海防塞防的戰(zhàn)略大討論之后，清廷開始更加重視海軍建設，李鴻章也逐漸展開北洋海軍的建設工作。但中國面臨的國際形勢的惡化速度，遠遠超過了海軍發(fā)展的速度。

籌建海軍十年來，除北洋海軍外，其余南洋、福建、廣東三支水師發(fā)展十分緩慢。而且觀念和思維嚴重滯后，清廷仍然用管理傳統(tǒng)水師的方法管理近代海軍，致使全國竟然沒有一個統(tǒng)一的海軍指揮機關，各地水師還是由當?shù)囟綋峁茌?，各督撫都將水師看作自己的私產(chǎn)，別說是協(xié)同作戰(zhàn)，就是調遣都很難。

在“眾人皆醉”中，李鴻章是那個保持清醒頭腦的官員，他早已認識到近代海軍裝備技術復雜，必須進行高度統(tǒng)一的管理。所以在1884年2月中法馬江海戰(zhàn)的半年前，他就曾向總理衙門建議設立“海部”統(tǒng)管全國海軍，而當時的總理衙門想在沿海七省專設一個“海防”衙門，由一個重臣來統(tǒng)籌。

“海部”和“海防”僅一字之差，但在李鴻章看來，區(qū)別可大了去了，他據(jù)理力爭自己的“海部”理念。他認為當時需要做的是直接在京城設立作為中央機關的“海部”，而不是另建一帶有地方色彩的“海防衙門”。以李鴻章的精明，他能不知道總理衙門用“海防”一詞而不用“海部”一詞，不過是想“踵其實而避其名”，避開朝廷中的反對派嗎？這些年來，建設地方性近代海軍已經(jīng)遭遇到強大阻力，現(xiàn)在提出要在“中樞”設立“海部”，頑固派的反對只會更大。但是李鴻章的過人之處就體現(xiàn)在敢于堅持自己的觀點，在他看來，當此外患嚴重之時，只有在首都設“海部”，才能長大清國威而滅敵人威風，達到最好的救急效果。

李鴻章的這一主張直到半年后中國海軍遭遇了馬江慘敗，才得到真正實現(xiàn)的機會。李鴻章再一次發(fā)揮了他強大的勸說能量，在奏折中充分、全面地論述了建立全國性“海軍衙門”的理由。

從艦船、艦隊、造船、軍港、船塢、炮臺、學校等各個方面進行介紹，簡直就是事無巨細，現(xiàn)在看來都不得不由衷地佩服李鴻章的學問，無愧為“近代化”的啟蒙者。在李鴻章的積極推動下，1885年10月海軍衙門成立。

但是海軍衙門成立，給北洋海軍帶來的不是好運，而是厄運。之前，雖然北洋海軍軍費也常常被慈禧太后挪用修圓明園，但是在李鴻章的苦心經(jīng)營下，北洋海軍還是得到了發(fā)展。

海軍衙門成立后，整個衙門簡直就成了老佛爺公款修園的小金庫，北洋海軍沒有再購買過或是制造過一只軍艦。到了1891年，海軍衙門干脆連掩耳盜鈴的姿態(tài)都不要了，不再為自己的挪用軍費而遮遮蓋蓋，專門向清廷奏請將海防捐款用于圓明園修葺。戶部尚書翁同書本來就同李鴻章有點私人恩怨，這斷北洋海軍后路的活兒他還是愿意干的，于是爽快同意了海軍衙門的奏請，停止購買洋船洋炮。李鴻章除了氣得干瞪眼也沒有別的著數(shù)。

李鴻章心里的苦只有他自己知道，他平時這“化緣”、那耍耍小心眼，好不容易才湊夠778萬兩銀子購置到北洋艦隊中7艘主力戰(zhàn)艦就這么化為烏有，悲苦之情可想而知。

李鴻章費心建立海軍衙門，本是為了構建更加合理和現(xiàn)代化海軍指揮體制，沒想現(xiàn)實給他開了個大玩笑，這個理想最終淪為修建圓明園的財務處和工程隊，被挪去的海軍軍費都可以再建兩支北洋艦隊了。