武昌起義后，宋教仁因病未能及時趕到武漢，革命領(lǐng)導(dǎo)權(quán)落到了舊官僚黎元洪等人手中。10月 28日，宋教仁與黃興趕到武漢。黃興出任戰(zhàn)時總司令，宋則負(fù)責(zé)外交工作，他以自己的政治技巧和對世界公法的熟悉，成功地斡旋了與各國的關(guān)系，保證了列強(qiáng)在武漢嚴(yán)守中立。此外，他還主持了鄂軍都督府的所有公文的制定頒布。其中《鄂州約法》堪稱中國第一部共和法典，后來的《中華民國臨時約法》即以此為藍(lán)本。為了同盟會的利益，宋教仁力推黃興出任湖南湖北大都督，但遭到立憲派反對而沒有成功。12月 2日，南京光復(fù)，宋離鄂赴寧，調(diào)解各派矛盾，推舉程德全任都督，自己則擔(dān)任政務(wù)總長，為革命黨在南京的發(fā)展打開了局面。
　　
　　12月 25日，孫中山從海外歸國到達(dá)上海，次日晚，同盟會主要領(lǐng)導(dǎo)人孫中山、黃興、宋教仁、陳其美、胡漢民、汪精衛(wèi)等人開會，討論成立臨時政府問題，大家一致推舉孫中山為臨時大總統(tǒng)。孫主張總統(tǒng)制，效仿美國；但宋則認(rèn)為美國是聯(lián)邦制國家，地方對中央的約束大，而中國是中央集權(quán)，又有兩千年的專制傳統(tǒng)，故應(yīng)實(shí)行內(nèi)閣制。“蓋內(nèi)閣不善可以更迭之，總統(tǒng)不善則無術(shù)變易之。如欲變易之，必支援國本，此吾國人所以不取總統(tǒng)制，而取內(nèi)閣制也?！焙蠼?jīng)黃興調(diào)解，“詢眾議，多數(shù)贊成總統(tǒng)制”，宋教仁的主張被否決。
　　
　　12月 29日，十七省代表在南京舉行臨時大總統(tǒng)選舉，孫中山以十六票當(dāng)選。1912年元旦，孫中山宣誓就任南京臨時政府大總統(tǒng)。有人認(rèn)為宋教仁權(quán)利欲重，對他意見很大，甚至多把他看作一個威脅。孫中山提名宋教仁為國務(wù)院九部之一的內(nèi)務(wù)總長的建議也沒有通過，只給了他一個“法制院總裁”的頭銜。宋并不介意，積極投入到臨時約法的制訂工作中，并以充任民主政權(quán)的叔孫通自勉。有人為他抱不平，他坦然說：“總長不總長，無關(guān)宏旨，我素主張內(nèi)閣制，一個總長不做也罷?！?br>　　
　　孫中山的臨時大總統(tǒng)讓位于袁世凱，為限制袁世凱專權(quán)，在南京公布了《中華民國臨時約法》，將總統(tǒng)制改為內(nèi)閣制。據(jù)此，袁世凱任命唐紹儀為第一任總理，宋教仁為農(nóng)林總長。但強(qiáng)勢人物非一內(nèi)閣所能制約，袁世凱根本不愿受《臨時約法》的約束，不到三個月，唐紹儀內(nèi)閣即宣告垮臺。面對袁世凱的坐大，同盟會已無力量抗衡，同盟會內(nèi)部人心渙散，章太炎甚至宣揚(yáng)：“革命功成，革命黨消?！睂O中山也有心轉(zhuǎn)向建設(shè)鐵路一類的實(shí)務(wù)。為保衛(wèi)革命果實(shí)，宋教仁大力倡導(dǎo)“政黨政治”和“責(zé)任內(nèi)閣”，與政治專制傾向進(jìn)行斗爭。
　　
　　1912年 8月 25日，他征得孫中山、黃興同意，將同盟會與統(tǒng)一共和黨、國民公黨、國民共進(jìn)會、共和促進(jìn)會合并，正式成立國民黨，取服務(wù)國民之意，孫中山任理事長，宋教仁當(dāng)選為理事，嗣又被孫中山委任為代理理事長。宋教仁在湖北國民黨支部歡迎會上所作的演講中指出：“以前，我們是革命黨，現(xiàn)在，我們是革命的政黨。以前，我們是秘密的組織，現(xiàn)在，我們是公開的組織。以前，是舊的破壞的時期，現(xiàn)在，是新的建設(shè)的時期。以前，對于敵人，是拿出鐵血的精神，同他們奮斗，現(xiàn)在，對于敵黨，是拿出政治的見解，同他們奮斗 ……我們要在國會里，獲得過半數(shù)以上的議席，進(jìn)而在朝，就可以組成一黨內(nèi)閣，退而在野，也可以嚴(yán)密監(jiān)督政府，使它有所憚而不敢妄為，該為的，也使它有所憚而不敢不為 ……如不能達(dá)成政黨內(nèi)閣，寧甘退讓，如可改組政黨內(nèi)閣，雖他黨出任總理，亦贊助之?！?br>