1986年，霍多爾科夫斯基的婚姻出現(xiàn)了問題。當(dāng)時(shí)他是蘇聯(lián)共青團(tuán)高級(jí)干部，負(fù)責(zé)審核門捷列夫化工學(xué)院的招聘工作。一位名叫因娜的年輕美貌的姑娘來應(yīng)聘實(shí)驗(yàn)室助手職位，結(jié)果她被招聘到蘇聯(lián)共青團(tuán)辦公室，和他一起工作。兩年之后，這兩人便結(jié)了婚。第二位霍多爾科夫斯基夫人為他養(yǎng)育了三個(gè)孩子，并陪同丈夫踏上尋求財(cái)富與權(quán)力的夢(mèng)幻之旅。然而，當(dāng)風(fēng)光不再，榮華富貴一去不復(fù)返之后，她唯有在家中苦苦等候丈夫從西伯利亞勞改營歸來。

1987年，霍多爾科夫斯基在咖啡館經(jīng)營成功之后，又開始著手下一個(gè)商業(yè)目標(biāo)：建立教育合作社。這次，他利用的是戈?duì)柊蛦谭蛐骂C布的關(guān)于經(jīng)濟(jì)改革自由化的條款。該項(xiàng)條款允許國立大學(xué)或?qū)W院在自己的專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)建立研究和發(fā)展中心，以促進(jìn)科學(xué)發(fā)展。此外，作為激勵(lì)條件，可以允許新成立的組織運(yùn)用專業(yè)知識(shí)服務(wù)社會(huì)、獲取利潤?；舳酄柨品蛩够芸煊X察到了立法機(jī)構(gòu)所賜予的商機(jī)。他放棄了門捷列夫化工學(xué)院的碩士學(xué)業(yè)，并減少了在蘇聯(lián)共青團(tuán)所承擔(dān)的工作事務(wù)，著手建立一個(gè)名稱頗為大氣的“跨行業(yè)科技進(jìn)步中心”，該中心的俄文首字母縮寫為梅那切普（Menatap）。對(duì)于霍多爾科夫斯基而言，這是他的首次巨大突破。

以扶助科學(xué)研究的名義，梅那切普為國有企業(yè)和政府部門提供計(jì)算機(jī)編程服務(wù)，這些企業(yè)和部門的信息技術(shù)網(wǎng)絡(luò)當(dāng)時(shí)還處于萌芽狀態(tài)。門捷列夫化工學(xué)院年輕的科學(xué)家具備這一市場(chǎng)所需的技術(shù)能力，而霍多爾科夫斯基擁有經(jīng)營企業(yè)的理念，梅那切普能夠?qū)⑺麄兊膬?yōu)勢(shì)發(fā)揮得淋漓盡致。梅那切普的服務(wù)質(zhì)量上乘，收費(fèi)頗高，因此盈利相當(dāng)可觀。由于信息技術(shù)專家奇缺，加之政府保障其網(wǎng)絡(luò)運(yùn)行的專業(yè)人員不足，梅那切普的服務(wù)供不應(yīng)求。到了1987年，為給公司招募更多的編程員，霍多爾科夫斯基在一家科學(xué)雜志上打出了招聘廣告。當(dāng)時(shí)前來應(yīng)聘的三位年輕人，后來成為與霍多爾科夫斯基共同創(chuàng)業(yè)的終身商業(yè)伙伴和朋友。在后蘇聯(lián)時(shí)代，他們創(chuàng)建了最輝煌的商業(yè)帝國。