左右為難之際，第一線的朝鮮事務主管官員、少年氣盛的駐朝總理交涉通商大臣袁世凱致電北洋大臣李鴻章，積極主張出兵入朝。袁世凱認為，《中日天津會議專條》中只規(guī)定了如果中國出兵，必須“知照”日本，但并沒有賦予日本同等的出兵權(quán)，而且袁世凱聲言，根據(jù)他自己與日本駐朝外交官員的接觸情況來看，日本“重在商民，似無他意”，信誓旦旦地保證日本絕對不會橫加干涉。受袁世凱錯誤判斷的左右，當6月3日朝鮮政府的乞援照會正式遞達到京后，清政府便做出決策，放心大膽地出兵朝鮮。主持北洋一帶對外交涉以及海防、軍事事務的北洋通商大臣、直隸總督李鴻章，自然成為出兵計劃的具體執(zhí)行者。經(jīng)奏請，朝鮮政府乞援的當天深夜，李鴻章即命令直隸提督葉志超等部的淮軍精銳兩千余人，以及北洋海軍軍艦準備赴朝，同時下令輪船招商局商船北上聽用。

僅用兩天時間，中國的先頭部隊就束裝準備完畢。6月6日，從天津蘆臺等地調(diào)集的淮軍以及天津武備學堂見習軍官共計910人，由山西太原鎮(zhèn)總兵聶士成率領，乘坐火車到達大沽。下午6 時，全軍連同所帶的九十余匹軍馬、4門金陵機器局造60 毫米口徑行營炮都登上招商局“圖南”號商船，當日夜間7 點在北洋海軍“超勇”號巡洋艦護航下，作為先頭部隊在朝鮮牙山灣內(nèi)的白石浦里登陸，中國駐日公使汪鳳藻隨即將出兵情況通報日本政府。兩天后，直隸提督葉志超統(tǒng)率赴朝軍主力淮軍正定練軍等部1555 人在山海關(guān)一帶集結(jié)完畢，攜帶4門87 毫米口徑火炮，分乘招商局“海晏”、“海定”兩艘商船先后開赴朝鮮。與此同時，北洋海軍的“濟遠”、“揚威”、“平遠”、“操江”等軍艦先后抵達朝鮮沿海，分駐牙山、仁川、大同江等各要害口岸，控制局勢，保護僑民。一時間龍旗獵獵，水陸并進，這是中國自明末援朝戰(zhàn)爭以來，又一次大規(guī)模地用兵朝鮮半島。

然而清政府完全沒有預料到的是，中國所采取的這一系列行動，其實墮入了日本政府預先布設下的圈套。對朝鮮半島圖謀已久的日本，從壬午、甲申兩次事變被挫敗后，就積極擴充軍力，一直在等待合適的機會再掀波瀾，實現(xiàn)徹底控制朝鮮的企圖。1891 年發(fā)生的琵琶湖事件，又進一步刺激了日本對朝鮮和中國東北的貪欲。

仇日的東學起義發(fā)生后，日本政府判斷這是挑起事端的難得良機。5 月31日起義軍奪取全州的當天，日本政府即以陸軍大演習為名，開始緊急征集日本各港口的商船，預先做好運兵朝鮮的準備。次日，日本內(nèi)閣正式通過出兵決定，國內(nèi)開始進行總動員。6 月5 日更是設立了以明治天皇為首的戰(zhàn)時大本營，東瀛三島的戰(zhàn)爭機器已經(jīng)完全開動起來。為將中國軍隊拖入朝鮮半島，挑起戰(zhàn)爭借口，日本駐朝外交官員多次會見袁世凱，進行誘惑欺騙，積極慫恿中國出兵。

6月8日，就在中國總兵聶士成部陸軍進駐牙山的當天，早有準備的日本隨即派出先頭部隊登陸朝鮮，并不顧中朝兩國的強烈抗議，長驅(qū)直入進抵朝鮮首都漢城四周，蠻橫地宣稱既然中國已經(jīng)出兵，日本也有同等的出兵權(quán)力，并拒不承認朝鮮是中國的屬國。此后，由日本陸軍少將大島義昌率領的兵力達七千余人的混成旅團也從本土出發(fā)，源源不斷地登陸朝鮮半島。至6月16日，日本混成旅團先頭部隊四千余人到達朝鮮，兵力上完全超過了駐朝的中國軍隊，而且控制了漢城、仁川等重要城市，勢頭咄咄逼人，朝鮮局勢在一夜之間發(fā)生了劇變。