關于改革，政府組織也不能例外。新政府班子出臺之前，我就下決心要將政府組織的調整進行到底。1997年年末，我將此事交給樸權相先生來負責。我請求他要建立一個花費更少的稅金而更有效率的組織。樸權相委員長領導的政府組織調整審議委員會（政改委）于1998年1月6日正式誕生了。

我的想法是要建立一個“雖小卻能干的政府”。首先，以總統(tǒng)為中心，可以有效地發(fā)揮領導力，改善國政運營體制。我對政改委的委員們下達指示，要求他們研究出一套預算與人事可以直屬總統(tǒng)管理的方案。根據此項內容，通過了由長官級負責的財經院預算室變更為總統(tǒng)直屬的企劃預算處，成立由總統(tǒng)直屬的中央人事委員會的議案。

這樣的構想馬上遭到了大國家黨的反對。大國家黨認為預算與人事機能都由總統(tǒng)直屬管理的話，總統(tǒng)可以利用權力干預人事，而導致專權的部署，所以強烈反對。但是這些都是誤會。中央人事委員會獨立的話，總統(tǒng)與各個部署長官行使的人事權就可以通過人事委員會進行有效的牽制。我向樸委員長反復強調這些改革措施一定要貫徹到底，但是結果卻讓我很失望。政府的組織調整案最后進行了妥協(xié)。企劃預算處分離為企劃預算委員會與預算廳，分別歸總統(tǒng)直屬與財經部下屬。這形成了預算編制的方針由企劃預算委員會編寫，實務性的預算執(zhí)行則由預算廳來進行的十分畸形的組織形態(tài)。中央人事委員會則流于空談。

副總理級長官管轄的部門則由財經院變?yōu)榱素斀洸?。預算職能賦予預算廳，金融監(jiān)督業(yè)務由金融監(jiān)督委員會來負責，對外通商業(yè)務則由外交通商部來執(zhí)行。財經院縮小的原因是財經院掌管著經濟政治等全方位的核心機能，錯誤的政策不能真正地受到牽制，體制很不健全。各個部門分散的通商交涉機能則統(tǒng)一由外交部來進行，將其整合為外交通商部。1998年2月17日，政府組織改革調整案由議會通過了。

就任以后，政府組織的改革也變得不能逃避。企劃預算委員會委員長陳稔提出將政府組織進行診斷的報告，特別是將政府組織交給民間的經營咨詢公司來診斷。這種做法非常出人意料。但仔細想來，以民間機關的視角來診斷政府組織，也會有一定的意義。政府組織在官僚思想、部門間的利己主義的影響下，組織改革屢屢碰壁。19個民間經營咨詢公司將政府組織分為9個領域進行了組織診斷。

4個月的診斷結束后，第二版政府組織改革案出臺了。1999年3月4日發(fā)表的改革試行案頗具劃時代的意義。企劃預算委員會與預算廳合并，成立了企劃預算部。這是再次加強預算與人事機能的做法。另外，第一次改革時，告吹的中央人事委員會也準備重新成立。產業(yè)資源部、科學技術部、信息通信部合并成為產業(yè)技術部，勞動部與福利部合并成為勞動福利部，還有廢除海洋水產部的議案。陳稔委員長咨詢了各個相關部門的長官的意見，大部分人對此還是滿意的。他斗志昂揚，大刀闊斧地開始改革。

但是，第二次的改革案卻遭到了強烈的反對。相關部門以及自民聯(lián)的反對也異常激烈。主張以內閣制來進行改革憲法的自民聯(lián)強烈反對以總統(tǒng)為權限中心的政府組織改革案。我指示陳稔委員長與金鐘泌總理進行積極的協(xié)商。金總理召開了國務委員座談會，并召開了國民會議和自民聯(lián)的黨政會議，調整互相之間的意見。

結果部門之間的合并基本上流于空談。本來歸為總統(tǒng)直屬部門的企劃預算部也變?yōu)槠髣濐A算處，改為總理室下屬機構。只保留成立中央人事委員會的決定。通過民間機關的咨詢推出的第二次政府組織改革，也虎頭蛇尾地結束了。希望成立“雖小卻能干的政府”的夢想，也終究成為了“不能完成的改革”。將來希望有人能明白我所作出的努力。