7月1日，康生又來到北大作“重要報告”，其間他竟然無視作為校長坐在他身邊的馬寅初，陰陽怪氣地說：“聽說你們北大出了個‘新人口論’，它的作者也姓馬，這是哪家的馬呵？是馬克思的馬，還是馬爾薩斯的馬呢？我看是馬爾薩斯的馬！”因為康生的“重要講話”，北大的“批馬”運動進入了高潮。

據(jù)《馬寅初傳》的作者彭華先生統(tǒng)計，1958年下半年，僅僅數(shù)月之內(nèi)，《人民日報》《光明日報》《文匯報》《北京日報》《新建設》《經(jīng)濟研究》《學術月刊》《理論戰(zhàn)線》《計劃經(jīng)濟》等大報大刊，共發(fā)表各種“批馬”文章60多篇，且批判的調門越來越高，罪名越來越大，帽子自然也越來越高、越大；而《北京大學校刊》和《北京大學學報》發(fā)表批判馬寅初的文章竟然也有18篇之多；不僅如此，北京大學還于1959年5月公開召開了批判馬寅初“新人口論”的大會。要知道，此時的馬寅初名義上還是北京大學的校長——我們實在很難想象，作為校長的馬寅初，看著自己管理的學校的?？蛯W報，竟然連篇累牘地發(fā)表批判自己的文章，還要參加師生們組織的批判自己的大會，心中會是什么滋味！1959年12月29日，馬寅初給時任教育部部長的楊秀峰打電話，要求辭去北京大學校長職務。1960年1月3日，馬寅初親自來到教育部向楊秀峰部長再次提出辭職請求。1月4日，馬寅初正式向教育部遞交書面辭呈。3月18日，教育部報國務院同意，批準馬寅初辭職。不久，馬寅初的全國人大常委的職務也被罷免。

然而在這一過程中，馬寅初并不是一直被動地接受批判，相反，他一直在反思，在檢討，在堅守，在辯解，在抗爭。

1958年3月21日，馬寅初在北大貼出兩張大字報，對自己在1957年4月27日的演講中的一些錯誤說法進行主動的檢討；

1958年4月1日，針對樊弘教授和經(jīng)濟系學生的大字報，馬寅初也貼出了《我對樊弘教授提出些意見》《我對經(jīng)濟系二年級談話的內(nèi)容》兩張大字報。前者批評樊弘教授“太馬虎”，“沒有把被批評的文章好好地閱讀一遍，就貿(mào)然地加以批判”；后者對經(jīng)濟系二年級學生提出的質疑和指責作了具體解釋、說明和辯解。

1958年5月，馬寅初寫了《再談我的平衡論中的“團團轉”理論》一文，發(fā)表于5月9日的《光明日報》，為自己辯解。只是《光明日報》在發(fā)表該文時加了“編者按語”，明為“征稿”，實為“招兵買馬”，欲以組織集團力量來進一步對付單槍匹馬的馬寅初。然而馬寅初毅然于1959年2月，主動將此文連同《光明日報》發(fā)表時所加的“編者按語”送到《北京大學學報》要求轉載，并寫了《兩個請求轉載的理由》，欲以此擴大影響再次反擊。甚至在1959年5月北京大學公開舉行批判馬寅初“新人口論”的大會時，他不僅親自出席批判會，而且當場作了公開答辯。