最高法院“掌門人” 1801年初，馬歇爾受命出任聯(lián)邦最高法院首席法官。亞當(dāng)斯之所以任命馬歇爾主要基于兩點(diǎn)考慮：第一，馬歇爾是一位堅(jiān)定的聯(lián)邦主義者，具有很強(qiáng)的原則性；第二，馬歇爾是弗吉尼亞人，最高法院中應(yīng)該有這個(gè)重要的州的代表。事實(shí)證明，這是亞當(dāng)斯總統(tǒng)所做出的最重要的決策之一，馬歇爾對最高法院產(chǎn)生的影響是極其深遠(yuǎn)的。馬歇爾扮演了最高法院“掌門人”的角色，以維護(hù)司法權(quán)的地位和尊嚴(yán)為己任。正是在馬歇爾任內(nèi)，最高法院確立了眾多司法慣例，司法權(quán)的獨(dú)立地位得以確立。

亞當(dāng)斯總統(tǒng)卸任前大力擴(kuò)充下級(jí)聯(lián)邦司法機(jī)構(gòu)，把許多聯(lián)邦黨人塞入政府部門。杰斐遜政府力圖通過制定《撤銷法》撤銷這些機(jī)構(gòu)。馬歇爾認(rèn)為這是對司法權(quán)的挑戰(zhàn)，于是他便利用“馬伯里訴麥迪遜案”來證明法院的權(quán)威。該案的內(nèi)容是：被提名擔(dān)任已經(jīng)取消了法院職務(wù)的聯(lián)邦黨人要求法院下令，迫使國務(wù)卿麥迪遜頒布委任狀。最高法院的裁決是：馬伯里有權(quán)得到他的補(bǔ)償，但判給他補(bǔ)償不在最高法院的職權(quán)范圍內(nèi)。該判決使最高法院獲得了極為重要的司法復(fù)審權(quán)。馬歇爾強(qiáng)調(diào)法律對契約和財(cái)產(chǎn)的保護(hù)，從而限制了政府對個(gè)人經(jīng)濟(jì)事務(wù)的介入。馬歇爾還使最高法院獲得了判定各項(xiàng)法律是否違憲和審理下級(jí)法院的決議等重要權(quán)力。他所堅(jiān)持的聯(lián)邦權(quán)力高于州權(quán)的思想對后世具有深遠(yuǎn)的影響力。在杰斐遜總統(tǒng)第2任期間，伯爾叛國事件敗露。在審判伯爾時(shí)，馬歇爾主張對憲法關(guān)于叛國罪的定義從嚴(yán)進(jìn)行解釋，并親任審判長，最終以“證據(jù)不足”為由使伯爾無罪開釋。這是對杰斐遜政府的一次沉重打擊。

由于馬歇爾堅(jiān)持他一貫主張的原則，敢于與聯(lián)邦政府公開抗?fàn)?，使他成為政府反對派人士心目中的英雄。馬歇爾在最高法院任職一直到他離開人世，他與行政權(quán)之間，特別是與杰斐遜、麥迪遜等總統(tǒng)的相互斗爭始終在持續(xù)著，并不時(shí)摩擦出火花。但有學(xué)者認(rèn)為：正是這一矛盾斗爭使得美國的政治體制日益充實(shí)完善，在充分發(fā)揮聯(lián)邦政府職能作用的同時(shí)，有力地發(fā)揮司法權(quán)的限制和保護(hù)作用。

馬歇爾的活動(dòng)范圍不僅僅限于司法領(lǐng)域，他在其他領(lǐng)域亦有所建樹。他編寫出版了《喬治·華盛頓生平》一書，在當(dāng)時(shí)產(chǎn)生了轟動(dòng)，但也有人指責(zé)他以歌頌華盛頓為名，宣揚(yáng)聯(lián)邦黨人的觀點(diǎn)。

1835年7月6日，七十九歲高齡的約翰·馬歇爾在費(fèi)城病逝——據(jù)說自由鐘恰在此時(shí)破裂，好像在為一位重量級(jí)人物的去世表示哀悼。