上海工人第三次武裝起義在1927年的3月21日發(fā)動(dòng)了，整個(gè)行動(dòng)，由特委會(huì)議指揮，緊急時(shí)由羅亦農(nóng)、周恩來(lái)、何松林（汪壽華）、陳獨(dú)秀指揮。周恩來(lái)分工在南市指揮，后來(lái)又到閘北前線。他身穿灰布棉袍，頭戴鴨舌帽，在總指揮部對(duì)著地圖同趙世炎邊商量邊決定，聽(tīng)取報(bào)告，指示行動(dòng)。經(jīng)過(guò)28小時(shí)戰(zhàn)斗，攻下北洋軍閥在上海的最后一個(gè)據(jù)點(diǎn)——北火車站。起義取得了勝利，完全是靠有組織的產(chǎn)業(yè)工人武裝作戰(zhàn)，打敗了幾千反動(dòng)軍警。這是中國(guó)工人階級(jí)依靠自己的力量武裝起義勝利的光輝一頁(yè)。

工人起義勝利了，蔣介石等率北伐軍進(jìn)入了上海市，卻準(zhǔn)備著對(duì)起義的工人階級(jí)下毒手。4月11日夜到12日凌晨，他們用陰謀詭計(jì)繳了工人糾察隊(duì)的械，13日，開(kāi)始了瘋狂的屠殺和搜捕。昔日的盟友徹底地露出了反動(dòng)面目，是一個(gè)狠毒兇殘的劊子手。大批共產(chǎn)黨員和工人群眾倒在血泊中，中國(guó)共產(chǎn)黨的組織被迫轉(zhuǎn)入地下。周恩來(lái)起草了電報(bào)，與趙世炎、羅亦農(nóng)、陳延年、李立三、尹寬聯(lián)名致中共中央，主張迅速出師討伐蔣介石。電報(bào)中分析了軍事力量對(duì)比，認(rèn)為蔣介石處于不利地位。“為全局計(jì)，政治不宜再緩和妥協(xié)”。但這一建議沒(méi)有被蘇聯(lián)顧問(wèn)鮑羅廷和陳獨(dú)秀所采納。

1927年5月下旬，周恩來(lái)由上海秘密到達(dá)中共中央所在地武漢。此前，在漢口召開(kāi)的中共第五次全國(guó)代表大會(huì)上，周恩來(lái)被選為中央委員；在五屆一中全會(huì)上，又被選為中央政治局委員。25日，中央政治局常委會(huì)議決定周恩來(lái)任中共中央軍事部部長(zhǎng)，必要時(shí)參加常委會(huì)議。29日，中央政治局常委會(huì)議決定周恩來(lái)代理中央常委職務(wù)，參加中央核心領(lǐng)導(dǎo)。從此以后，在長(zhǎng)達(dá)半個(gè)世紀(jì)的時(shí)間內(nèi)，周恩來(lái)一直是中共中央的主要領(lǐng)導(dǎo)人之一。

周恩來(lái)領(lǐng)導(dǎo)軍事部后，以聶榮臻、王一飛、顏昌頤、歐陽(yáng)欽等為助手，進(jìn)行了對(duì)軍隊(duì)的組織、聯(lián)絡(luò)，加強(qiáng)了軍隊(duì)的政治工作，向國(guó)民革命軍中派去朱德、陳毅、劉伯承等不少干部，并負(fù)責(zé)指導(dǎo)武漢的工人糾察隊(duì)和湖南、廣東的農(nóng)民運(yùn)動(dòng)。這時(shí)，國(guó)民革命軍獨(dú)立第十四師師長(zhǎng)夏斗寅在宜昌發(fā)動(dòng)的武裝叛變雖已擊退，長(zhǎng)沙許克祥又發(fā)動(dòng)了反革命的“馬日事變”，武漢汪精衛(wèi)叛變革命的跡象越來(lái)越明顯，周恩來(lái)主張?jiān)谵r(nóng)民運(yùn)動(dòng)力量強(qiáng)大的湖南農(nóng)村發(fā)動(dòng)武裝起義。6月17日，他在中共中央常委會(huì)上提出，現(xiàn)在湖南18縣有8？000支槍，可以派人去集中起來(lái)，攻取反動(dòng)力量弱的城池，如湘潭、瀏陽(yáng)、平江等地。他建議省委下設(shè)軍委，各區(qū)設(shè)農(nóng)軍委員會(huì)，在可能范圍內(nèi)成立鄉(xiāng)村的臨時(shí)委員會(huì)，對(duì)許多反動(dòng)軍隊(duì)強(qiáng)則擾之，弱則繳其械。會(huì)議同意了這一布置。20日，周恩來(lái)在中共中央常委會(huì)上又說(shuō)，湖南省委決定派50人回去，把湖南劃為10個(gè)區(qū)，派10名懂軍事的干部去，做好準(zhǔn)備，根據(jù)政治局決定進(jìn)行暴動(dòng)。但這些意見(jiàn)遭到共產(chǎn)國(guó)際代表的反對(duì)，沒(méi)有實(shí)現(xiàn)。陳獨(dú)秀在7月5日的中央常委會(huì)上甚至說(shuō)，軍事工作應(yīng)該收縮。

7月15日，汪精衛(wèi)背叛孫中山的國(guó)共合作政策。他同蔣介石一樣，對(duì)共產(chǎn)黨員和革命群眾進(jìn)行了大屠殺。

中國(guó)共產(chǎn)黨已經(jīng)再無(wú)退路了，血的教訓(xùn)擦亮了共產(chǎn)黨人的眼睛，于是決定舉行南昌起義，以革命的暴力來(lái)反抗反革命的暴力。