一切看起來順風順水，過了幾年備受追捧的軍旅生活，林毅夫的內(nèi)心卻怎么也平靜不下來。早在臺大讀書期間，他就熟讀鴉片戰(zhàn)爭后中國遭受列強欺侮的歷史，思索如何盡快使國家富強起來。而在此前后發(fā)生的一些歷史事件，包括聯(lián)合國席位之爭、保釣運動、尼克松訪華、中日邦交正?；?、中美建交等，無一不觸動他更深的思考。

1979年的臺灣，經(jīng)濟發(fā)展水平遠高于大陸，長期的戒嚴卻并未解除。通過報刊、廣播，林毅夫了解到，大陸剛剛結(jié)束了“文革”，處在一個全新的歷史關(guān)頭。他意識到：如果繼續(xù)待在軍中，自己可能只會作為一個典型罷了，他對升官沒有期望；中國富強的希望在大陸一邊，要為國家作出貢獻，就必須去大陸。

1979年5月16日夜，林毅夫縱身躍入海中，向大陸廈門方向游去。這是一次生死抉擇，在海水中泅渡兩千多米首先就需要超凡的勇氣和體力。這些林毅夫都不缺少。至于外界傳說，他是抱著兩只籃球游到大陸，也被證實是子虛烏有。

那一夜，金門全島駐軍緊急大搜索，同時為防泄露軍機，立即修訂作戰(zhàn)計劃。兩天過去，搜索毫無收獲，大陸方面也沒有任何消息。為了避免這位模范青年軍官的神秘失蹤在軍中引起更大騷動，金門防衛(wèi)司令部草草完成調(diào)查，以“失蹤”結(jié)案。

師從大師舒爾茨

回歸大陸，林毅夫不愿再次成為宣傳樣板，只想沉下來好好做事。他推崇曾子所說的“士不可不弘毅，任重而道遠”，遂改名林毅夫。

幾經(jīng)輾轉(zhuǎn)，林毅夫來到北京大學，攻讀經(jīng)濟學研究生。至今，他還對北大能夠接收他這樣一個“來歷不明”的學生心存感激。

1980年，諾貝爾經(jīng)濟學獎得主、芝加哥大學經(jīng)濟系西奧多·舒爾茨教授到訪北京大學，林毅夫憑借出色的英文功底被選為隨行翻譯。舒爾茨教授對林毅夫的才氣非常贊賞。一天，他問林毅夫：“你想到美國讀博士嗎？”林毅夫不假思索地說：“想呀?！?/p>

林毅夫本以為舒爾茨教授只是隨口說說而已，沒想到他回美國不久，就給北大經(jīng)濟系和林毅夫本人寫信，盛情邀請他到美國芝加哥大學攻讀博士學位。1982年，林毅夫在北大獲得經(jīng)濟學碩士學位后，來到了芝加哥大學。當時舒爾茨教授已經(jīng)退休10年，不再帶博士生。林毅夫入學后，舒爾茨教授破例將其招入門下。