1185年11月末，源賴朝以追討源義經(jīng)和整治治安為名，強迫后白河法皇承認自己在屬地設置的守護、地頭的合法性，并要求將這一制度擴大到全國。每一國設置守護以保障治安，設置地頭以檢查租稅的繳納。設置守護和地頭，是源賴朝具有決定性的一步。從此，源賴朝掌徹底掌握了整個日本的軍事和政治力量。

1188年12月，源賴朝憑借其強大的軍事實力，命藤原秀衡交出源義經(jīng)，藤原秀衡堅持不交，然而其子藤原泰衡卻殺死了源義經(jīng)，向源賴朝投降。事后源賴朝又以殺害源義經(jīng)的罪名，發(fā)動全國的守護和地頭，親率大軍消滅了奧州藤原氏，控制了奧州。經(jīng)過此次征伐，源賴朝進一步鞏固了自己的勢力，其所制定的守護和地頭制度也日臻完善，其在日本的統(tǒng)治地位更加牢固。

1192年，后白河法皇去世，后鳥羽天皇親政，親政不久，他便封源賴朝為“征夷大將軍”。受封后的源賴朝并沒有去京都任職，而是在鐮倉建立了自己的政權機構，史稱鐮倉幕府，從此日本進入幕府統(tǒng)治時期。

鐮倉幕府設有軍事管理機構侍所、行政處理機構政所以及專司刑律機構問住所，還設置了京都守護、鎮(zhèn)西奉行及奧州總奉行等職，形成了一套完整的政權組織機構。在武家內部，作為武家首領的幕府將軍與“御家人”則以互利的形式結成了主仆關系?！坝胰恕北疽栽促嚦鸨偌臇|國武士為主，幕府建立后，源賴朝在西國也設置了御家人。

幕府將軍任命御家人為“守護”或者“地頭”，使祖?zhèn)飨碌念I地合法化，或授予在戰(zhàn)爭中立功之人新的領地（“新恩給予”），或代其向朝廷申請官位，這被稱作“御恩”。御家人平時擔任京都、鐮倉的警備工作，假如發(fā)生戰(zhàn)事，則要自備武器出戰(zhàn)，并承擔經(jīng)濟負擔與義務，稱為“奉公”。

1199年，源賴朝去世，長子源賴家繼承將軍位。當時源賴家只有18歲，缺少其父的政治才能，缺乏對御家人的統(tǒng)御能力。為了鞏固自己的地位，樹立權威，源賴家排擠幕府元老，倚重自己的母家，這引起了以北條氏為首的御家人的極度不滿，為爭奪實際控制權，御家人內部也各起紛亂，鐮倉幕府的統(tǒng)治岌岌可危。