各個總支機構的間諜活動基本上是獨立于普拉赫的，分別負責一個方面或一個地區(qū)或一個國家。它們有自己的經(jīng)費預算，只是在人事上依靠總部。它們的基本職責是開辟情報渠道，指揮和管理下屬機構，接受地方分支機構上報的情報，經(jīng)篩選后呈送普拉赫。普拉赫的王牌間諜，基本上都是從總支機構發(fā)跡的。

地區(qū)機構直屬總支機構領導，幾乎每個德國城市都設有一個地區(qū)機構，有的城市還不止一個。地區(qū)機構培訓情報員，向他們分派任務，對他們進行監(jiān)督；地區(qū)機構在工作上全面支持總支機構，領導下屬各分支機構，監(jiān)督分支機構所招募的情報員及招募程序，并充當總支機構和分支機構之間的聯(lián)系紐帶。在情報搜集上，地區(qū)機構對情報員提供的情報進行全面審查，然后把那些認為是真實和有價值的情報往上報。

分支機構是進行間諜活動的前線指揮部，直接負責情報搜集。這個級別的情報機構一般設在中等城市，有的不以城鎮(zhèn)來命名，只是給它一個數(shù)碼代號。分支機構的任務是負責招募、訓練和指導情報員以及情報員的工作。它們把原始情報搜集上來，然后報給地區(qū)機構。分支機構的負責人同地區(qū)機構一樣，一般都是由前德軍中校或上校擔任。

蓋倫組織的最低一級機構是地方分支機構，是情報員傳遞情報的中心，稱為分站，主要設在東西德的邊界地區(qū)和西柏林。這些分站有一個組織員，手下通常有三到五個情報員，這些情報員一般是在東德進行間諜活動。分站的站長級別較低，資歷也較淺，大部分是沒有從事過情報工作的那些前德軍少校。

普拉赫總部以外的所有蓋倫組織的下屬機構都偽裝成商業(yè)公司，掛羊頭賣狗肉。慕尼黑總支機構設在這個城市的埃米爾—蓋茨大街50號，門口掛著“德意志南方工業(yè)品銷售有限公司”的招牌。不來梅總支機構也叫北部總支機構，設在一幢別墅里，叫什么“烏斯德石油銷售有限公司”。漢堡朗根坦格大街街口有一個第十七號分支機構，但自稱是“農(nóng)產(chǎn)品貿(mào)易公司”?？査刽敹蚩傊C構的代號是“L”，設在該市的格維希大街36號，掩護身份是“齊萊默窗簾生產(chǎn)公司”。

蓋倫的情報機關非常復雜，它遍布西德和西柏林各地；它在東德和東方其他國家還有一個龐大的間諜網(wǎng)，數(shù)以萬計的情報員為各分站、分支機構、地區(qū)機構、總支機構和普拉赫總部提供無數(shù)的情報。這些情報員長期潛伏在東方地區(qū)，或以各種掩護身份來往于東西柏林或東西德之間，不斷接受來自普拉赫及其下屬機構的任務，向蓋倫組織提供各種情報。比如二戰(zhàn)結(jié)束后，西德情報機構沒有無線電，只好利用動物進行聯(lián)絡。他們在格里尼克湖訓練了一只大天鵝。特工人員把情報放在小塑料袋里，藏在天鵝翅膀下面，讓它從東岸波茨坦游到西岸，然后再帶著指示游回東岸。這只天鵝一直老實地履行著職責，從未出過差錯。每當天鵝從橋下游過時，不知情的守橋蘇聯(lián)士兵還向這位密使丟面包呢。