弗萊明很顯然不知道法國人、比利時人的這些研究，但是此前英國人的研究他似乎不太可能一無所知。要知道，弗萊明養(yǎng)葡萄球菌并不是養(yǎng)著玩的，而是想要發(fā)現(xiàn)抗菌藥物，應(yīng)該會廣為閱讀與抗菌藥物有關(guān)的文獻。在意外降臨之前，他為此已研究了7年，雖然他當(dāng)初的目標是溶菌酶，但在發(fā)現(xiàn)了青霉的抗菌作用后，他立即想到可以從中開發(fā)出抗菌藥物。他分離出能抗菌的青霉提取液，把它命名為青霉素，并發(fā)現(xiàn)它能抑制多種細菌的生長。1929年弗萊明在《英國實驗病理學(xué)雜志》上報道了其發(fā)現(xiàn)。

但是弗萊明很快就不看好青霉素做為藥物的用途。他發(fā)現(xiàn)青霉素很難成批生產(chǎn)，更難被純化，如果口服的話不能被人體吸收，注射的話，只過幾個小時就從尿液排泄出去了，還來不及在體內(nèi)發(fā)揮抗菌作用呢。這些都表明青霉素不會是個實用的藥物。在20世紀30年代，弗萊明雖然繼續(xù)在實驗室生產(chǎn)青霉素和向其他實驗室推廣青霉素，但是主要是從細菌學(xué)研究的角度，把它做為幫助研發(fā)疫苗的工具來用的（由于青霉素只是抑制某些種類的細菌的生長，就可以用它來幫助分離、純化不受其影響的其他種類的細菌）。雖然弗萊明繼續(xù)關(guān)注抗菌藥物的開發(fā)，但是1934年起他停止了青霉素的研究，轉(zhuǎn)向德國人新發(fā)現(xiàn)的磺胺藥物了。

青霉素做為一種藥物，最終是由牛津大學(xué)的霍華德·弗洛里（Howard Walter Florey）實驗室開發(fā)出來的。1938年，猶太人恩斯特·錢恩（Ernst Boris Chain）逃離納粹德國到了英國，在弗洛里實驗室工作，其課題是研究天然抗菌物質(zhì)，他讀到了弗萊明1929年的論文，立即很感興趣。他設(shè)法提取出了一些相對比較純的青霉素，想用它在老鼠身上試一試。但是錢恩是個生物化學(xué)家，沒有資格做動物試驗，幾次向弗洛里提出試驗要求，弗洛里都很冷淡。后來，錢恩趁弗洛里不在，找一個同事幫忙，給兩只被細菌感染的老鼠注射了青霉素。兩只老鼠都康復(fù)。弗洛里獲悉實驗結(jié)果后，才對青霉素發(fā)生了興趣。在他的領(lǐng)導(dǎo)下，組織了一支強大的研發(fā)隊伍，生產(chǎn)出更多、更穩(wěn)定的青霉素，開始了人體試驗，并在美國進行大規(guī)模的生產(chǎn)。生產(chǎn)出來的青霉素首先被用于拯救盟軍受傷戰(zhàn)士，避免因受傷感染導(dǎo)致的死亡，據(jù)估計救了12％～15％戰(zhàn)士的生命。戰(zhàn)爭結(jié)束后，青霉素即轉(zhuǎn)為民用。

1945年，弗萊明、弗洛里、錢恩三人分享諾貝爾醫(yī)學(xué)獎。但是一般人都只知道弗萊明發(fā)現(xiàn)了青霉素，不知道青霉素能從實驗室走向臨床，變成救人無數(shù)的良藥，主要得歸功于錢恩和弗洛里。而一些對青霉素的發(fā)現(xiàn)史有更多了解的人，則反過來貶低弗萊明的發(fā)現(xiàn)，認為他不過是重新發(fā)現(xiàn)了以前已有多人發(fā)現(xiàn)的現(xiàn)象而已，甚至有的人認為他不該得諾貝爾獎。然而，在弗萊明之前雖然有多人注意到了青霉能抑制細菌的生長，但是他們沒有一個人像弗萊明那樣做進一步的更深入的研究，更沒有一個人像弗萊明那樣確定了這個特殊的現(xiàn)象是由于青霉分泌的某種物質(zhì)所致。所以，弗萊明雖然不是青霉抗菌現(xiàn)象的發(fā)現(xiàn)者，但是做為青霉素的發(fā)現(xiàn)者卻是當(dāng)之無愧的。