直到1942年6月，由于無法查實這些人的抗日事實，日寇將他們分別判處緩刑，予以釋放。侯仁之以“以心傳心、抗日反日”的罪名被判處有期徒刑一年，緩刑三年，取保出獄。他前往天津岳父家中與家人團聚，并見到了剛出生4個月的女兒，其時其情，永難忘記。

侯仁之在天津三年，邊在學校教書，邊繼續(xù)進行學術研究，相繼寫出了《天津史表長編草例》、《北平金水河考》等論著。但是，根據(jù)洪業(yè)老師的囑咐，為了不被日寇利用，直到抗日戰(zhàn)爭勝利后才予以發(fā)表。同時，他仍然堅持長跑，保持強健的體魄以迎接勝利的到來。

1945年8月15日，日寇投降。三天后，剛被釋放的司徒雷登便召集洪業(yè)、侯仁之等5人開會，決定馬上成立復校工作委員會。司徒雷登提出：原燕大的教職員工，凡是在淪陷期間喪失氣節(jié)、為日偽政權工作過的，一律不得參加復校工作。10月10日，燕大開學典禮在大禮堂隆重舉行。未名湖畔鐘亭里的大鐘在沉寂了3年零10個月以后再一次敲響了。

1946年8月，侯仁之又開始他的“長跑”了──這次“跑”得遠：前往英國利物浦大學，投師著名歷史地理學家達比教授門下。由此，他正式邁進了現(xiàn)代歷史地理學的領域。三年以后，侯仁之的論文《北平的歷史地理》通過答辯，并獲得博士學位。

1949年，在新中國成立的前三天，侯仁之回到北京。10月1日，開國大典在天安門廣場隆重舉行。侯仁之有幸與無數(shù)歡欣若狂的群眾一道經(jīng)歷了那空前的盛會。他親眼看到那些著名的革命領袖與社會各界的代表一同出現(xiàn)在天安門城樓上，親耳聽到毛澤東莊嚴地大聲宣告：“中華人民共和國中央人民政府──成立了！”那一刻，他感到渾身熱血沸騰。

當天晚上，侯仁之剛回到燕園，便被簇擁進了大禮堂。他回憶道：

……燕京大學的人非要叫我做報告不可。在大禮堂，燈全都滅了，只有一個電燈照著我，叫我一個人站在臺上講。那么多群眾出來，那么多！你看過去受壓迫，受迫害，現(xiàn)在新中國成立了，大家多么高興！新中國剛剛成立我就回來了，我激動極了！那天把我的感想在大禮堂講了，大家和我一樣激動啊！