5月23日，在開普勒發(fā)現(xiàn)第三公理的8天之后，一百多名貴族新教徒強(qiáng)行進(jìn)入魯?shù)婪驅(qū)m廷的大臣府，抗議魯?shù)婪蚴栈亓恕笆バ拧薄ＷC省區(qū)的宗教寬容政策，以及魯?shù)婪虻墓妓贡だ^承人對(duì)波希米亞兄弟會(huì)教堂的鎮(zhèn)壓，這所教堂是揚(yáng) · 胡斯① 用生命為代價(jià)建立起來的。他們表達(dá)虔誠的方式很簡單，就是抓住兩個(gè)信奉天主教的攝政大臣加洛斯拉夫 · 波利塔 · 茲 · 馬提尼和維萊姆 · 斯拉瓦塔，把他們和他倆的秘書菲利普 · 法布利修從大臣府的東窗扔了出去。這三個(gè)人死死地抓著窗臺(tái)，運(yùn)動(dòng)領(lǐng)袖圖倫伯爵用劍柄敲擊他們的手指，直到他們松開手。這些替罪羊還算幸運(yùn)，窗外就是時(shí)常漂浮下水垃圾的護(hù)城河，他們都掉在了柔軟的河床上。正如每個(gè)中學(xué)生都知道的那樣，這就是布拉格的第二次自衛(wèi)戰(zhàn)“三十年戰(zhàn)爭”的開端。① 第二年，皇帝馬提亞去世，皇位傳給侄子費(fèi)迪南二世，他是耶穌會(huì)士的頑固追隨者，曾于1600年親自下令將開普勒及其他新教徒一同驅(qū)逐出格拉茨。這立時(shí)引起波希米亞地區(qū)的叛亂，他們推舉巴拉丁選帝侯腓特烈五世做波希米亞國王。1613年，腓特烈娶了英國王室詹姆斯的女兒伊麗莎白公主。歐洲對(duì)這對(duì)“仿佛莎士比亞戲劇男女主人公”的絕配寄予厚望。①他們住在海德爾堡那座童話般的城堡里，“有花園、巖洞、流水彈奏的風(fēng)琴和會(huì)唱歌的雕像”，此處堪與魯?shù)婪虻暮衫驴釋m相媲美，是“17世紀(jì)發(fā)達(dá)文明的集中地”。伊麗莎白是一個(gè)知識(shí)淵博的年輕女人② ，英國大使說她的丈夫是一個(gè)“具有超乎其年齡的虔誠、聰慧、活躍且勇敢的人”。這對(duì)夫妻仔細(xì)地討論波希米亞國王加冕的問題，與坎特伯雷大主教和腓特烈的母親磋商，大主教極力主張接受加冕，而腓特烈的母親卻懇求他拒絕。不過，腓特烈是個(gè)熱忱的新教徒，他認(rèn)為自己受到了上帝的呼召，便于1619年9月27日攜伊麗莎白及長子亨利王子出發(fā)趕赴布拉格。歐洲大部分新教徒歡喜非常，英國認(rèn)為“世界上唯一的完人”女王伊麗莎白一世的時(shí)代即將回來。這對(duì)夫婦在圣維特大教堂舉行了加冕典禮，弗蘭克斯 · 葉提斯說這是“由波希米亞教堂舉辦的最后一個(gè)盛大儀式”。     

波希米亞相信新選的國王和王后將成為國家自治和宗教自由的救星，在魯?shù)婪蛏衩丶幽ЯΦ慕y(tǒng)治時(shí)期，自治和自由就是他們的唯一渴望。不過，波希米亞人犯了一個(gè)極為嚴(yán)重的錯(cuò)誤。他們太信任伊麗莎白的父親、英國國王詹姆斯了，他們相信他會(huì)維護(hù)他們的目標(biāo)，如果有必要，甚至?xí)扇∥淞χС??？烧材匪箙s因害怕哈布斯堡而反對(duì)波希米亞的冒險(xiǎn)行為，他藏在幕后，否認(rèn)女兒及其丈夫同他的關(guān)系。德意志的新教徒諸侯也無法前來提供波希米亞人所期望的支持。與此同時(shí)，天主教開始集結(jié)兵力，1620年11月8日，在布拉格市外的比拉 · 赫拉地區(qū)，腓特烈的軍隊(duì)在白山戰(zhàn)役中被徹底擊敗?！岸酢睅е拮犹踊睾Ｑ?。潰退之后，哈布斯堡王朝迫不及待地對(duì)波希米亞的新教徒進(jìn)行殘酷的報(bào)復(fù)。第二年的6月21日早晨，27位捷克新教徒領(lǐng)袖，包括貴族、騎士和平民，在布拉格的老城廣場被處以斬首，執(zhí)行官是揚(yáng) · 米迪拉。當(dāng)天受刑的就有善良的老揚(yáng) · 杰森斯基，他是魯?shù)婪虻尼t(yī)生、后任布拉格大學(xué)校長，曾為開普勒與第谷 · 布拉厄的協(xié)議做仲裁。27位犧牲者的頭顱用釘子釘掛在查理橋上，一直掛了10年，直到1631年瑞典軍隊(duì)攻入布拉格——布拉厄的斯堪的納維亞人的心臟可以因此而涌蕩自豪吧——瑞典人才把他們移到提尼教堂埋葬了。里佩利諾在《神奇的布拉格》一書中，描述那個(gè)可怕的日子，說它是這個(gè)城市幾個(gè)世紀(jì)的悲慘象征，他對(duì)執(zhí)行官米迪拉尤為憤怒，詛咒他當(dāng)下地獄：“讓火吞了他，讓火吞了他!”

在生命的最后幾年，開普勒在慘遭戰(zhàn)亂的南歐四處奔走，他先向符騰堡公爵求助，但因宗教立場問題遭到拒絕，隨后，較為成功地從波希米亞將軍、費(fèi)德蘭和梅科倫堡公爵、薩根王子阿爾伯特 · 沃雷斯登處獲得支持。在抵抗由丹麥克里斯丁四世領(lǐng)導(dǎo)的北部德意志人的入侵戰(zhàn)爭時(shí)，此人曾取得赫赫戰(zhàn)功——第谷在地下一定會(huì)感覺不太痛快——還是這個(gè)人，對(duì)魯?shù)婪蚧实郯V迷的占星術(shù)也深信不疑。1628年，沃雷斯登用種種條件誘惑開普勒到薩根來，承諾為他提供一套房子和一年1000弗羅林的薪水，幫他出版著作，以此酬謝他接受做將軍的占星家的職位。能出版著作真是再好不過了，甚至在和平時(shí)期出書都是極為困難的事。開普勒有一個(gè)可愛的小東西，他最后決定把它交付出版，這就是《幻游》，世界上第一本科學(xué)虛構(gòu)小說，28頁紙寫的是一次月球幻游記。在小說中，敘述者參觀尤蘭尼堡，學(xué)習(xí)丹麥語，目的是與第谷及其助手們對(duì)話，游歷月球結(jié)束后，他描述了從月球上觀看地球和其他行星的樣子。