陳鬯被川軍師長周駿困在成都時(shí)，蔡鍔一面電請(qǐng)北京政府制止周駿攻城，一面派護(hù)國軍往成都。陳鬯因力不支而逃離成都，后被黎元洪任命為湖南督軍兼署湖南省長。川軍師長周駿喊著“四川人不打四川人”的口號(hào)，用以誘惑護(hù)國軍方面的將領(lǐng)熊克武、劉存厚等，熊克武等并未受到誘惑。當(dāng)蔡鍔動(dòng)員打周時(shí)，劉自告奮勇愿為前驅(qū)，周部團(tuán)長劉湘等也都棄周而加入護(hù)國軍。劉存厚師進(jìn)入成都，周駿逃走。蔡鍔被北京政府任命為益武將軍，督理四川軍務(wù)，后又命為四川督軍兼省長。
蔡鍔患有嚴(yán)重的喉結(jié)核病，又是個(gè)事必躬親的人。在艱苦作戰(zhàn)時(shí)期，他不但忙于指揮軍事，還要親理文書，因此病情日益惡化，服藥后毫不見效，腫痛更甚，飲食難進(jìn)，體溫高達(dá)39度。他接到任命他為四川督軍兼省長的公報(bào)后，通過梁啟超請(qǐng)求北京政府負(fù)責(zé)償還半年內(nèi)護(hù)國軍欠資200萬元，同時(shí)請(qǐng)求卸職養(yǎng)疴。
但軍中會(huì)議力加阻止，四川各方面也紛紛歡迎他赴任。蔡認(rèn)為這是“惡作劇”，使他“失卻自由之身”。他不止一次電請(qǐng)梁啟超傳達(dá)北京政府準(zhǔn)其辭職。他又電告唐繼堯說：“儕輩中果有三數(shù)人身先引退，飄然遠(yuǎn)翥，實(shí)足對(duì)于今日號(hào)稱偉人志士英雄豪杰一流直接下一針砭，為后來留一榜樣”?！拔逸呏鲝?，應(yīng)始終抱定為國家不為權(quán)利之初心，貫徹一致，不為外界所搖惑，不為左右私慝所劫動(dòng)，實(shí)為公私兩濟(jì)?！彼吮砻髯约旱膽B(tài)度外，還諷示唐繼堯不要聽信那些狗頭軍師們的鬼話，想把四川納入云南的勢力范圍。
北京政府接到蔡的辭職電，認(rèn)為是一種表面文章，只批準(zhǔn)給假一月，叫他就近調(diào)養(yǎng)。
蔡鍔想改造北洋軍，他認(rèn)為北洋軍是一支很好的武裝力量，北方人樸實(shí)忠勇而又具有強(qiáng)健的體格，只是由于袁世凱自私自利，把北洋軍造成為他的個(gè)人軍隊(duì)和政治資本，因此北洋軍對(duì)國家不但沒有貢獻(xiàn)反而起著破壞作用?，F(xiàn)在袁死了，應(yīng)該是化私為公改造北洋軍的良好時(shí)機(jī)。但是，袁氏雖死，袁的化身依然遵循著袁的軌道，把北洋軍作為爭奪個(gè)人權(quán)力的工具，蔡的心愿是不可能實(shí)現(xiàn)的。
蔡頗受各方面重視。梁啟超想留他在四川建立進(jìn)步黨的武裝力量；一部分湖南籍的進(jìn)步黨人想請(qǐng)他到湖南“為桑梓服務(wù)”。蔡既不愿留四川，也不愿調(diào)往湖南，希望有一個(gè)較長時(shí)間醫(yī)治疾病。他繼續(xù)向北京政府請(qǐng)假辭職，北京政府給他兩個(gè)月假。在重慶主持收編各路民軍的戴戡，邀請(qǐng)他到重慶療養(yǎng)，他沒同意。他偕同蔣百里等由成都出發(fā)，經(jīng)過重慶稍作逗留，即換輪船下駛。
蔡到宜昌時(shí)接到一個(gè)注明“沿途探送”的急電，是梁啟超從上海發(fā)來的，電文僅有一句話：“此間破獲販毒巨案，涉及某公之貴介弟?！崩蠋煙o端打來的這個(gè)無頭無尾的電報(bào)，引起蔡的注意。
蔡在宜昌會(huì)見了從四川逃出來的陳鬯。
陳鬯被任命為湖南督軍兼省長。陳準(zhǔn)備帶1師北洋軍入湘，但這道命令立刻引起湖南軍民的激烈反對(duì)。湖南人民剛剛趕走了北洋軍閥湯薌銘，斷然不能容許第二個(gè)北洋軍閥接踵而來。因此，湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南督軍。劉曾做過廣西藩臺(tái)，與桂系軍閥陸榮廷頗有淵源。劉通過陸榮廷，請(qǐng)桂軍協(xié)助，共同抗拒北軍，陸立刻表示予以支援，滇系軍閥唐繼堯也給予堅(jiān)決支持。國民黨人和進(jìn)步黨人也向北京政府提出抗議北洋軍再度入湘。
部分進(jìn)步黨人希望調(diào)蔡鍔回湖南，國民黨人則希望黃興繼任湖南督軍，但黃、蔡兩人都無此意。黃興推薦譚延闿自代。譚是個(gè)介乎進(jìn)步黨與國民黨之間的人物，所以進(jìn)步黨也不反對(duì)。陳鬯得知湖南的風(fēng)勢不對(duì)，表示不就新職。
段祺瑞派他的內(nèi)親吳光新率領(lǐng)北洋軍3旅接防岳州，并內(nèi)定吳為湖南督軍。消息泄露，湖南軍民和西南軍閥又一次表示激烈反對(duì)。北京政府不得不任命譚延闿為湖南省長兼署湖南督軍。
陳鬯在宜昌把他所率領(lǐng)的一個(gè)師的北洋軍解散了。他的這一舉動(dòng)受到總統(tǒng)黎元洪的贊同，黎正在提倡裁兵。但陳鬯不清楚，黎與段祺瑞交惡，大權(quán)已由總統(tǒng)移于總理之手，他沒有得到北洋派領(lǐng)袖段祺瑞同意，擅自把北洋軍解散，是段痛恨的事。段決定等他到京，組織軍事法庭審訊他，從他的頭顱為自己立威。
蔡邀請(qǐng)陳鬯同輪往漢口。陳自己感覺到與蔡同行，一榮一辱，恰恰形成一個(gè)鮮明的對(duì)比，便婉言謝絕了。
蔡乘大輪到漢口，湖北督軍王占元派楚信、楚義等巡防艦駛往武昌迎接，王又乘楚材艦來迎接，各機(jī)關(guān)、各團(tuán)體也乘各種船只來迎接，武漢江面上布滿了歡迎者的船只。蔡乘的大輪周圍，被難以數(shù)計(jì)的歡迎船只從四面八方蜂擁包圍。王占元熱情地請(qǐng)蔡鍔在武漢多停留幾天，蔡堅(jiān)辭謝，王只得在楚材艦上大張宴會(huì)，款待蔡及其隨行人員。蔡并未登岸，當(dāng)晚換乘江裕輪下駛。
事后得知，這是北洋派擺下的“鴻門宴”。原來長江上游經(jīng)常有一些武裝軍人私帶煙土。蔡來自成都，北洋軍閥估計(jì)在他的隨從中一定有人私帶煙土，因此，王占元奉命假歡迎之名，用許多船只把蔡所乘大輪包圍起來，如果在船中發(fā)現(xiàn)煙土，就借此毀滅蔡的盛名。蔡在北洋軍閥眼中是一個(gè)十分可怕的敵人。梁啟超給蔡鍔發(fā)急電，是因?yàn)樯虾：ｊP(guān)破獲了一件販毒案，北洋軍閥無中生有地把案件牽扯到張耀曾的頭上，梁暗示蔡防備北洋軍的暗害。
蔡到上海，把自己隱藏起來，僅到梁啟超的“禮廬”“相對(duì)欷歔，互道勞苦”。
蔡又一次向北京政府辭職，請(qǐng)求東渡養(yǎng)疴。段祺瑞請(qǐng)梁啟超轉(zhuǎn)勸他到北京西山療養(yǎng)，不必遠(yuǎn)渡日本。蔡沒忘記以前袁世凱電召他到北京養(yǎng)病，從此成為袁的政治俘虜?shù)耐?。他推托說，北京繁囂，不宜養(yǎng)病，段給假三個(gè)月。
陳鬯遲蔡一天到漢口，王占元開始對(duì)他還有些禮貌，隨即派密探監(jiān)視他的行動(dòng)。隨同陳到漢口的前四川軍署參謀長劉一清，因私帶手槍被捕。陳嚇得躲在漢口租界不敢出來。
蔡在上?？赐它S興，于9月8日動(dòng)身到日本，在九洲福岡醫(yī)院治病，11月8日逝世，年僅35歲。他生前吩咐蔣百里錄寫他的遺電：
“國會(huì)、大總統(tǒng)鈞鑒：鍔病恐不起。謹(jǐn)口授隨員等以遺電陳四事：一，愿我人民、政府協(xié)力一心，采取有希望之積極政策；二，意見多由于爭權(quán)利，愿為人望者以道德愛國；三，在川陣亡及出力人員，懇飭羅、戴兩君核實(shí)呈請(qǐng)恤獎(jiǎng)，以昭激勵(lì)；四，鍔以短命，未能盡力民國，應(yīng)行薄葬。”
北京政府下令褒揚(yáng)他再造共和的功績，派駐日公使章宗祥照料身后事，并給予治喪費(fèi)2萬元。
黃興也于10月10日舊疾復(fù)發(fā)。他奔走國事，操勞過度，飲食無節(jié)，曾患胃出血癥。北京政府授黃勛一位，黎元洪聘他為總統(tǒng)府高等顧問，湖南省議會(huì)舉為湖南督軍。富貴功名逼人而來，黃均堅(jiān)辭不受。31日，黃興在上海福開森路逝世，年僅42歲。
12月22日，北京政府公布了國會(huì)關(guān)于國葬黃興、蔡鍔兩人的決議案，全國各地紛紛舉行“黃蔡二公追悼大會(huì)”。
中華革命軍淞滬司令陳其美在上海被袁世凱派人暗殺。他的兩個(gè)侄兒陳果夫、陳立夫，在國民黨中成為要人，此是后話。
黎元洪就任總統(tǒng)后，調(diào)任農(nóng)商總長張國淦為總統(tǒng)府秘書長。秘書有林長民、賈壽坤、雷豫釗、歐陽葆真、劉遠(yuǎn)駒、張則川、瞿瀛、郭泰祺8人；軍事幕僚有哈漢章、金永炎、蔣作賓、黎澍4人。軍事幕僚經(jīng)常建議總統(tǒng)必須掌握兵權(quán)，他們認(rèn)為：責(zé)任內(nèi)閣制是指政治而言，而軍事方面，總統(tǒng)既然是全國陸海軍大元帥，就不能不管。黎元洪也覺袁世凱做總統(tǒng)何等威風(fēng)，我這個(gè)總統(tǒng)雖然不集權(quán)，畢竟還是個(gè)總統(tǒng)，不能不管軍事。
但向有“段虎”之稱、驕橫跋扈的段祺瑞根本不把黎元洪放在眼里。他認(rèn)為在前清時(shí)期，自己做過統(tǒng)制（師長）、軍統(tǒng)（軍長）和提督，署理過湖廣總督，而黎不過是一個(gè)協(xié)統(tǒng)（旅長）。袁世凱當(dāng)權(quán)時(shí)，他是北洋派首屈一指的大將，而黎不過是一個(gè)無權(quán)無勇的政治俘虜。袁世凱死后，是他把黎“提拔”到總統(tǒng)地位的。段要以國務(wù)總理的地位掌握全國政權(quán)，以陸軍總長的地位掌握全國軍權(quán)。
黎元洪不甘心做一個(gè)有名無實(shí)的傀儡總統(tǒng)，不愿做北洋軍閥掌上的玩物，被人吆三喝四，只做一個(gè)蓋印機(jī)器，于是，總統(tǒng)府和國務(wù)院無端生出許多事情來，這便是府院之爭風(fēng)波。
黎元洪經(jīng)常與孫中山、黃興、岑春煊、唐紹儀等文電往來，段對(duì)此大為不滿：“原來這些反對(duì)我的人都是你的好朋友！”黎元洪指使幕僚，越過陸軍部，直接給各省督軍打電報(bào)，傳達(dá)總統(tǒng)命令。段祺瑞指責(zé)哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓為“府中四兇”。
段祺瑞的蠻橫專制，不僅是黎元洪不能忍受，國會(huì)內(nèi)許多議員也極為不滿。國會(huì)中有一位反段的議員孫洪伊提出了“以馮制段”的策略來，推舉馮國璋為副總統(tǒng)，以牽制段祺瑞。馮國璋原想取袁而代之，但沒有做成總統(tǒng)，心想退一步得一副總統(tǒng)走著瞧倒也不錯(cuò)。段祺瑞也有他的小算盤：如果馮國璋到北京來做副總統(tǒng)，離開了他的地盤，反倒便于控制，這樣北洋派的領(lǐng)袖就非自己莫屬了。
馮國璋在10月30日被選為中華民國副總統(tǒng)。馮國璋向有“馮狗”之稱，善于觀測風(fēng)向，他頂著副總統(tǒng)的頭銜，依然呆在南京，靜觀政潮變幻。
黎元洪千方百計(jì)維護(hù)自己的總統(tǒng)職權(quán)，但他手無實(shí)力，所能依恃的只有與他繼任總統(tǒng)地位俱來的國會(huì)，而國會(huì)并不統(tǒng)一，黨派政爭極為激烈。原進(jìn)步黨一面高唱“不黨主義”，一面組成兩個(gè)團(tuán)體，一為以湯化龍、劉崇佑為首的憲法討論會(huì)，一為梁啟超、林長民為首的憲法研究會(huì)，不久又合二為一，統(tǒng)稱憲法研究會(huì)，簡稱“研究系”；國民黨方面，有張繼以國民黨領(lǐng)袖資格出組憲政商榷會(huì)。內(nèi)中又分客廬系、丙辰俱樂部、韜園系三系，后又由三系演變成政學(xué)會(huì)、益友社、丙辰俱樂部、韜園系四派。不久丙辰俱樂部、韜園系合并為民友社。研究系完全支持段內(nèi)閣；商榷會(huì)的右翼因?yàn)楣如娦?、張耀曾為?nèi)閣閣員，也傾向于維持段內(nèi)閣；民友社和益友社算是“商榷會(huì)”的左翼，主張倒段，當(dāng)時(shí)左翼占據(jù)國會(huì)優(yōu)勢。這樣的情況決定了黎元洪的總統(tǒng)府與段祺瑞的國務(wù)院必然發(fā)生矛盾沖突；沖突的根本性質(zhì)，是政治權(quán)勢之爭，卻也反映了國民黨對(duì)北洋軍閥獨(dú)裁統(tǒng)治的抗?fàn)帯?br/>
段祺瑞的左右對(duì)黎也毫不尊重，只知有總理，不知有總統(tǒng)。特別是國務(wù)院秘書長徐樹錚，依恃段公然蔑視總統(tǒng)。他又專斷越權(quán)，引起府方人員和許多閣員不滿。
府院之爭多發(fā)生在任免官吏問題上，黎、段在用人路線上有分歧，一般說來，黎傾向用新派人物，對(duì)帝制派分子堅(jiān)決不用。而段祺瑞則樂于用舊派人物，排斥新派人物。時(shí)人評(píng)說：“府為新派所依恃，院為舊派之護(hù)符?！?br/>
一日，徐樹錚不顧國務(wù)院調(diào)解龍濟(jì)光部與李烈鈞部武裝沖突的決議，擅擬粵、閩、湘、贛四省討伐李烈鈞部的命令，到總統(tǒng)府蓋印，遭到黎元洪拒絕。徐膽大妄為，徑直以國務(wù)院名義電令四省會(huì)剿李烈鈞部。及至江西督軍李純復(fù)電“無兵可調(diào)”，只能擔(dān)任防守贛、粵邊境等語，閣員們才知道徐竟私自擅發(fā)軍事命令。內(nèi)務(wù)總長孫洪伊當(dāng)面指責(zé)徐越權(quán)，徐仍強(qiáng)辯。
孫、徐二人經(jīng)常在國務(wù)院會(huì)議上短兵相接，幾乎無事無時(shí)不沖突，致使孫憤而提出辭職。
黎元洪得知孫洪伊被迫辭職，異常氣憤，特將孫召進(jìn)總統(tǒng)府，溫語慰留。孫洪伊得到總統(tǒng)支持，氣勢更盛。徐樹錚在段祺瑞的支持下，本來發(fā)生在徐、孫之間的爭執(zhí)，發(fā)展到內(nèi)務(wù)部與國務(wù)院的沖突，又演變至府院沖突。雙方?jīng)_突多日無結(jié)果，院方索性破釜沉舟，擬就“孫洪伊著即免職”的命令，由段祺瑞單銜副署，徐樹錚送府蓋印。黎見命令，不禁震怒，咆哮道：“你們說的話算話，我說的便不是話么！”
段祺瑞親到公府，請(qǐng)黎在免孫的命令上蓋印，黎仍拒絕。
段憤然宣稱，如再不肯免孫職，即請(qǐng)總統(tǒng)免我職。
孫洪伊是“韜園派”首領(lǐng)?！绊w園派”議員數(shù)十人在國會(huì)提出辦徐樹錚案，列舉徐“蒙蔽總理”、“侮蔑元首”、“偽造文書”、“擅發(fā)院令”、“擅專軍令”等七大罪狀，還醞釀對(duì)內(nèi)閣總理段祺瑞提出彈劾。
政局出現(xiàn)一片混亂。最后由徐世昌等人出面調(diào)解。結(jié)果以孫、徐去職結(jié)束。
黎元洪和段祺瑞之政爭終于在1917年對(duì)德外交問題上達(dá)到白熱化程度。
1914年開始的第一次世界大戰(zhàn)于1917年春已進(jìn)入最后階段。其間，日本借西方列強(qiáng)大戰(zhàn)之際，加強(qiáng)侵略中國，迄未參戰(zhàn)的美國力圖與日本在侵華中展開競爭，英、法、俄等協(xié)約國曾誘使中國參戰(zhàn)，因日本反對(duì)而作罷。現(xiàn)在美國企圖搶先一步拉中國步其后塵，對(duì)德絕交，以便使中國擺脫日本的控制。2月4日，美國照會(huì)中國政府，拉攏黎元洪，“希望與美國采取一致立場”，表示愿意借款給中國作參戰(zhàn)經(jīng)費(fèi)。段祺瑞也力主對(duì)德宣戰(zhàn)，他想利用對(duì)德宣戰(zhàn)之機(jī)，勾結(jié)日本，借款練軍，擴(kuò)充實(shí)力。段向日本政府表示均以“誠意”相接，日本政府對(duì)段深表滿意。
黎元洪對(duì)美國素有好感，希望在外交上得到美國的支持，以與以日本為靠山的段祺瑞抗衡。黎、段是反映美、日帝國主義不同利益的代理人。美國轉(zhuǎn)而指使黎元洪抵制中國參戰(zhàn)。段祺瑞率領(lǐng)閣員謁黎元洪，說明對(duì)德外交方針，由絕交而宣戰(zhàn)，再行加入?yún)f(xié)約國。黎元洪認(rèn)為絕交、宣戰(zhàn)，尚非其時(shí)。于是，段與黎展開了一場舌戰(zhàn)。段以不耐煩的口氣告訴總統(tǒng)說：
“內(nèi)閣已通過對(duì)德斷交一案?！?br/>
黎聲色俱厲地說：“根據(jù)約法，大總統(tǒng)有宣戰(zhàn)媾和的特權(quán)！”
段冷笑一聲：“總統(tǒng)既不要我負(fù)責(zé)，國會(huì)又要問我的責(zé)任，這樣的總理我沒法干下去了！”說罷揚(yáng)長而去，當(dāng)晚出走天津。
黎元洪只得讓步，他請(qǐng)馮國璋出面調(diào)解，并表示說：“外交問題，就聽段祺瑞的，但以國會(huì)的意見為準(zhǔn)?！?br/>
段回到國務(wù)院辦公后，國會(huì)又以多數(shù)票通過與德國絕交案。
對(duì)德絕交案公布后，黎元洪對(duì)外交問題態(tài)度消極，抱定主意，依恃國會(huì)，冷眼旁觀，一旦時(shí)機(jī)來臨，即推翻內(nèi)閣，段內(nèi)閣一倒，對(duì)德問題即好解決。他設(shè)下“隔岸觀火”計(jì)。
段祺瑞在對(duì)德絕交案通過后，積極推行對(duì)德宣戰(zhàn)政策，但不久便遭到全國各方面人士紛紛通電反對(duì)。孫中山等電參眾兩院，反對(duì)加入?yún)f(xié)約國，國會(huì)議員馬君武等3人通電各省，反對(duì)對(duì)德絕交、宣戰(zhàn)。社會(huì)各流康有為等也通電反對(duì)。
協(xié)約國開始時(shí)承認(rèn)中國參戰(zhàn)的權(quán)利，但中國加入?yún)f(xié)約國后不久，中國提出的要求全成畫餅。各國除同意中國停付對(duì)德、奧的庚子賠款外，其他要求均遭否決。
由于上述情況，國會(huì)對(duì)段內(nèi)閣逐漸失去信任，對(duì)德宣戰(zhàn)案難以在國會(huì)通過。段祺瑞一意孤行，他把各省督軍召到北京來開會(huì)，會(huì)議議定，同意對(duì)德宣戰(zhàn)。此次會(huì)議被稱為“督軍團(tuán)”。段決定用督軍團(tuán)來壓迫反對(duì)對(duì)德宣戰(zhàn)者。
1917年5月1日，段用督軍團(tuán)沖擊國務(wù)會(huì)議，脅迫國務(wù)會(huì)議通過參戰(zhàn)案。段又急不可待地要總統(tǒng)黎元洪在參戰(zhàn)案上蓋印。誰知國務(wù)員程璧光向黎直言督軍團(tuán)倪嗣沖、張懷芝、李厚基、孟恩遠(yuǎn)數(shù)人闖進(jìn)國務(wù)會(huì)議廳，疾言厲色地脅迫國務(wù)會(huì)議通過參戰(zhàn)案。黎元洪對(duì)督軍團(tuán)沖擊國務(wù)會(huì)議十分不滿，令段將參戰(zhàn)案提交國會(huì)討論通過。
段祺瑞便模仿四年前袁世凱競選總統(tǒng)時(shí)以公民團(tuán)包圍國會(huì)議院的辦法，暗地里命令部下組織公民團(tuán)。
5月10日，眾議院開全院委員會(huì)審查對(duì)德宣戰(zhàn)案時(shí)，數(shù)千名自稱“公民團(tuán)”的光怪陸離的隊(duì)伍將眾議院層層包圍，他們要求當(dāng)日通過參戰(zhàn)案，否則不許議員出院。有的議員因不肯接受他們的“傳單”，當(dāng)場被打，田桐、鄒魯?shù)仁嗳吮淮騻?。議長打電話給總統(tǒng)府和國務(wù)院求救，黎元洪聽了，氣憤地說：“應(yīng)該由內(nèi)閣負(fù)責(zé)?！?br/>
段祺瑞不得不于晚7時(shí)半乘汽車來到議場，“公民”立即閃開通道，并向段搖旗歡呼，掌聲雷動(dòng)。議員們紛紛憤怒質(zhì)問段祺瑞，并把段留在院，以為自衛(wèi)之計(jì)。于是形成“公民”圍困議員于院內(nèi)，而議員則圍困總理于休息室之奇觀。
最后，因“公民”用瓦塊襲擊議場，一名日本記者被擊傷，從而段祺瑞不得不派馬隊(duì)驅(qū)散“公民”。這些“公民”是陸軍部次長傅良佐根據(jù)段祺瑞的意見，花錢雇來的流氓、乞丐和無業(yè)游民，段祺瑞的親信陳紹唐、靳云鵬、段芝貴等均到場指揮。
蔡鍔患有嚴(yán)重的喉結(jié)核病，又是個(gè)事必躬親的人。在艱苦作戰(zhàn)時(shí)期，他不但忙于指揮軍事，還要親理文書，因此病情日益惡化，服藥后毫不見效，腫痛更甚，飲食難進(jìn)，體溫高達(dá)39度。他接到任命他為四川督軍兼省長的公報(bào)后，通過梁啟超請(qǐng)求北京政府負(fù)責(zé)償還半年內(nèi)護(hù)國軍欠資200萬元，同時(shí)請(qǐng)求卸職養(yǎng)疴。
但軍中會(huì)議力加阻止，四川各方面也紛紛歡迎他赴任。蔡認(rèn)為這是“惡作劇”，使他“失卻自由之身”。他不止一次電請(qǐng)梁啟超傳達(dá)北京政府準(zhǔn)其辭職。他又電告唐繼堯說：“儕輩中果有三數(shù)人身先引退，飄然遠(yuǎn)翥，實(shí)足對(duì)于今日號(hào)稱偉人志士英雄豪杰一流直接下一針砭，為后來留一榜樣”?！拔逸呏鲝?，應(yīng)始終抱定為國家不為權(quán)利之初心，貫徹一致，不為外界所搖惑，不為左右私慝所劫動(dòng)，實(shí)為公私兩濟(jì)?！彼吮砻髯约旱膽B(tài)度外，還諷示唐繼堯不要聽信那些狗頭軍師們的鬼話，想把四川納入云南的勢力范圍。
北京政府接到蔡的辭職電，認(rèn)為是一種表面文章，只批準(zhǔn)給假一月，叫他就近調(diào)養(yǎng)。
蔡鍔想改造北洋軍，他認(rèn)為北洋軍是一支很好的武裝力量，北方人樸實(shí)忠勇而又具有強(qiáng)健的體格，只是由于袁世凱自私自利，把北洋軍造成為他的個(gè)人軍隊(duì)和政治資本，因此北洋軍對(duì)國家不但沒有貢獻(xiàn)反而起著破壞作用?，F(xiàn)在袁死了，應(yīng)該是化私為公改造北洋軍的良好時(shí)機(jī)。但是，袁氏雖死，袁的化身依然遵循著袁的軌道，把北洋軍作為爭奪個(gè)人權(quán)力的工具，蔡的心愿是不可能實(shí)現(xiàn)的。
蔡頗受各方面重視。梁啟超想留他在四川建立進(jìn)步黨的武裝力量；一部分湖南籍的進(jìn)步黨人想請(qǐng)他到湖南“為桑梓服務(wù)”。蔡既不愿留四川，也不愿調(diào)往湖南，希望有一個(gè)較長時(shí)間醫(yī)治疾病。他繼續(xù)向北京政府請(qǐng)假辭職，北京政府給他兩個(gè)月假。在重慶主持收編各路民軍的戴戡，邀請(qǐng)他到重慶療養(yǎng)，他沒同意。他偕同蔣百里等由成都出發(fā)，經(jīng)過重慶稍作逗留，即換輪船下駛。
蔡到宜昌時(shí)接到一個(gè)注明“沿途探送”的急電，是梁啟超從上海發(fā)來的，電文僅有一句話：“此間破獲販毒巨案，涉及某公之貴介弟?！崩蠋煙o端打來的這個(gè)無頭無尾的電報(bào)，引起蔡的注意。
蔡在宜昌會(huì)見了從四川逃出來的陳鬯。
陳鬯被任命為湖南督軍兼省長。陳準(zhǔn)備帶1師北洋軍入湘，但這道命令立刻引起湖南軍民的激烈反對(duì)。湖南人民剛剛趕走了北洋軍閥湯薌銘，斷然不能容許第二個(gè)北洋軍閥接踵而來。因此，湖南各界推舉年已七旬的劉人熙為湖南督軍。劉曾做過廣西藩臺(tái)，與桂系軍閥陸榮廷頗有淵源。劉通過陸榮廷，請(qǐng)桂軍協(xié)助，共同抗拒北軍，陸立刻表示予以支援，滇系軍閥唐繼堯也給予堅(jiān)決支持。國民黨人和進(jìn)步黨人也向北京政府提出抗議北洋軍再度入湘。
部分進(jìn)步黨人希望調(diào)蔡鍔回湖南，國民黨人則希望黃興繼任湖南督軍，但黃、蔡兩人都無此意。黃興推薦譚延闿自代。譚是個(gè)介乎進(jìn)步黨與國民黨之間的人物，所以進(jìn)步黨也不反對(duì)。陳鬯得知湖南的風(fēng)勢不對(duì)，表示不就新職。
段祺瑞派他的內(nèi)親吳光新率領(lǐng)北洋軍3旅接防岳州，并內(nèi)定吳為湖南督軍。消息泄露，湖南軍民和西南軍閥又一次表示激烈反對(duì)。北京政府不得不任命譚延闿為湖南省長兼署湖南督軍。
陳鬯在宜昌把他所率領(lǐng)的一個(gè)師的北洋軍解散了。他的這一舉動(dòng)受到總統(tǒng)黎元洪的贊同，黎正在提倡裁兵。但陳鬯不清楚，黎與段祺瑞交惡，大權(quán)已由總統(tǒng)移于總理之手，他沒有得到北洋派領(lǐng)袖段祺瑞同意，擅自把北洋軍解散，是段痛恨的事。段決定等他到京，組織軍事法庭審訊他，從他的頭顱為自己立威。
蔡邀請(qǐng)陳鬯同輪往漢口。陳自己感覺到與蔡同行，一榮一辱，恰恰形成一個(gè)鮮明的對(duì)比，便婉言謝絕了。
蔡乘大輪到漢口，湖北督軍王占元派楚信、楚義等巡防艦駛往武昌迎接，王又乘楚材艦來迎接，各機(jī)關(guān)、各團(tuán)體也乘各種船只來迎接，武漢江面上布滿了歡迎者的船只。蔡乘的大輪周圍，被難以數(shù)計(jì)的歡迎船只從四面八方蜂擁包圍。王占元熱情地請(qǐng)蔡鍔在武漢多停留幾天，蔡堅(jiān)辭謝，王只得在楚材艦上大張宴會(huì)，款待蔡及其隨行人員。蔡并未登岸，當(dāng)晚換乘江裕輪下駛。
事后得知，這是北洋派擺下的“鴻門宴”。原來長江上游經(jīng)常有一些武裝軍人私帶煙土。蔡來自成都，北洋軍閥估計(jì)在他的隨從中一定有人私帶煙土，因此，王占元奉命假歡迎之名，用許多船只把蔡所乘大輪包圍起來，如果在船中發(fā)現(xiàn)煙土，就借此毀滅蔡的盛名。蔡在北洋軍閥眼中是一個(gè)十分可怕的敵人。梁啟超給蔡鍔發(fā)急電，是因?yàn)樯虾：ｊP(guān)破獲了一件販毒案，北洋軍閥無中生有地把案件牽扯到張耀曾的頭上，梁暗示蔡防備北洋軍的暗害。
蔡到上海，把自己隱藏起來，僅到梁啟超的“禮廬”“相對(duì)欷歔，互道勞苦”。
蔡又一次向北京政府辭職，請(qǐng)求東渡養(yǎng)疴。段祺瑞請(qǐng)梁啟超轉(zhuǎn)勸他到北京西山療養(yǎng)，不必遠(yuǎn)渡日本。蔡沒忘記以前袁世凱電召他到北京養(yǎng)病，從此成為袁的政治俘虜?shù)耐?。他推托說，北京繁囂，不宜養(yǎng)病，段給假三個(gè)月。
陳鬯遲蔡一天到漢口，王占元開始對(duì)他還有些禮貌，隨即派密探監(jiān)視他的行動(dòng)。隨同陳到漢口的前四川軍署參謀長劉一清，因私帶手槍被捕。陳嚇得躲在漢口租界不敢出來。
蔡在上?？赐它S興，于9月8日動(dòng)身到日本，在九洲福岡醫(yī)院治病，11月8日逝世，年僅35歲。他生前吩咐蔣百里錄寫他的遺電：
“國會(huì)、大總統(tǒng)鈞鑒：鍔病恐不起。謹(jǐn)口授隨員等以遺電陳四事：一，愿我人民、政府協(xié)力一心，采取有希望之積極政策；二，意見多由于爭權(quán)利，愿為人望者以道德愛國；三，在川陣亡及出力人員，懇飭羅、戴兩君核實(shí)呈請(qǐng)恤獎(jiǎng)，以昭激勵(lì)；四，鍔以短命，未能盡力民國，應(yīng)行薄葬。”
北京政府下令褒揚(yáng)他再造共和的功績，派駐日公使章宗祥照料身后事，并給予治喪費(fèi)2萬元。
黃興也于10月10日舊疾復(fù)發(fā)。他奔走國事，操勞過度，飲食無節(jié)，曾患胃出血癥。北京政府授黃勛一位，黎元洪聘他為總統(tǒng)府高等顧問，湖南省議會(huì)舉為湖南督軍。富貴功名逼人而來，黃均堅(jiān)辭不受。31日，黃興在上海福開森路逝世，年僅42歲。
12月22日，北京政府公布了國會(huì)關(guān)于國葬黃興、蔡鍔兩人的決議案，全國各地紛紛舉行“黃蔡二公追悼大會(huì)”。
中華革命軍淞滬司令陳其美在上海被袁世凱派人暗殺。他的兩個(gè)侄兒陳果夫、陳立夫，在國民黨中成為要人，此是后話。
黎元洪就任總統(tǒng)后，調(diào)任農(nóng)商總長張國淦為總統(tǒng)府秘書長。秘書有林長民、賈壽坤、雷豫釗、歐陽葆真、劉遠(yuǎn)駒、張則川、瞿瀛、郭泰祺8人；軍事幕僚有哈漢章、金永炎、蔣作賓、黎澍4人。軍事幕僚經(jīng)常建議總統(tǒng)必須掌握兵權(quán)，他們認(rèn)為：責(zé)任內(nèi)閣制是指政治而言，而軍事方面，總統(tǒng)既然是全國陸海軍大元帥，就不能不管。黎元洪也覺袁世凱做總統(tǒng)何等威風(fēng)，我這個(gè)總統(tǒng)雖然不集權(quán)，畢竟還是個(gè)總統(tǒng)，不能不管軍事。
但向有“段虎”之稱、驕橫跋扈的段祺瑞根本不把黎元洪放在眼里。他認(rèn)為在前清時(shí)期，自己做過統(tǒng)制（師長）、軍統(tǒng)（軍長）和提督，署理過湖廣總督，而黎不過是一個(gè)協(xié)統(tǒng)（旅長）。袁世凱當(dāng)權(quán)時(shí)，他是北洋派首屈一指的大將，而黎不過是一個(gè)無權(quán)無勇的政治俘虜。袁世凱死后，是他把黎“提拔”到總統(tǒng)地位的。段要以國務(wù)總理的地位掌握全國政權(quán)，以陸軍總長的地位掌握全國軍權(quán)。
黎元洪不甘心做一個(gè)有名無實(shí)的傀儡總統(tǒng)，不愿做北洋軍閥掌上的玩物，被人吆三喝四，只做一個(gè)蓋印機(jī)器，于是，總統(tǒng)府和國務(wù)院無端生出許多事情來，這便是府院之爭風(fēng)波。
黎元洪經(jīng)常與孫中山、黃興、岑春煊、唐紹儀等文電往來，段對(duì)此大為不滿：“原來這些反對(duì)我的人都是你的好朋友！”黎元洪指使幕僚，越過陸軍部，直接給各省督軍打電報(bào)，傳達(dá)總統(tǒng)命令。段祺瑞指責(zé)哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓為“府中四兇”。
段祺瑞的蠻橫專制，不僅是黎元洪不能忍受，國會(huì)內(nèi)許多議員也極為不滿。國會(huì)中有一位反段的議員孫洪伊提出了“以馮制段”的策略來，推舉馮國璋為副總統(tǒng)，以牽制段祺瑞。馮國璋原想取袁而代之，但沒有做成總統(tǒng)，心想退一步得一副總統(tǒng)走著瞧倒也不錯(cuò)。段祺瑞也有他的小算盤：如果馮國璋到北京來做副總統(tǒng)，離開了他的地盤，反倒便于控制，這樣北洋派的領(lǐng)袖就非自己莫屬了。
馮國璋在10月30日被選為中華民國副總統(tǒng)。馮國璋向有“馮狗”之稱，善于觀測風(fēng)向，他頂著副總統(tǒng)的頭銜，依然呆在南京，靜觀政潮變幻。
黎元洪千方百計(jì)維護(hù)自己的總統(tǒng)職權(quán)，但他手無實(shí)力，所能依恃的只有與他繼任總統(tǒng)地位俱來的國會(huì)，而國會(huì)并不統(tǒng)一，黨派政爭極為激烈。原進(jìn)步黨一面高唱“不黨主義”，一面組成兩個(gè)團(tuán)體，一為以湯化龍、劉崇佑為首的憲法討論會(huì)，一為梁啟超、林長民為首的憲法研究會(huì)，不久又合二為一，統(tǒng)稱憲法研究會(huì)，簡稱“研究系”；國民黨方面，有張繼以國民黨領(lǐng)袖資格出組憲政商榷會(huì)。內(nèi)中又分客廬系、丙辰俱樂部、韜園系三系，后又由三系演變成政學(xué)會(huì)、益友社、丙辰俱樂部、韜園系四派。不久丙辰俱樂部、韜園系合并為民友社。研究系完全支持段內(nèi)閣；商榷會(huì)的右翼因?yàn)楣如娦?、張耀曾為?nèi)閣閣員，也傾向于維持段內(nèi)閣；民友社和益友社算是“商榷會(huì)”的左翼，主張倒段，當(dāng)時(shí)左翼占據(jù)國會(huì)優(yōu)勢。這樣的情況決定了黎元洪的總統(tǒng)府與段祺瑞的國務(wù)院必然發(fā)生矛盾沖突；沖突的根本性質(zhì)，是政治權(quán)勢之爭，卻也反映了國民黨對(duì)北洋軍閥獨(dú)裁統(tǒng)治的抗?fàn)帯?br/>
段祺瑞的左右對(duì)黎也毫不尊重，只知有總理，不知有總統(tǒng)。特別是國務(wù)院秘書長徐樹錚，依恃段公然蔑視總統(tǒng)。他又專斷越權(quán)，引起府方人員和許多閣員不滿。
府院之爭多發(fā)生在任免官吏問題上，黎、段在用人路線上有分歧，一般說來，黎傾向用新派人物，對(duì)帝制派分子堅(jiān)決不用。而段祺瑞則樂于用舊派人物，排斥新派人物。時(shí)人評(píng)說：“府為新派所依恃，院為舊派之護(hù)符?！?br/>
一日，徐樹錚不顧國務(wù)院調(diào)解龍濟(jì)光部與李烈鈞部武裝沖突的決議，擅擬粵、閩、湘、贛四省討伐李烈鈞部的命令，到總統(tǒng)府蓋印，遭到黎元洪拒絕。徐膽大妄為，徑直以國務(wù)院名義電令四省會(huì)剿李烈鈞部。及至江西督軍李純復(fù)電“無兵可調(diào)”，只能擔(dān)任防守贛、粵邊境等語，閣員們才知道徐竟私自擅發(fā)軍事命令。內(nèi)務(wù)總長孫洪伊當(dāng)面指責(zé)徐越權(quán)，徐仍強(qiáng)辯。
孫、徐二人經(jīng)常在國務(wù)院會(huì)議上短兵相接，幾乎無事無時(shí)不沖突，致使孫憤而提出辭職。
黎元洪得知孫洪伊被迫辭職，異常氣憤，特將孫召進(jìn)總統(tǒng)府，溫語慰留。孫洪伊得到總統(tǒng)支持，氣勢更盛。徐樹錚在段祺瑞的支持下，本來發(fā)生在徐、孫之間的爭執(zhí)，發(fā)展到內(nèi)務(wù)部與國務(wù)院的沖突，又演變至府院沖突。雙方?jīng)_突多日無結(jié)果，院方索性破釜沉舟，擬就“孫洪伊著即免職”的命令，由段祺瑞單銜副署，徐樹錚送府蓋印。黎見命令，不禁震怒，咆哮道：“你們說的話算話，我說的便不是話么！”
段祺瑞親到公府，請(qǐng)黎在免孫的命令上蓋印，黎仍拒絕。
段憤然宣稱，如再不肯免孫職，即請(qǐng)總統(tǒng)免我職。
孫洪伊是“韜園派”首領(lǐng)?！绊w園派”議員數(shù)十人在國會(huì)提出辦徐樹錚案，列舉徐“蒙蔽總理”、“侮蔑元首”、“偽造文書”、“擅發(fā)院令”、“擅專軍令”等七大罪狀，還醞釀對(duì)內(nèi)閣總理段祺瑞提出彈劾。
政局出現(xiàn)一片混亂。最后由徐世昌等人出面調(diào)解。結(jié)果以孫、徐去職結(jié)束。
黎元洪和段祺瑞之政爭終于在1917年對(duì)德外交問題上達(dá)到白熱化程度。
1914年開始的第一次世界大戰(zhàn)于1917年春已進(jìn)入最后階段。其間，日本借西方列強(qiáng)大戰(zhàn)之際，加強(qiáng)侵略中國，迄未參戰(zhàn)的美國力圖與日本在侵華中展開競爭，英、法、俄等協(xié)約國曾誘使中國參戰(zhàn)，因日本反對(duì)而作罷。現(xiàn)在美國企圖搶先一步拉中國步其后塵，對(duì)德絕交，以便使中國擺脫日本的控制。2月4日，美國照會(huì)中國政府，拉攏黎元洪，“希望與美國采取一致立場”，表示愿意借款給中國作參戰(zhàn)經(jīng)費(fèi)。段祺瑞也力主對(duì)德宣戰(zhàn)，他想利用對(duì)德宣戰(zhàn)之機(jī)，勾結(jié)日本，借款練軍，擴(kuò)充實(shí)力。段向日本政府表示均以“誠意”相接，日本政府對(duì)段深表滿意。
黎元洪對(duì)美國素有好感，希望在外交上得到美國的支持，以與以日本為靠山的段祺瑞抗衡。黎、段是反映美、日帝國主義不同利益的代理人。美國轉(zhuǎn)而指使黎元洪抵制中國參戰(zhàn)。段祺瑞率領(lǐng)閣員謁黎元洪，說明對(duì)德外交方針，由絕交而宣戰(zhàn)，再行加入?yún)f(xié)約國。黎元洪認(rèn)為絕交、宣戰(zhàn)，尚非其時(shí)。于是，段與黎展開了一場舌戰(zhàn)。段以不耐煩的口氣告訴總統(tǒng)說：
“內(nèi)閣已通過對(duì)德斷交一案?！?br/>
黎聲色俱厲地說：“根據(jù)約法，大總統(tǒng)有宣戰(zhàn)媾和的特權(quán)！”
段冷笑一聲：“總統(tǒng)既不要我負(fù)責(zé)，國會(huì)又要問我的責(zé)任，這樣的總理我沒法干下去了！”說罷揚(yáng)長而去，當(dāng)晚出走天津。
黎元洪只得讓步，他請(qǐng)馮國璋出面調(diào)解，并表示說：“外交問題，就聽段祺瑞的，但以國會(huì)的意見為準(zhǔn)?！?br/>
段回到國務(wù)院辦公后，國會(huì)又以多數(shù)票通過與德國絕交案。
對(duì)德絕交案公布后，黎元洪對(duì)外交問題態(tài)度消極，抱定主意，依恃國會(huì)，冷眼旁觀，一旦時(shí)機(jī)來臨，即推翻內(nèi)閣，段內(nèi)閣一倒，對(duì)德問題即好解決。他設(shè)下“隔岸觀火”計(jì)。
段祺瑞在對(duì)德絕交案通過后，積極推行對(duì)德宣戰(zhàn)政策，但不久便遭到全國各方面人士紛紛通電反對(duì)。孫中山等電參眾兩院，反對(duì)加入?yún)f(xié)約國，國會(huì)議員馬君武等3人通電各省，反對(duì)對(duì)德絕交、宣戰(zhàn)。社會(huì)各流康有為等也通電反對(duì)。
協(xié)約國開始時(shí)承認(rèn)中國參戰(zhàn)的權(quán)利，但中國加入?yún)f(xié)約國后不久，中國提出的要求全成畫餅。各國除同意中國停付對(duì)德、奧的庚子賠款外，其他要求均遭否決。
由于上述情況，國會(huì)對(duì)段內(nèi)閣逐漸失去信任，對(duì)德宣戰(zhàn)案難以在國會(huì)通過。段祺瑞一意孤行，他把各省督軍召到北京來開會(huì)，會(huì)議議定，同意對(duì)德宣戰(zhàn)。此次會(huì)議被稱為“督軍團(tuán)”。段決定用督軍團(tuán)來壓迫反對(duì)對(duì)德宣戰(zhàn)者。
1917年5月1日，段用督軍團(tuán)沖擊國務(wù)會(huì)議，脅迫國務(wù)會(huì)議通過參戰(zhàn)案。段又急不可待地要總統(tǒng)黎元洪在參戰(zhàn)案上蓋印。誰知國務(wù)員程璧光向黎直言督軍團(tuán)倪嗣沖、張懷芝、李厚基、孟恩遠(yuǎn)數(shù)人闖進(jìn)國務(wù)會(huì)議廳，疾言厲色地脅迫國務(wù)會(huì)議通過參戰(zhàn)案。黎元洪對(duì)督軍團(tuán)沖擊國務(wù)會(huì)議十分不滿，令段將參戰(zhàn)案提交國會(huì)討論通過。
段祺瑞便模仿四年前袁世凱競選總統(tǒng)時(shí)以公民團(tuán)包圍國會(huì)議院的辦法，暗地里命令部下組織公民團(tuán)。
5月10日，眾議院開全院委員會(huì)審查對(duì)德宣戰(zhàn)案時(shí)，數(shù)千名自稱“公民團(tuán)”的光怪陸離的隊(duì)伍將眾議院層層包圍，他們要求當(dāng)日通過參戰(zhàn)案，否則不許議員出院。有的議員因不肯接受他們的“傳單”，當(dāng)場被打，田桐、鄒魯?shù)仁嗳吮淮騻?。議長打電話給總統(tǒng)府和國務(wù)院求救，黎元洪聽了，氣憤地說：“應(yīng)該由內(nèi)閣負(fù)責(zé)?！?br/>
段祺瑞不得不于晚7時(shí)半乘汽車來到議場，“公民”立即閃開通道，并向段搖旗歡呼，掌聲雷動(dòng)。議員們紛紛憤怒質(zhì)問段祺瑞，并把段留在院，以為自衛(wèi)之計(jì)。于是形成“公民”圍困議員于院內(nèi)，而議員則圍困總理于休息室之奇觀。
最后，因“公民”用瓦塊襲擊議場，一名日本記者被擊傷，從而段祺瑞不得不派馬隊(duì)驅(qū)散“公民”。這些“公民”是陸軍部次長傅良佐根據(jù)段祺瑞的意見，花錢雇來的流氓、乞丐和無業(yè)游民，段祺瑞的親信陳紹唐、靳云鵬、段芝貴等均到場指揮。
鄂公網(wǎng)安備 42010302001612號(hào)