抗戰(zhàn)結束后不久，經國和父親回到溪口老家，安排工人修建毀于炮火的豐鎬房及蔣家其他產業(yè)。12月，經國帶著家人又回到溪口為母親遷葬。經國的祖母王太夫人墳地居高俯瞰山色，母親安息之地只是鎮(zhèn)外一座小廟后方八尺的土冢。他遵循古禮，請名人給墓碑題字，老師吳稚暉受托，題下：“顯妣毛太君之墓”，小心翼翼地不提死者和蔣介石的關系。據當天參加安葬儀式的艾啟明說，經國痛哭流涕，哀痛逾恒。

經國經常到上海處理學生騷動事件。他在上海反制共產黨校園活動，握有一項重要資產，就是上海有數千名青年軍復員軍人，尤其其中五百多人已轉入大學念書，雖然可以動用此一群眾組織強力對抗，他卻不肯這么做。當時主持上海復員青年軍聯誼會的陳正卿，回憶起有一次經國處理復旦、暨南大學學生示威活動的情形。蔣經國指示陳正卿，把已轉為大學生的青年軍復員軍人動員起來，號召復課。青年軍復員之大學生如命集會，可是大批左派學生聞訊，組成人墻，擋住復旦大學校門，不讓他們進去。蔣經國不僅沒有下令突破人墻，闖進復旦校園，還指揮他們移動到虹口公園，聽他演講。蔣經國在演講中強調，使用暴力阻止學生進入自己校園的是共產黨，這充分顯示“未來，我們在大學里還有許多工作要做”。

東北戰(zhàn)事仍持續(xù)進行。蔣經國在8月和10月，再次接觸羅申，否認國民政府走親美路線，也再次提到中方與斯大林舉行高峰會議的可能性。8月間，杜魯門總統向蔣介石提出警告，除非和解有真正進展，美援不太可能持續(xù)。然而，國共?；疬€是無法持續(xù)。中共部隊現在已改稱“人民解放軍”，國軍在華北攻占由中共長久控制的兩座主要城市。林彪的部隊跨越結冰的松花江，攻擊孫立人部隊，旋即北撤。1946年12月，杜魯門重申美國不干預中國內戰(zhàn)的政策。美軍陸戰(zhàn)隊撤出華北，馬歇爾也回國就任國務卿新職。馬歇爾離華前發(fā)表聲明指稱，美方調處失敗是因為國民黨“反動派”和共產黨“激進派”掣肘之故。

1947年臺灣爆發(fā)“二二八”慘劇，凸顯出國民黨根本上的弱點——大批高級官員把官職當做自己，乃至家人、部屬發(fā)財的大好機會。日本自從甲午戰(zhàn)爭之后的1895年就搶走臺灣，1945年9月，國軍在一小支美國部隊協助下登陸臺灣，接管行政。臺灣在日據時期經濟繁榮起來，農業(yè)方面可以自給自足，工業(yè)也略有基礎。雖然受到戰(zhàn)火波及，港口和交通設施嚴重損毀，臺灣經濟比起中國大陸任何省份都要強得多。島上居民百分之九十八為漢人，他們一向痛恨日本人的高壓殖民統治，光復之初，非常歡迎國民政府來解救。

蔣介石派遣1911年起即追隨他的陳儀，擔任臺灣省行政長官。六十二歲的陳儀，率領大批大陸人到臺灣，接收政治、行政及安全方面的要職。大陸人也接管了公營事業(yè)，并立刻搜刮、自肥。極力幫助國民政府的魏德邁將軍都說：國軍的行為“有如征服者”。

2月28日，臺北街頭因為警察拘捕一名販售香煙的婦女而引發(fā)抗議，旋即升級為動亂。陳儀認定亂事是臺灣精英中的親日人士，以及反對臺灣回歸中國的激進分子在背后煽動。蔣介石派出一支高級代表團到臺灣，和地方領袖會商，并決定改組省政府。臺灣各界匆匆組織一個臺北處理委員會，也采取溫和語調，收回早先提出的撤銷臺灣警備司令部、解除國軍武裝之主張?？墒?，街頭的異議分子已失去控制，若干極端分子攻擊政府機關及軍警單位。 8

3月9日，國軍槍決數百名為首者，在街頭也屠殺數千人。這正是傳統的殺雞儆猴——“清鄉(xiāng)戰(zhàn)術”。（1995年，國民黨為處理“二二八”事件過當正式道歉，承認遇難者高達一萬八千至兩萬八千人之多。）3月17日，國防部長白崇禧率領一個由軍政大員（包括蔣經國在內）組成的代表團到臺北，調查事件始末。在臺灣停留三星期之后，白崇禧發(fā)表一份聲明，為陳儀處理事件之做法辯護。4月17日，美國大使提供一份觀點全然不同的報告給國民政府主席蔣介石。隔了幾天，蔣介石派出文人接替陳儀（譯按，行政長官公署撤廢，改為省政府，魏道明接任省主席），但是另派新職給陳儀。