戴笠剛一死去，尸體尚停在南京辦事處，軍統(tǒng)內部即發(fā)生了爭權奪利的一場極為激烈的斗爭。以鄭介民、毛人鳳、唐縱三人為首的特務頭子，馬上形成了軍統(tǒng)內部的廣東、浙江、湖南三派。一些廣東籍的大特務和曾經留學蘇聯與一向在二廳搞軍事情報活動的都慢慢集中到鄭介民這一方面；而一些原在軍統(tǒng)內部工作與江山籍和各個特務訓練班畢業(yè)的都被毛人鳳拉到他的手上；另一些湖南籍的特務和過去對毛人鳳不滿，與鄭介民關系不深的都投到唐縱這一方面。還有一批則幾方面都敷衍，幾方面都不得罪也不參加，而自認是中間派的，所以實際上是等于分為四派。

當時國民黨內部一些上層人物中，除極少數的幾個如宋子文、何應欽、胡宗南、湯恩伯等對戴笠死后的軍統(tǒng)仍然支持外，其余多借此機會對軍統(tǒng)攻擊不遺余力。比如陳誠，過去一向不滿軍統(tǒng)和戴笠，因他希望自己所領導的張振國特務系統(tǒng)壯大起來與軍統(tǒng)相抗衡。他公開罵軍統(tǒng)特務橫行不法，說軍統(tǒng)領導的特務武裝是游雜部隊，要全部編遣，不承認軍統(tǒng)局自己提升的特務們的軍階。他繼何應欽任軍政部長后，對軍統(tǒng)經費和糧服等方面經常發(fā)難，不像何一樣給予特別便利。還比如說孔祥熙，因戴笠殺了他的親信林世良，不但恨戴笠，也不滿軍統(tǒng)，公開提出要縮減軍統(tǒng)的費用。再加上過去一直在與軍統(tǒng)爭寵信爭權利的CC系和中統(tǒng)特務、憲兵等方面，也莫不趁此機會群起責難。蔣介石雖一再出面袒護，但終因過去目標太大，得罪國民黨內部的人也太多，最后毛人鳳也不得不接受鄭、唐兩人意見，正式提出縮編計劃，實行汰弱留強。

過去在軍統(tǒng)局的幾萬名特務被分為“核心”、“基本”、“一般”三種：所謂“核心分子”大多是抗日戰(zhàn)爭以前參加軍統(tǒng)的老特務；“基本分子”則指軍統(tǒng)各個特務訓練班畢業(yè)的特務；“一般分子”便是抗戰(zhàn)期間所吸收的，由士兵提升起來，以及在各公開特務機關中工作很久、被調進軍統(tǒng)去工作而參加軍統(tǒng)的。還有一些是在軍統(tǒng)外勤單位服務、或者被利用工作過的，他們在軍統(tǒng)中的時間大多不長，擔任的職務也不是很重要。所以在縮編中，絕大多數是從一般分子開刀。過去戴笠引以為榮的“軍統(tǒng)大家庭”是許多人都羨慕的“金飯碗”或者“鐵飯碗”。這次也是一樣被打破了。當時中央訓練團軍官總隊，便前后收容了四五千在重慶一地縮編下來的軍統(tǒng)分子。軍統(tǒng)最后改組為“保密局”，正式退出歷史舞臺。