1916年，在北京的美國“羅氏竹花醫(yī)學(xué)社”，將北京協(xié)和醫(yī)院3個班的學(xué)生轉(zhuǎn)到濟南，并入共合醫(yī)道學(xué)堂，并帶來15萬元的“協(xié)款”。

1917年，濰縣廣文學(xué)堂、青州共合神道學(xué)堂遷至濟南，并入共合醫(yī)道學(xué)堂，結(jié)束了1904年以來四科三地的分散局面。同年，南京金陵大學(xué)的醫(yī)科和漢口的“大同醫(yī)學(xué)”兩校師生，也并入濟南共合醫(yī)道學(xué)堂。

為適應(yīng)學(xué)校擴充需要，學(xué)校籌巨款200余萬元，在當(dāng)時濟南市南關(guān)新建門外建筑校舍，創(chuàng)辦新校，正式定名為齊魯大學(xué)，對外和在教會內(nèi)部則仍稱山東基督教共合大學(xué)。英國人卜道成便成了第一任校長。

1917年9月，齊魯大學(xué)正式開學(xué)，設(shè)文理學(xué)院、醫(yī)學(xué)院、神學(xué)院，文理科為四年制、醫(yī)科為七年制，共有學(xué)生277名，教工53人，其中外籍教職員工36 人。此時的校長為英人布魯斯，經(jīng)費由英、美、加等國教會支付。學(xué)校逐步設(shè)立文科、理科、醫(yī)科、神科、社會教育科、天文科、農(nóng)科和國學(xué)研究所。有一段時間，還將廣智院也包括在學(xué)校編制內(nèi)。學(xué)生來源非常廣泛，國內(nèi)各省市、社會各階層、信或不信基督教的都有。

這時的齊魯大學(xué)，已發(fā)展成為一個校園面積達800畝（其校址包括醫(yī)學(xué)院、附屬醫(yī)院，就是現(xiàn)在的山東大學(xué)西校區(qū)、齊魯醫(yī)院，曾歷經(jīng)山東醫(yī)學(xué)院、山東省立二院的變遷），規(guī)模龐大、科系繁多的綜合性大學(xué)，是當(dāng)時山東省內(nèi)最大的一所高等學(xué)府，并在加拿大立了案。她的最高管理機構(gòu)，設(shè)在加拿大多倫多市，在英國的倫敦市和美國的紐約市也設(shè)有分部。她已成為帝國主義教會在中國進行文化傳播的重要堡壘。

齊魯大學(xué)成立后，采用西方教育模式，辦學(xué)質(zhì)量優(yōu)良，校長、系所主任及教授大部分由外國傳教士擔(dān)任，大多數(shù)采用英語教學(xué)，其教學(xué)水平“接近了同時代歐美一般大學(xué)的程度”。

抗戰(zhàn)前的20年（1917~1937）是齊魯大學(xué)歷史的主要時期。學(xué)校在創(chuàng)辦后的十幾年間，異常復(fù)古與守舊，宗教氣氛十分濃郁，校政大權(quán)一直掌握在神職洋人手里，學(xué)生也幾乎是清一色的基督徒，入學(xué)不入教要受到歧視。

1929年10月底，齊魯大學(xué)的學(xué)生掀起反對教會奴化教育、爭回教育權(quán)的學(xué)潮。

齊魯大學(xué)校長劉世傳

同年，國民政府頒布大學(xué)組織法與大學(xué)規(guī)程，要求所有民辦大學(xué)一律立案納入管轄，并冠以“私立”兩字，其校長必須由中國人擔(dān)任，外國人在學(xué)校董事會中的名額不得超過三分之一。

1930年，孔祥熙任董事長兼名譽校長，首任華人校長由當(dāng)時的國民教育部長朱經(jīng)農(nóng)擔(dān)任，宗教色彩日漸淡化，不入教的師生數(shù)量也大幅度增加，禮拜堂也改為大禮堂。

1931年11月，國民政府教育部派王慎明視察文、理兩學(xué)院，尹莘農(nóng)視察醫(yī)學(xué)院，均認為合格，遂于12月終被南京政府教育部核準立案。立案之后，齊魯大學(xué)雖然在名義上受到了中國政府的控制，但其管理實權(quán)仍掌握在教會手里。校長、教務(wù)長等職務(wù)，名義上由中國人擔(dān)任，但實際上學(xué)校事務(wù)仍由外國人最終拍板。

原任齊魯大學(xué)文理學(xué)院院長的林濟青接任校長后，創(chuàng)新辦學(xué)思路，廣泛延攬人才，創(chuàng)辦國學(xué)研究所。齊魯大學(xué)進入了一個新的發(fā)展時期，聲譽鵲起，學(xué)界有“南齊魯、北燕京”之說。國內(nèi)許多知名學(xué)者如老舍先生、歷史學(xué)家顧頡剛、墨學(xué)大師欒調(diào)甫、戲劇學(xué)家馬彥祥等紛紛到此執(zhí)教。1930年，老舍先生來到齊魯大學(xué)文學(xué)院任院長，住在南新街58號（原54號）的一個四合院里，距離學(xué)校僅有一箭之遙。在這段日子里，老舍的創(chuàng)作也進入了爆發(fā)期。

1937年7月，抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)。10月，日軍逼近黃河，學(xué)生無心讀書，學(xué)校停課。齊魯大學(xué)除留下部分員工留守外，大部分師生及主要教育教學(xué)設(shè)備遷往四川。翌年秋天，在成都華西壩借華西協(xié)和大學(xué)的部分校舍復(fù)校開課。留駐濟南的師生，在抗戰(zhàn)前幾年尚能“平安”。太平洋戰(zhàn)爭爆發(fā)后，日軍進入齊魯大學(xué)，外籍教工被押往濰縣樂道院關(guān)押，其他人解散，學(xué)校教學(xué)設(shè)施遭到嚴重破壞。

1945年8月，日本投降，齊魯大學(xué)師生陸續(xù)返校。經(jīng)過整修，學(xué)校于當(dāng)年10月1日正式在濟南復(fù)校。1947年上半學(xué)期在校學(xué)生為442名，其中文學(xué)院105名、理學(xué)院123名、醫(yī)學(xué)院203名、醫(yī)事檢驗技術(shù)專修科11名，教職員工70人。1945年經(jīng)費3億元。

1948年濟南解放前夕，在極少數(shù)人操縱下，齊魯大學(xué)曾將部分師生和教學(xué)物資南遷，先后落腳于杭州、福州，及至建國以后。

1948年，一大批優(yōu)秀人才走出齊魯大學(xué)校園，如醫(yī)學(xué)院病理科主任侯寶璋、化學(xué)科主任江清、皮膚科主任尤家駿等。但是，齊魯大學(xué)初建時，招生和畢業(yè)的學(xué)生很少，1917~1931年畢業(yè)生只有438人。究其原因，一是招生條件過高，高中必須畢業(yè)，還要通過黨義、國文、英文、混合算學(xué)、中外歷史、科學(xué)等6門考試。歷史政治系前四屆每年只招三四名學(xué)生。二是學(xué)費過高，學(xué)生要向?qū)W校繳納10項費用，每年高達140元，其他雜費還要20多元。也有其他原因，像一個時期的收回教育權(quán)運動，長期未能在中國政府立案，影響了學(xué)校的擴張。

濟南解放后，1951年學(xué)校被人民政府接管。1952年9月全國高等院校進行院系調(diào)整，齊魯大學(xué)被解體撤銷，其原有各個學(xué)院分別并入專業(yè)相同的專門學(xué)院；神學(xué)院和國學(xué)研究所撤銷，文理學(xué)院所屬系科劃歸青島山東大學(xué)（今山東大學(xué)）、南京大學(xué)和濟南山東師范學(xué)院（今山東師范大學(xué)），農(nóng)業(yè)?？苿潥w濟南山東農(nóng)學(xué)院（今山東農(nóng)業(yè)大學(xué)）；保留其醫(yī)學(xué)院，更名為山東醫(yī)學(xué)院，校址由山東醫(yī)學(xué)院接收，今為山東大學(xué)西校區(qū)。

齊魯大學(xué)之所以被撤銷，主要因為是一所教會大學(xué)，該校由登州源起直至最終定型于濟南，迎合了西方列強不斷深入侵略山東的勢頭。但是，齊魯大學(xué)在辦學(xué)的過程中，不斷調(diào)整政策，改善管理體制，提高辦學(xué)質(zhì)量，使學(xué)校的教育目標能與我國社會現(xiàn)實需要相符合。她不僅為近代山東的新式高等教育提供了清晰的參照，而且較為廣泛地傳播了西方自然科學(xué)、人文科學(xué)方面的知識，向社會輸送了相當(dāng)數(shù)量的專門人才。僅齊魯大學(xué)醫(yī)學(xué)院，就先后培養(yǎng)了1000余名醫(yī)護人員——包括一批醫(yī)學(xué)名家在內(nèi)，為山東及其他地區(qū)的醫(yī)療保健事業(yè)做出了顯著貢獻。

同時，她所開展的鄉(xiāng)村建設(shè)運動，對推動山東鄉(xiāng)村向近代化發(fā)展、改善農(nóng)民的生活，都起到了積極的作用。經(jīng)過全國各地一系列實驗，鄉(xiāng)村重建的思想發(fā)展為全國性的重要運動，齊魯大學(xué)在這方面的工作無疑具有開創(chuàng)性意義。

所以，齊魯大學(xué)已融入中國學(xué)校教育系統(tǒng)之中，成為中國高等教育的重要組成部分，在山東省高等教育發(fā)展史中占有重要的一席之地。

改革開放以來，山東工業(yè)大學(xué)、山東農(nóng)業(yè)大學(xué)等許多高校曾先后提出要更名為齊魯大學(xué)，但都沒有獲得批準。