辦大學(xué)堂當(dāng)然少不了大校舍。光緒帝親派慶親王奕謖和禮部尚書許應(yīng)騤負(fù)責(zé)勘地和建造事務(wù)。因開學(xué)在即，先撥出地安門內(nèi)沙灘后街馬神廟也即當(dāng)年乾隆皇帝四女兒和嘉公主舊府第為臨時校舍，并略加擴(kuò)充，這就是后來的北大二院。同時在北河沿購置房屋一幢，開辦譯學(xué)館，此即后來的北大三院。光緒三十四年（1908年）京師大學(xué)堂分科大學(xué)又在北城外黃寺以南破土動工，并于宣統(tǒng)二年（1910年）建成。

京師大學(xué)堂第一任管學(xué)大臣孫家鼐（1827—1909），安徽壽縣人，咸豐狀元，曾任清廷工部、禮部、吏部尚書，并與翁同龢同為光緒帝的老師，接近帝黨，傾向變法，但與守舊大臣也有聯(lián)系，思想上與維新派有分歧，因而能左右逢源。

受命為管學(xué)大臣后，孫家鼐對總理衙門起草的大學(xué)堂章程不甚滿意，于1989年8月9日另向光緒帝呈上《籌辦大學(xué)堂大概情形折》，提出具體計(jì)劃8條，主要內(nèi)容有：一、設(shè)立仕學(xué)院，專招收進(jìn)士、舉人出身的京官；二、大學(xué)堂肄業(yè)生，由管學(xué)大臣“出具考語”，各就所長，由各部錄用；三、精減課程門類，取消專門學(xué)中之兵學(xué)；四、編譯局主要編譯西學(xué)書籍，不得任意刪改舊經(jīng)；五、設(shè)總教習(xí)二人，分管中學(xué)和西學(xué)。

1901年8月，清政府頒布“興學(xué)詔書”，鼓勵興辦新式大、中、小學(xué)堂，廢除八股，改試策論。1905年9月2日，清政府又發(fā)布上諭：“著即自丙午科為始，所有鄉(xiāng)會試一律停止，各省歲科考試亦即停止。”至此，始于隋煬帝大業(yè)三年（公元607年），完備于唐，盛行于明清，前后運(yùn)行達(dá)1300年之久的科舉盛事，終于壽終正寢。

清王朝覆亡前后，又正是世紀(jì)之交。一些落后陳腐的東西戀戀不舍地漸次退出歷史舞臺，或者垂死掙扎著繼續(xù)生存下去；一些新的生命也在頂著重重壓抑破土萌芽，或在冷嘲熱諷的剪斫下走向夭折。而無論新舊，在這特殊的年代里，都要無一例外地平等或不平等地承受上天對其生命力的考驗(yàn)。京師大學(xué)堂可謂是眾多新生事物的幸存者。她既是舊世紀(jì)的棄嬰，又是新世紀(jì)的驕子；她骨子里既深深地刻有舊時代的胎痕，又令人欣慰地注入了新時代的基因。新與舊的斗爭注定她命途多舛，也注定她對中華民族的歷史產(chǎn)生的影響絕對不同凡響。

1912年2月，南京臨時政府任命嚴(yán)復(fù)為京師大學(xué)堂總監(jiān)督，接管大學(xué)堂。由于袁大頭把教育經(jīng)費(fèi)挪作他用，大學(xué)堂數(shù)月領(lǐng)不到經(jīng)費(fèi)，“幾至不名一錢”。嚴(yán)復(fù)不得已想辦法借債應(yīng)付。當(dāng)年5月1日，教育部下令京師大學(xué)堂改稱北京大學(xué)，廢除總監(jiān)督，設(shè)校長，各科監(jiān)督改稱學(xué)長。5月3日，嚴(yán)復(fù)被任命為北京大學(xué)第一任校長兼文科學(xué)長。5月13日，北大正式重新開學(xué)。

1912年10月7日，嚴(yán)復(fù)請辭北大校長之職。嚴(yán)復(fù)掌校僅數(shù)月，因與教育部矛盾太深，即呈請去職。此后，北大校長走馬燈般換了三人，先是章士釗，后又以馬良代理。1912年11月底，馬良因經(jīng)費(fèi)無著，擬向外國銀行抵押校產(chǎn)借款引起學(xué)生風(fēng)潮，被學(xué)生冠以“盜賣校產(chǎn)”的罪名，不得不請求辭職。章士釗也引咎辭職。12月27日何燏時被任命為北大校長。1913年11月5日，何燏時請辭，當(dāng)即獲準(zhǔn)。1914年1月8日，北大工科學(xué)長胡仁源被正式任命為北大校長。