在巴比倫生活了五年以后（這期間他或許還去過印度），畢達哥拉斯終于踏上回鄉(xiāng)之路。當他乘船回到薩摩斯島時，離出發(fā)已有十九年了，比后來法顯和玄奘去印度、馬可·波羅到東方都要長久。畢達哥拉斯離開故鄉(xiāng)時可謂英姿勃發(fā)，如今回來卻已經(jīng)兩鬢斑白。剛開始，薩摩斯人表現(xiàn)出難得的熱情，市政長官也請他向公眾發(fā)表演說，介紹東方之旅的見聞，市民們紛紛涌來，他們很想聽他分析強大的波斯人會不會打過來（如前文所說，這座島嶼后來果然被波斯帝國占領了）。

可是不久，島民的狹隘意識再次顯露出來。人們的態(tài)度分成了兩種，年輕人認為畢達哥拉斯是一個智者，年長的人認為他是一個狂人。終于有一個與他同名的孩子迷上了解數(shù)學題，偷偷地來跟他學習，并說服了家長，這個孩子后來成為提倡運動員注意飲食的第一人。受這個學生的鼓勵，畢達哥拉斯依山辦起了一座“半圓學?！?，雖然當?shù)氐臋噘F和商人不喜歡他，不過由于他在埃及贏得的聲望，青年人依然紛紛涌來。

那時候希臘已有許多小酒館，島民最害怕的就是孤獨，薩摩斯人常常自帶魚干或橄欖，向店主買來一杯酒，在那里相互傳遞消息。居住在山洞里的畢達哥拉斯和他的弟子們自然而然就成為被議論的對象，經(jīng)過一番添油加醋，他的提問式教育方法、內容和對當?shù)刂T如祭神方式等的批評受到了譏笑甚至怒罵，其中的一大忌諱是“數(shù)就是神”。他先是被迫把教學內容改為單純的數(shù)學，接著便把創(chuàng)辦不滿一年的學校關閉了。

記敘基督事跡的《約翰福音》里寫道：“先知在本地是不受尊敬的?！碑呥_哥拉斯五十歲那年，不得不再次離開薩摩斯，從此沒有返回過故鄉(xiāng)。這回他決心去意大利，不過第一站是到得洛斯看望菲爾庫德斯——這并非他最后一次來到這座小島，幾年以后，恩師病危，他再次趕來守護。接著，畢達哥拉斯走訪了雅典、克里特島和斯巴達城邦，后者位于希臘本土伯羅奔尼撒半島的東南，人民以驍勇尚武著稱。那時雅典尚未興盛，而克里特已經(jīng)衰落。

在伯羅奔尼撒半島的另一頭，坐落著一個叫伊利斯的城邦，四年一度的奧林匹克運動會正在那里舉行。那時候奧運會已經(jīng)創(chuàng)辦了兩個半世紀，雖然只有十多個項目，比賽時間卻長達五天，選手們來自歐、亞、非三大洲。從奧林匹亞乘船，向西渡過更為遼闊的伊奧尼亞海，就是意大利的南方了。賽會一結束，畢達哥拉斯便搭船出發(fā)了，他所抵達的克羅托內（Crotone）位于亞平寧半島的最南端，以盛產(chǎn)奧林匹亞賽會冠軍遠近聞名。我們甚至可以猜測，他是跟隨那些得勝回家的奧運冠軍們來到了意大利。

就像重返薩摩斯島時一樣，克羅托內的市政長官也邀請畢達哥拉斯向公眾發(fā)表演說，沒想到，這一次竟然大獲成功，甚至權貴們和年長的公民也被折服了。大希臘是個多神教的國家，意大利南方最崇拜的是酒神狄奧尼索斯，人們喜歡縱情歌舞（這一習性一直保留至今，這也是意大利南方經(jīng)濟落后于北方的主要原因），并無太多的嫉妒之心。與此同時，有過一番經(jīng)驗教訓以后，畢達哥拉斯成熟了許多，談吐也更加文雅了，舉手投足都顯得超凡脫俗。

很快，畢達哥拉斯便有了一大批擁戴者，其中一個是跳遠的奧運冠軍，他把自己的啞女狄亞諾許配給了這位異鄉(xiāng)人，兩人生下了一對兒女。這樣一來，畢達哥拉斯就過上了安定的生活。他先是建議市政府為繆斯（希臘神話中的一組女神，起先只是詩人的保護人，后來掌管的范圍擴大，兼及包括體育在內的一切文科乃至科學）修筑了神廟，接著在郊外辦起了一所被稱為“城中之城”的學校或社團。

畢達哥拉斯把社團成員分成兩類，分別叫畢達哥拉亞和畢達哥拉斯太：前者極具天賦，要求把財產(chǎn)交公，一起過公社生活；后者保留私有財產(chǎn)，可以和其他成員交流，相當于旁聽生。稍后，又根據(jù)工作性質作了區(qū)分。例如，管理學校內部事務的叫Politikoi，這大概是后來“政治家”一詞的來源，不過當時他們對政治并沒有什么興趣；專門從事幾何學、天文學研究的則叫Mathematikoi，這正是“數(shù)學家”一詞的希臘語原形。

作為一校之長和精神領袖的畢達哥拉斯，他的職責除了制定規(guī)章制度和管理以外，還親自負責招募新生。憑著他的知名度和聲譽，許多富商子弟或出名的人都前來投奔，其中包括連續(xù)六屆奧運會摔跤冠軍米隆，據(jù)說他曾在開幕式上扛著一條公牛進入會場。由此可見，古希臘人對智慧非常仰慕。大多數(shù)社團學員得經(jīng)過五年的觀察期，其間作為旁聽生只能站在帳外，不得發(fā)言或提問，只有被稱為“哲學家”后才能進入帳內。

從流傳下來的雕刻或人物素描來看，古希臘的哲人大多神情嚴肅，畢達哥拉斯也不例外。在薩摩斯時他就要求學生們面壁思考，到了克羅內托，他又要求弟子們對授課內容和研究心得守口如瓶。有一次，一個叫希帕索斯的學生因為泄露了正十二面體的一個秘密，被逐出師門。畢達哥拉斯痛心之余，派人在海濱修筑了一處衣冠冢，他寧肯把弟子看做是已故。不過，這也成為別人攻擊他的一個理由，認為這個弟子是被推下海而溺死的。