便對(duì)這位來(lái)自陜西的云南人刮目相看，引為知己。

　　李根源在廣州分別接觸了軍政府三位總裁，都贏得了他們的好感，尤其是莫榮新，他是實(shí)力派，不久他就發(fā)表李根源為粵贛湘邊防督辦德謨克利特的自然哲學(xué)和伊璧鳩魯?shù)淖匀徽軐W(xué)的差別又，節(jié)制北江的滇軍。

　　滇軍是在民國(guó)5年護(hù)國(guó)討袁時(shí)，由李烈鈞率領(lǐng)到廣東的，此后一直留在廣東。軍政府成立后，李烈鈞出任參謀部長(zhǎng)，仍指揮滇軍。這支滇軍共有兩師，番號(hào)是第三師第四師。第三師師長(zhǎng)是張開(kāi)儒，第四師師長(zhǎng)是方聲濤。滇軍的防區(qū)本來(lái)是劃在北江，軍政府成立后不久，第四師師長(zhǎng)方聲濤率部移駐西江，北江便只有第三師一師。7年5月，張開(kāi)儒因?yàn)閮A向國(guó)民黨。被莫榮新免職，由唐繼堯電派鄭開(kāi)文繼任師長(zhǎng)。

　　滇軍的矛盾是有雙重領(lǐng)導(dǎo)，系統(tǒng)上歸云南督軍指揮，而實(shí)質(zhì)上則要受廣東督軍管轄。李烈鈞因?yàn)槭菄?guó)民黨，所以不受莫榮新的歡迎，因此李根源一番游說(shuō)，很容易便打動(dòng)了莫榮新。

　　唐繼堯聽(tīng)說(shuō)李根源被桂系的廣東督軍委派為粵贛湘邊防督辦，大為擔(dān)心，唐知道李的手段，生怕這支滇軍被李掌握后變成李的政治資本。但他又無(wú)法反對(duì)或阻止，于是乃加派李根源為靖國(guó)聯(lián)軍第六軍軍長(zhǎng)。靖國(guó)軍和護(hù)國(guó)軍不同改了裝的上帝創(chuàng)世說(shuō)。主張要返本歸真，用人取代宗教的上，護(hù)國(guó)是討袁，靖國(guó)是護(hù)法。另方面唐暗暗通知駐扎北江的滇軍師長(zhǎng)張開(kāi)儒，要他小心應(yīng)付李根源。

　　李根源到韶關(guān)接事，他集合滇軍訓(xùn)話，在講臺(tái)上他先自己左右開(kāi)弓地打了自己兩個(gè)耳光，然后用誠(chéng)摯并且懺悔的語(yǔ)調(diào)對(duì)滇軍官兵說(shuō)：“根源對(duì)不起家鄉(xiāng)，對(duì)不起三迤父老和弟兄，這次在陜西失敗，我自己痛加檢討，深深覺(jué)得過(guò)去自己在做人做事上太差，對(duì)家鄉(xiāng)父老尤其對(duì)不起，現(xiàn)在我是以贖罪的心情到北江來(lái)，請(qǐng)各位安心工作，我不會(huì)隨意調(diào)動(dòng)每一個(gè)官兵?！彼脑捠沟矫恳粋€(gè)滇軍官兵都很感動(dòng)，大家本來(lái)對(duì)于這位李大麻子有戒心，自經(jīng)他一番話后，完全冰釋?zhuān)J(rèn)為他經(jīng)過(guò)陜西一役，確已改變了。

　　其實(shí)李根源是一步一步要抓住滇軍，他的行動(dòng)當(dāng)然惹起李烈鈞的反感，二李在日本是同學(xué)，后來(lái)護(hù)國(guó)之役在云南又是同袍，本是極要好的朋友，就為了爭(zhēng)奪這支滇軍，為之反目。

　　8年秋天，國(guó)民黨元老張繼到了昆明，張繼是支持李烈鈞的，因此便在唐繼堯面前放了一把火，張說(shuō)：“由于李根源插手其間“西方馬克思主義”。，駐粵滇軍變成桂系和李根源個(gè)人的政治資本?！边@時(shí)唐繼堯的滇軍在四川和廣東都有，在四川正和川軍作戰(zhàn)，而四川戰(zhàn)場(chǎng)上的滇軍兵力不夠，駐川的滇軍軍長(zhǎng)顧品珍對(duì)唐也不夠忠實(shí)，唐懷疑顧品珍和李根源之間有勾結(jié)，因此聯(lián)想到滇軍一出滇后，就難為控制，不如把駐粵滇軍調(diào)回云南。

　　9年2月3日桂系下手了，廣東督軍莫榮新命令李根源把滇軍第三師師長(zhǎng)鄭開(kāi)文和靖國(guó)聯(lián)軍第六軍參謀長(zhǎng)楊晉對(duì)調(diào)。這個(gè)調(diào)動(dòng)的目的，是要把滇系直接委派的師長(zhǎng)調(diào)離軍隊(duì)，而派一個(gè)和唐繼堯沒(méi)有關(guān)系的人物來(lái)接收兵權(quán)。這顯然是桂系想吞吃滇軍的第一步。

　　莫榮新調(diào)換滇軍師長(zhǎng)，事先并沒(méi)有征求唐繼堯的同意，使唐大為光火，即于2月8日、10日連下兩道命令：解除李根源的靖國(guó)聯(lián)軍第六軍軍長(zhǎng)一職，改派李為云南參加軍政府建設(shè)會(huì)議的代表。同時(shí)聲明，駐粵滇軍由云南督軍直接指揮，并就近秉承李參謀部長(zhǎng)烈鈞辦理。這是很妙的事，云南督軍支持一位江西姓李的，對(duì)抗廣東督軍支持一位云南姓李的。

　　滇桂兩系因?yàn)轳v粵滇軍的統(tǒng)率權(quán)而分家。

　　在北江的滇軍。本來(lái)駐有兩師，就是第三師和第四師。由于第四師方聲濤部調(diào)往西江，改編為“援閩軍”，所以在北江的滇軍另成立一個(gè)新的第四師，由云南人朱培德為師長(zhǎng)，保持第四師原有的編制和番號(hào)。滇軍將領(lǐng)因?yàn)闅v史關(guān)系，多愿意服從江西籍的李烈鈞，而反對(duì)云南籍的李根源。

　　當(dāng)2月11日，楊晉接任第三師師長(zhǎng)時(shí)，滇軍將領(lǐng)秘密協(xié)議，為了反對(duì)桂系吞吃滇軍，所以密謀扣留李根源，公開(kāi)反對(duì)桂系。只因朱培德是李根源的學(xué)生（朱是云南講武堂畢業(yè)，李根源當(dāng)過(guò)云南講武黨的會(huì)辦），所以故意松了一手，讓這位老師未被扣留而脫險(xiǎn)逃回廣州。

　　2月13日，滇軍師長(zhǎng)朱培德、旅長(zhǎng)楊益謙、魯子材等通電反對(duì)莫榮新更調(diào)第三師長(zhǎng)的命令。同時(shí)第三師原來(lái)的師長(zhǎng)鄭開(kāi)文及所屬旅長(zhǎng)盛榮超、魯子材，第四師師長(zhǎng)朱培德及所屬旅長(zhǎng)張懷信、楊益謙等聯(lián)名通電，表示“愿意遵照唐督軍命令辦理?！?br/>
　　李根源回廣州前，通電辭去靖國(guó)聯(lián)軍第六軍軍長(zhǎng)，督辦粵贛湘邊防軍務(wù)等職務(wù)。

　　滇軍抗拒桂系命令后，使到廣州的軍政府內(nèi)部極為震動(dòng)，因?yàn)榈彳姴粌H作戰(zhàn)力強(qiáng)，同時(shí)也象征云南支持軍政府，如今公開(kāi)反目，對(duì)軍政府來(lái)說(shuō)，是很?chē)?yán)重的事。尤其是桂系認(rèn)為這個(gè)釘子碰得太大了，嚴(yán)重地影響了他們?cè)趶V東的統(tǒng)治地位。

　　2月14日，莫榮新下令慰留李根源，同時(shí)以新任第三師師長(zhǎng)楊晉和第五旅旅長(zhǎng)盛榮超，第七旅旅長(zhǎng)張懷信，第廿旅旅長(zhǎng)楊益謙的聯(lián)名通電反對(duì)李根源解除職務(wù)，事實(shí)上這個(gè)電報(bào)是桂系強(qiáng)拉滇軍將領(lǐng)列名以壯聲勢(shì)的，例如楊益謙就不是支持李根源的。

　　莫榮新認(rèn)為支持李根源就是加強(qiáng)桂系的地位，現(xiàn)在李根源竟被滇軍迫走，非用實(shí)際力量支持他不可，所以便調(diào)兵遣將。從2月14日到16日，桂系的軍隊(duì)源源北上，準(zhǔn)備對(duì)滇軍采取強(qiáng)力威脅姿態(tài)。

　　16日莫榮新發(fā)出通電：“所有滇軍駐粵北江的兩師部隊(duì)，仍應(yīng)由李督辦根源節(jié)制指揮。”同時(shí)正式表示：“駐粵滇軍軍餉軍械都是廣東供給的，因此這支軍隊(duì)一向由本督軍管轄節(jié)制，今后亦仍照舊?！?br/>
　　21日李根源通電復(fù)職。23日莫榮新竟以廣東督軍兼軍政府陸軍部長(zhǎng)的雙重身份，下令撤銷(xiāo)駐粵滇軍第三第四兩師番號(hào)，改編為邊防陸軍三個(gè)旅及三個(gè)獨(dú)立團(tuán)。這個(gè)做法簡(jiǎn)直是和云南翻臉。

　　2月24日一肚子冤氣的李烈鈞，在軍政府內(nèi)找到了岑春煊，李質(zhì)問(wèn)岑：“桂系要吞吃駐粵滇軍，軍政府為什么要同意？莫榮新的命令明明無(wú)理，為什么要由軍政府同意發(fā)布？”岑春煊支支吾吾以對(duì)，李烈鈞為之十分不滿，乃托詞巡視北江防務(wù)，離開(kāi)了廣州，準(zhǔn)備在北江集合滇軍反抗改編。

　　同一天，李根源在桂系支持下也由廣州回到韶關(guān)，勸告滇軍接受改編。

　　26日，唐繼堯電請(qǐng)李烈鈞責(zé)成滇軍第三師官兵拘捕新任師長(zhǎng)楊晉就地正法。

　　滇軍分裂了，一部分留在韶關(guān)的，是服從李根源命令的，大部分由韶關(guān)向始興集中，則是接受李烈鈞號(hào)召，準(zhǔn)備以武力抵抗桂系的改編命令。這一來(lái)，廣州局勢(shì)十分緊張，桂系宣布了戒嚴(yán)令，粵漢路火車(chē)停開(kāi)。28日、29日桂軍沈鴻英部在新街、太平市一線布置作戰(zhàn)任務(wù)，廣東地方派軍人魏邦平、李福林等部也在桂系強(qiáng)大壓力下出發(fā)布防。

　　北江兩李之爭(zhēng)，使岑春煊為之寢寐難安，尤其是李烈鈞的出走，使他覺(jué)得問(wèn)題嚴(yán)重，因此他派劉德裕為代表，沿途追趕李烈鈞，要?jiǎng)⒌略１M一切可能，勸李回廣州。26日李烈鈞行抵花縣平山鎮(zhèn)，準(zhǔn)備向源潭出發(fā)，當(dāng)天追趕前來(lái)的劉德裕也到了花縣，但兩人沒(méi)有連絡(luò)得上。3月4日李烈鈞通過(guò)重重難關(guān)行抵花縣麻墟才接到軍政府派專(zhuān)人調(diào)停的電報(bào)，李立刻表示愿意接受調(diào)停。

　　3月上旬起，滇軍親李烈鈞派和親李根源派在韶關(guān)、始興之間曾小小開(kāi)火。云南省議會(huì)、云南各團(tuán)體以及云南全體軍官都先后發(fā)出通電，聲討李根源，反對(duì)改編，且對(duì)莫榮新也表示不滿。而廣州方面則對(duì)李烈鈞予以指責(zé)，雙方在槍?xiě)?zhàn)之后，發(fā)動(dòng)了筆戰(zhàn)。

　　在岑春煊的調(diào)停下，莫榮新愿意讓步，不取消滇軍名義，同時(shí)改派不愿接受改編的楊益謙為駐粵靖國(guó)軍第一軍總司令，魯子材為副司令，移駐湖南邊境，軍餉仍由軍政府負(fù)責(zé)，但須接受軍政府陸軍部指揮。

　　3月25日北江戰(zhàn)火停歇。27日岑春煊親自到韶關(guān)迎接李烈鈞，李答應(yīng)由始興到韶關(guān)和岑見(jiàn)面后一同回到廣州。31日岑在韶關(guān)聽(tīng)說(shuō)軍政府總裁之一的伍廷芳由廣州出走，大吃一驚，不及等待李烈鈞到韶關(guān)，便先返廣州了。

　　4月2日李烈鈞到了廣州，廣州已成桂系一家天下，國(guó)民黨的重要人物，包括國(guó)民黨籍的議員都已離開(kāi)廣州，李頗懊悔自己不該再投火坑，而岑春煊承諾的滇軍發(fā)餉移防，也借口伍廷芳卷走關(guān)稅余款而不兌現(xiàn)。4月13日改編為邊防軍第二旅旅長(zhǎng)趙德裕（李根源的部下）借口追查逃兵，公然包圍參謀部，先放槍示威，然后搜查，參謀次長(zhǎng)蔣尊簋因此忿而辭職。同一天警備隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)進(jìn)入贛軍司令部搜查。這兩處都是李烈鈞常到的地方，因此李烈鈞感到處境極不安全，遂跑到海珠海軍部暫避，4月27日秘密逃到香港，5月13日由香港到上海。