唐朝大軍持續(xù)在沙漠入口集結(jié)，兵容整肅。麴文泰得知消息后，這才感到了恐懼，他在憂慮中死去。世子麴智盛做了王，但他在盡力后還是打開城門投降了。實(shí)際上高昌國所依賴的還有一件事情，就是麴文泰的妹妹嫁給了西突厥可汗，說是會得到那邊的援助。

太宗斷然進(jìn)兵西域，是為了向西域各國傳達(dá)一個(gè)意思，就是像焉耆這樣的同盟國會始終獲得唐朝的武力保護(hù)。東突厥雖然降唐，但西突厥和唐還不是友好關(guān)系。此時(shí)唐如果對焉耆見死不救，就會眼看著西域完全成為西突厥的勢力范圍。

滅了高昌以后，太宗強(qiáng)壓眾議，在此設(shè)直轄領(lǐng)，在吐魯番盆地以西的交河城設(shè)立安西都護(hù)府，展示了積極的姿態(tài)。

專門諫言的魏徴辯論說，高昌沒有什么大物產(chǎn)，因此更好的選擇是仍以麴智盛為王，做唐的屬國。太宗平常都會聽魏徴的諫言，但這次堅(jiān)持了自己的意見。因?yàn)閷μ诙?，把吐魯番盆地作為直轄領(lǐng)，并不是為了要物產(chǎn)和稅金。太宗考慮的是經(jīng)營西域，通過那里可以開展文化交流、物資貿(mào)易等，發(fā)揮物質(zhì)和精神方面的長項(xiàng)。

玄奘在十八年后回國，此時(shí)曾經(jīng)熱情招待過他的高昌國已然不在了。他和高昌國王曾有過約定，在回國途中要留在高昌，但這已無法實(shí)現(xiàn)了。他在貞觀十九年（645）回到長安，不過此時(shí)太宗并不在宮中。因?yàn)檫h(yuǎn)征高句麗，他把大本營推進(jìn)到了洛陽。

西方的安西都護(hù)府在那之后也直接把焉耆編入直轄領(lǐng)，事情進(jìn)展得非常順利，不過唐對東方的經(jīng)營就沒這么順了。

隋朝滅亡的直接原因在于遠(yuǎn)征高句麗，這是所有人都知道的。這個(gè)慘痛的歷史教訓(xùn)僅僅發(fā)生在三十年前，重蹈覆轍會導(dǎo)致嚴(yán)重后果。朝廷中反對東征的呼聲也很強(qiáng)烈，特別是褚遂良，更是強(qiáng)烈反對親征。然而太宗下定決心親征。

——在自己有生之年。

這種想法在太宗心里根深蒂固。被立為皇太子的晉王李治（以后的高宗）病弱，唯一長處就是溫和。

要做太平的君主，溫和是比較合適的，大概太宗也是這么認(rèn)為的。正因如此，就得早一點(diǎn)處理掉國防、外交問題，再把國家交給后繼者。野蠻的事情，需要盡可能地在自己這一代就收拾干凈。

高句麗有個(gè)叫泉蓋蘇文的人殺了國王，立了國王的弟弟。此外被百濟(jì)攻擊的新羅也向唐朝求援。此刻，百濟(jì)正聯(lián)合高句麗向新羅施壓。因有泉蓋蘇文的弒逆為口實(shí)，唐朝集結(jié)十萬兵力，遠(yuǎn)征高句麗。

這次遠(yuǎn)征最終失敗而歸。雖攻陷了遼東城（遼寧省），但在攻打安市城（遼寧?。┑臅r(shí)候耽誤了時(shí)間，已經(jīng)入了冬天，不得已退兵。高句麗派去謝罪使，但太宗再度遠(yuǎn)征之意始終不變。果然，雖然沒有親征，但太宗還是出兵了。他有很強(qiáng)的信念，要把該打的戰(zhàn)爭在自己這一代打完。

貞觀二十三年（649）四月，因太宗之死，遠(yuǎn)征高句麗終于停止。太宗享年五十三歲。