反恐戰(zhàn)打響以來，美國特種部隊承受了極大的壓力。按照常規(guī)，特種作戰(zhàn)指揮部一般將部署海外進行戰(zhàn)斗，與留在國內(nèi)接受訓練和休息待命的部隊維持在一半對一半的比例。為了完成反恐任務(wù)，特種作戰(zhàn)部隊已降低這一比例，２／３的人員已被派往海外。陸軍的“三角洲突擊隊”和海軍的“海豹六組”，都已在阿富汗戰(zhàn)爭中扮演了極其重要的角色。

除阿富汗外，美國特種部隊在巴基斯坦、格魯吉亞、也門、非洲和菲律賓等地都有部署，承擔追捕和鏟除本·拉丹的“基地”組織，以及其他恐怖分子的戰(zhàn)斗。如此長的戰(zhàn)線，已使他們顯得人力單薄。國防部官員指出，特種作戰(zhàn)部隊最緊缺的是前線指揮員、通信專家和外語人才。

美國歷屆政府都將特種部隊和中央情報局（ＣＩＡ）的任務(wù)明確分工，國會還設(shè)有監(jiān)督機構(gòu)。如今，五角大樓要求特種部隊指揮部派遣精銳反恐部隊“破壞和摧毀敵人資源”，甚至最終實現(xiàn)美軍特種部隊能夠在那些“尚未與美國直接交戰(zhàn)的國家”中更深入地參與長期性秘密行動。在有些情況下，美軍特種部隊將在“根本不通知當?shù)卣钡那闆r下，獨立開展“秘密剿匪活動”。

此外，盡管由于反恐戰(zhàn)要求各部門通力合作，特種部隊和ＣＩＡ之間的界限已逐漸模糊。雖然中央情報局長特內(nèi)特宣稱，自己不反對特種部隊執(zhí)行秘密任務(wù)的決定，但美軍特種部隊最終會執(zhí)行傳統(tǒng)上由ＣＩＡ執(zhí)行的任務(wù)。