模式之爭期間，吳敬璉無意間被卷入另一個著名的紛爭之中，被推向風(fēng)口浪尖。這次論爭的雙方，一個是新秀經(jīng)濟(jì)學(xué)者郎咸平，另一個是企業(yè)家顧雛軍。爭論的焦點(diǎn)是，顧雛軍的企業(yè)是否利用改革漏洞侵吞國有資產(chǎn)。由于話題的敏感性，爭論很快上升到國企改革方式的高度。

原本與此無關(guān)的吳敬璉被牽連進(jìn)來，是因?yàn)樗麑Α袄深欀疇帯钡谋響B(tài)。由于主流經(jīng)濟(jì)學(xué)家對論爭一時失語，媒體拋出“經(jīng)濟(jì)學(xué)家在干什么”的疑問。吳敬璉第一個作出回應(yīng)：經(jīng)濟(jì)學(xué)家要堅守獨(dú)立客觀的立場。

吳敬璉還對《中國經(jīng)濟(jì)時報》的記者解釋說：“如果以經(jīng)濟(jì)學(xué)家的身份發(fā)表意見的時候是根據(jù)生意上的利益說話，不是按照事物的本來面貌說話，就失去了基本的職業(yè)操守。”誰也沒有想到，這番話被媒體曲解，這個既不炒股也不作投資，子女親戚都不從事商業(yè)活動的老者，竟然被描摹成既得利益集團(tuán)的“幫兇”，被放到了窮人和改革的“對立面”。一時間，吳敬璉遭受空前壓力。

與個人聲譽(yù)相比，吳敬璉顯然更在意國家的前途。年近80歲的他因此又加重了一層憂慮。

進(jìn)入2006年之后，“房地產(chǎn)暴利”、“春運(yùn)價格”、“拆遷補(bǔ)償”、“CPI高漲”等因經(jīng)濟(jì)而生的問題滾滾而來，引發(fā)持久廣泛的關(guān)注和討論。關(guān)于日漸緊張的春運(yùn)，吳敬璉認(rèn)為，應(yīng)該從供求關(guān)系出發(fā)，上漲春運(yùn)價格。這個觀點(diǎn)提出后，立刻遭遇炮轟。一時間，憤怒而張揚(yáng)的民意再次拋出“經(jīng)濟(jì)學(xué)家為誰代言”的疑問，將經(jīng)濟(jì)學(xué)家置于社會審視之下。隨后爆發(fā)的經(jīng)濟(jì)危機(jī)更是點(diǎn)燃了輿論火焰。

面對公眾質(zhì)疑，吳敬璉堅持己見。他一再強(qiáng)調(diào)，媒體曲解了自己的意思。他的本意是要維護(hù)農(nóng)民工的利益。政府從車票上漲的收益中拿出一部分，發(fā)放給農(nóng)民工等弱勢群體。這樣一來，既可打擊黃牛黨，規(guī)范春運(yùn)市場，農(nóng)民工又能得到切實(shí)的好處，多方受益。但因?yàn)槊襟w斷章取義，忽略了后幾層意思，才導(dǎo)致公眾誤解。

從吳敬璉的觀點(diǎn)可以清晰地分析出他的思路。一方面，堅持市場經(jīng)濟(jì)，以價值規(guī)律辦事。另一方面，政府發(fā)揮公共職能，維護(hù)弱勢群體的利益。政府和市場各行其是，互相配合。如果政府過多干預(yù)市場，不僅催生黃牛黨、內(nèi)部交易等灰色空間，也不利于底層民眾分享改革成果。歸根結(jié)底，要推行市場經(jīng)濟(jì)法治化，建立穩(wěn)定健康的經(jīng)濟(jì)秩序。此外，這也與他一貫秉持的社會保障觀點(diǎn)相一致。