孫中山從一開(kāi)始就沒(méi)有相信過(guò)袁世凱。當(dāng)袁世凱想聯(lián)合革命軍推翻清政府時(shí)，遠(yuǎn)在日本的孫文多次拒絕；袁世凱聲稱擁護(hù)共和，登上了大總統(tǒng)的寶座，孫文還是不相信他。袁世凱在北京的勢(shì)力太過(guò)龐大，為了控制袁世凱，孫文提出要求，除了逼清帝退位，袁還要答應(yīng)到南京就職、遵守《臨時(shí)約法》。他以為袁世凱會(huì)設(shè)計(jì)詭計(jì)拒絕，沒(méi)想到袁很爽快就答應(yīng)了。

根據(jù)《臨時(shí)約法》的規(guī)定，袁世凱必須接受責(zé)任內(nèi)閣的制衡，內(nèi)閣成員包含同盟會(huì)、立憲派和北洋系三類成員，意在三種勢(shì)力互相制衡，但實(shí)質(zhì)上核心部門還是由袁世凱的親信掌控。

責(zé)任內(nèi)閣的制度讓袁世凱渾身不痛快。根據(jù)野史記載，袁世凱專橫獨(dú)斷，不用一流人才；如果下屬提出的建議比自己的好，他表面上按照下屬的提議執(zhí)行，背地里卻要加以破壞，以樹(shù)立自己的威信——大半生以來(lái)，袁世凱習(xí)慣了由自己一個(gè)人做主，這樣一個(gè)制衡他的權(quán)力機(jī)構(gòu)存在，當(dāng)然會(huì)使他感到不自在。

1912年3月，極力主張責(zé)任內(nèi)閣制的同盟會(huì)成員宋教仁在上海車站遇刺，兇手被逮捕時(shí)，在其住所搜出了其與國(guó)務(wù)總理趙秉鈞聯(lián)絡(luò)的證據(jù)。趙秉鈞是袁世凱的親信，因此當(dāng)時(shí)全國(guó)上下都懷疑袁世凱是背后主謀，反袁的聲音越來(lái)越強(qiáng)烈。

4月，袁世凱未經(jīng)國(guó)會(huì)批準(zhǔn)，與英、法、德、日、俄五國(guó)銀行簽訂了借款條約，這一舉動(dòng)遭到了內(nèi)閣成員的詬病，尤其在國(guó)民黨人看來(lái)，他之所以向外國(guó)借款，就是為了擴(kuò)充北洋軍隊(duì)。這里不得不提的是民國(guó)政府建立初期的財(cái)政。由于清政府被推翻，民國(guó)政府不得不償還清政府在不平等條約中欠下的債。根據(jù)學(xué)者的統(tǒng)計(jì)，1911年到1913年這三年里，民國(guó)政府平均每個(gè)月要支出二千四百萬(wàn)左右的費(fèi)用，其中賠款占據(jù)了很大的比例。與之形成鮮明對(duì)比的是，中央政府依靠稅收每個(gè)月的入賬只有一千萬(wàn)左右，這樣一來(lái)，北洋政府就不得不向外國(guó)銀行借貸，借貸又產(chǎn)生利息，最后中央財(cái)政入不敷出。在這樣的背景下，袁世凱向西方國(guó)家借款就可以理解了。然而，聯(lián)系到宋教仁的被殺，袁世凱繞過(guò)責(zé)任內(nèi)閣的行為遭到了國(guó)民黨的反對(duì)。5月，李烈鈞等國(guó)民黨人發(fā)表通電，反對(duì)袁世凱的做法，結(jié)果被袁世凱革職；7月，被革職的國(guó)民黨人在江西成立討袁司令部，正式開(kāi)始對(duì)袁世凱的武裝反抗，史稱“二次革命”。

由于革命軍中充斥著渾水摸魚(yú)的地方官僚，革命開(kāi)始一個(gè)月就以失敗告終了，孫中山、黃興等人遭到袁世凱的通緝，只能逃亡日本。

袁世凱擔(dān)任總統(tǒng)期間做過(guò)的最大快人心的事莫過(guò)于將“二十一條”變?yōu)橐粡垙U紙。

國(guó)民政府建立之初，孫中山為了籌集對(duì)抗袁世凱的經(jīng)費(fèi)，曾經(jīng)與日本人簽訂了《中日合辦漢冶萍借款案》，該合約以漢冶萍公司為抵押，向日本借得巨款，后來(lái)因?yàn)橹袊?guó)時(shí)局有變，合約遭到廢止，這件事成了日本后來(lái)向袁世凱提出“二十一條”索債的重要借口。

1914年，第一次世界大戰(zhàn)爆發(fā)，日本強(qiáng)行奪取了德國(guó)在膠州灣一帶的利益。當(dāng)時(shí)，民國(guó)政府仍處于國(guó)庫(kù)極其虧空的狀態(tài)，袁世凱四處籌措銀兩還債，日本趁歐洲各國(guó)無(wú)暇東顧的機(jī)會(huì)，單方面向袁世凱秘密提出了“二十一條”，企圖趁其他國(guó)家參與混戰(zhàn)之際擴(kuò)大在華勢(shì)力。

日本提出的條款規(guī)定，漢冶萍公司改為中日合辦，承認(rèn)日本在山東的一切權(quán)利；承認(rèn)日本在偽滿和內(nèi)蒙的居住、經(jīng)商、采礦等特權(quán)；中國(guó)所有沿海港灣、島嶼不得租借或割讓給他國(guó)；中國(guó)政府聘用有能力的日本人擔(dān)任政治、軍事顧問(wèn)。