1920年 5月，吳佩孚不聽(tīng)段祺瑞的命令，自衡陽(yáng)領(lǐng)兵北撤，隨后通電反對(duì)皖系“安福俱樂(lè)部”把持政權(quán)。他的通電是：“全國(guó)之大，能否盡為一人所盤(pán)踞？疆吏之多，能否盡為一黨所居奇？兆民之眾，能否盡為一人所鞭笞？”要求大總統(tǒng)徐世昌罷黜段祺瑞內(nèi)閣。7月，直皖戰(zhàn)起，吳佩孚聯(lián)合奉系軍閥張作霖，大敗皖軍，段祺瑞政府倒臺(tái)，直奉兩系軍閥共同控制北京政府。吳的通電游戲使得徐世昌總統(tǒng)叮囑手下人：吳佩孚的態(tài)度不可不考慮。
　　
　　吳的軍人造反顛覆了政府，按后來(lái)人們的史評(píng)，吳佩孚的這一舉動(dòng)標(biāo)志著北洋軍閥公開(kāi)分裂，多數(shù)論者認(rèn)為這是一場(chǎng)爭(zhēng)權(quán)奪利的不義之戰(zhàn)，戰(zhàn)爭(zhēng)給當(dāng)時(shí)的中國(guó)社會(huì)帶來(lái)了較大的經(jīng)濟(jì)損失，在政治上和軍事上削弱了北洋軍閥，外交上沉重地打擊了日本對(duì)華的侵略政策，客觀上一定程度地有利于中國(guó)社會(huì)的獨(dú)立和進(jìn)步。但他通電謙稱：“此次興師討賊，原為民意所驅(qū)策，即戰(zhàn)勝結(jié)果，亦全國(guó)民意戰(zhàn)勝，非直軍戰(zhàn)勝也。此次戰(zhàn)勝逆黨，謬蒙各界贊揚(yáng)，實(shí)則非軍隊(duì)之力，全勝于民意。”
　　
　　直奉系掌權(quán)，吳佩孚在北京出任陸軍總長(zhǎng)可以說(shuō)是眾望所歸，但他只在北京落了落腳，即引兵回到洛陽(yáng)。他功成身退，只是出任“直魯豫巡閱副使”。一位在中國(guó)多年的日本軍部間諜鈴木貞一為此佩服說(shuō)：“我認(rèn)為吳佩孚是個(gè)很了不起的人物，因?yàn)樵谝话闱闆r下，獲勝的中國(guó)將軍都是進(jìn)入北京大逞威風(fēng)，但吳佩孚卻不聲不響徑自領(lǐng)兵回到河南洛陽(yáng)?！?br>　　
　　但人人都知道吳佩孚此時(shí)已是北京政府內(nèi)閣的靈魂，他人雖遠(yuǎn)避豫西，卻又讓人不得不仰其鼻息，北京政府大到國(guó)策小至人事安排，無(wú)不頻繁請(qǐng)教于他。當(dāng)擠在宣武門(mén)內(nèi)象房橋國(guó)會(huì)廳里爭(zhēng)吵不休的參議員和眾議員們擬拆除紫禁城三大殿 ——太和殿、保和殿、中和殿，在其廢墟上另建議會(huì)大廈時(shí)，吳佩孚通電總統(tǒng)、總理、內(nèi)務(wù)總長(zhǎng)、財(cái)政總長(zhǎng)：“……何忍以數(shù)百年之故宮供數(shù)人中飽之資乎？務(wù)希毅力惟一保存此大地百國(guó)之瑰寶。無(wú)任欣幸。盼禱之至！”當(dāng)各報(bào)刊登載了吳氏通電后，頌揚(yáng)吳帥之聲鵲起，抨擊國(guó)會(huì)之議潮涌，故宮三大殿幸免一劫。
　　
　　直奉的蜜月期很短，不到兩年，直奉反目，于 1922年 4月開(kāi)戰(zhàn)。吳佩孚的討奉通電名言是：“大誥之篇，入于王莽之筆，則為奸說(shuō)；統(tǒng)一之言，出諸盜匪之口，則為欺世?！彪m然奉系張作霖在軍隊(duì)人數(shù)和武器裝備上有明顯的優(yōu)勢(shì)，但吳佩孚的直系軍隊(duì)神速地?fù)魯×朔钴?。奉張退居?xùn)|北后，吳佩孚成為北洋軍閥首要人物，直系隨即獨(dú)霸北京政權(quán)，進(jìn)入全盛時(shí)期。接著，曹、吳逼徐世昌下臺(tái)，恢復(fù)舊國(guó)會(huì)；再邀已被廢黜五年的前副總統(tǒng)黎元洪復(fù)職，卻不給他實(shí)權(quán)，后來(lái)干脆把黎趕出北京。1923年，曹錕花費(fèi)約一千三百五十萬(wàn)元，當(dāng)上“賄選”總統(tǒng)，吳為此不滿，但也無(wú)可奈何。他力主“廢督裁兵”，而各地方實(shí)力派堅(jiān)持“聯(lián)省自治”；于是吳打起當(dāng)年自己曾公開(kāi)反對(duì)的“武力統(tǒng)一”旗號(hào)，在洛陽(yáng)埋頭練兵。
　　
　　吳佩孚的勢(shì)力引起國(guó)際矚目。上世紀(jì)二十年代初的他一度被公認(rèn)為“中國(guó)最有權(quán)勢(shì)的人物”，且博得了“愛(ài)國(guó)進(jìn)步”之名。不僅英、美等列強(qiáng)對(duì)他“爭(zhēng)相結(jié)納”，吳可能是最早上美國(guó)《時(shí)代周刊》封面的中國(guó)人；而且他也獲得蘇聯(lián)的青睞，以為與中國(guó)建立新的關(guān)系有望，因?yàn)閰遣晃谷?，且主張召開(kāi)包括工人在內(nèi)的國(guó)民大會(huì)。1924年，在他五十壽慶之時(shí)，正是權(quán)勢(shì)鼎盛之日，各地的軍政要人和文化名人、各國(guó)駐華使館的武官云集洛陽(yáng)，清廢帝溥儀也派出其“攝政王”前來(lái)祝賀。連曾名震朝野的維新派首領(lǐng)、著名學(xué)者康有為也大拍馬屁，獻(xiàn)壽聯(lián)云：“牧野鷹揚(yáng)，百歲功勛才一半；洛陽(yáng)虎視，八方風(fēng)雨會(huì)中州。 ”