最先攻擊魏忠賢的是太監(jiān)集團的重要成員 御史楊維垣。楊維垣將兵部尚書崔呈秀當做替罪羊進行了大義滅親的表演，他連續(xù)兩次彈劾崔呈秀“貪淫橫肆”“立志卑污，居身穢濁”。他用詳細的資料證明了崔呈秀是一個臭名昭彰的貪官，人稱“懸秤賣官”，也就是說崔呈秀像小販一樣將兵部的官職叫賣出去。楊維垣第一次彈劾的時候，朱由檢不置可否。后來見彈劾證據(jù)確鑿，言辭激烈，朱由檢準許革去崔呈秀的兵部尚書一職，令他回鄉(xiāng)守制。

崔呈秀的去職標志著魏忠賢集團開始瓦解，官員們紛紛見風(fēng)使舵，爭先恐后地抨擊昔日的九千歲。10月22日，工部主事陸澄源直接彈劾魏忠賢，此后，彈劾魏忠賢的聲音此起彼伏，成了崇禎朝初期的重要政治風(fēng)向。在接連不斷的彈劾面前，魏忠賢壓力越來越大，終于在1627年10月27日向皇帝提出了“引疾辭爵”的辭呈。意思是請求辭職養(yǎng)病，計劃以退為進。

朱由檢只簡單批復(fù)：“許太監(jiān)魏忠賢引疾辭爵！”然后直接命他去白虎殿為天啟皇帝守靈。魏忠賢接受了這個任務(wù)，可能是希望給自己一點時間緩和壓力，東山再起。然而他忘了，太監(jiān)離開了宮廷，也就離開了權(quán)力。魏忠賢剛走，針對他的攻擊就更加猛烈。樹倒猢猻散，魏忠賢黨羽土崩瓦解。朱由檢“順應(yīng)民意”，隨即將魏忠賢貶向朱元璋老家鳳陽的祖陵司香?？褪蟿t被送到后宮浣衣局洗衣服，后來自盡。緊接著，魏客兩家的家產(chǎn)又全部被查抄。

在發(fā)配路上的魏忠賢招搖慣了，一行經(jīng)由良鄉(xiāng)、涿州、新城、任丘、河間、獻縣，沿途還帶著40輛車的財寶和一千余人的隊伍。11月6日，抵達阜城縣南關(guān)，在南關(guān)的旅館中，魏忠賢接到了人生中最后一道圣旨。夜里，隨從作鳥獸散，魏忠賢自盡于懸梁之下。

這一切距離朱由檢的上臺還不滿百日，小皇帝取得了徹底的勝利。朱由檢乘勝追擊，下令磔魏忠賢尸體于河間府，追斬崔呈秀于薊州，將自殺了的客氏重新凌遲。魏忠賢的勢力盤根錯節(jié)，直到崇禎二年三月，針對魏忠賢的清算工作才正式告一段落。在明朝案卷上這一大案被稱為“閹案”，在偏居?xùn)|南的南明時期，明朝的士人官員還在清算“閹案”。