戰(zhàn)事在1400年秋天略有起色，時(shí)為建文二年九月，南軍在新擢兵部尚書(shū)鐵鉉、歷城侯盛庸的統(tǒng)領(lǐng)下再度北伐，并在十二月間與燕軍會(huì)戰(zhàn)于東昌（今山東聊城）一帶。是役，燕軍大敗，傷亡數(shù)萬(wàn)人，朱棣突圍而出，要不是建文帝有不得傷其叔父性命的死命令，朱棣早就不知死了多少回了。后來(lái)朱棣也看出了端倪，一遇戰(zhàn)敗就殿后押陣，把自己當(dāng)作掩護(hù)撤退的盾牌，“官軍相顧愕眙，不敢發(fā)一矢”，好多回就看著他這么大模大樣地跑掉了。

1401年的戰(zhàn)事呈膠著狀態(tài)，雙方在山東和中原地區(qū)屢有交手，互有勝負(fù)。到了1402年春天，戰(zhàn)爭(zhēng)的天平曾短暫地向南軍一邊傾斜。這年四月，雙方主力大戰(zhàn)于安徽宿州，當(dāng)時(shí)燕軍連失大將，再加不慣江南初夏天氣溽熱，于是拔營(yíng)北撤。這本是南軍大舉進(jìn)攻的最好時(shí)機(jī)，但建文帝在這關(guān)鍵時(shí)刻又一次舉置失當(dāng)，他聽(tīng)信身邊廷臣的建議，以為燕軍已退，京師不可無(wú)良將，于是命魏國(guó)公徐輝祖統(tǒng)兵撤回南京。孰料燕軍趁機(jī)反撲，輕騎南下焚毀糧草，大敗南軍于靈璧，隨即于五月占揚(yáng)州，六月自瓜洲渡過(guò)長(zhǎng)江，下鎮(zhèn)江，直圍京師。此時(shí)京師已無(wú)險(xiǎn)可守，被輕而易舉攻占，建文帝則下落不明。

打了三年的“靖難之役”，以朱棣完勝而告終。是年六月，朱棣在奉天殿即皇帝位，改元永樂(lè)，是為明成祖，又稱(chēng)明太宗。

清洗記憶

雖說(shuō)是因?yàn)榇蟪紓儗衣暋皠襁M(jìn)”才即位，但明擺著是打進(jìn)了京師才做成皇帝，要擺脫篡奪之嫌疑，堵天下人之口，首先要做的是否定前朝的合法性。坐上了帝位的朱棣既不給建文帝應(yīng)有的謚號(hào)，甚至不承認(rèn)建文的年號(hào)，把建文四年改稱(chēng)洪武三十五年，表示他這個(gè)帝位不是從建文帝那里繼承來(lái)的，而是直接繼承自太祖高皇帝。他甚至還暗示，老皇帝在世之日，就很喜歡他，和大臣動(dòng)議過(guò)易儲(chǔ)一事，想讓他燕王取代皇孫承續(xù)大統(tǒng)，考慮到秦、晉二王在世，且比他年長(zhǎng)，這才沒(méi)有堅(jiān)持。

其次是改出身?；饰焕^承，講究嫡長(zhǎng)之分，為了讓自己的得位顯得合法，他將建文帝時(shí)代所修的《太祖實(shí)錄》修改了兩次，稱(chēng)自己是太祖高皇帝的元配馬皇后所生，與懿文太子朱標(biāo)及秦、晉二王同母，因他的這幾個(gè)兄長(zhǎng)已經(jīng)亡故，諸王中自己居長(zhǎng)，所以從倫序上說(shuō)，入續(xù)大統(tǒng)是理所當(dāng)然。修《永樂(lè)實(shí)錄》時(shí)，更是直接把“高皇帝生五子”寫(xiě)了進(jìn)去。但后來(lái)修《明史》者不知是疏忽大意還是有意為之，在好幾處都透露出朱棣并非嫡出。

他要讓人們的大腦徹底洗去建文朝的一切記憶，于是建文時(shí)期的政府檔案被大量銷(xiāo)毀，宮廷檔案和皇帝起居錄等被涂寫(xiě)和修改，一切記載這一政變的私家記述和文獻(xiàn)都被禁止，事實(shí)情形就像后世歷史學(xué)家所說(shuō)：“建文一朝之政治，其真實(shí)記載，已為永樂(lè)時(shí)毀滅無(wú)遺……成祖以為罪則罪之，既篡之后，誰(shuí)與抗辯？”