孫中山登上泊靠于黃埔的海軍炮艇永豐艦（事件之后改名中山艦。——譯者注），蔣介石帶著新婚妻子陳潔如上船陪侍，以表現(xiàn)出對孫中山的忠心，后來在兩人關(guān)系上產(chǎn)生深刻的作用；三人在船上共住了五十六天。當消息傳來，陳炯明部隊已擊敗孫部，他們說服一艘英國軍艦艦長護送他們到香港，與慶齡會合。一個多星期后，慶齡拍發(fā)電報給美齡，要她送五百元來以乘船回上海。美齡的一位朋友形容他在莫里埃路孫寓見到的慶齡“個兒瘦小，臉色蒼白，極為孤單”。

陳炯明為了擺脫背叛原本領(lǐng)導人的罪名，向全國各報紙發(fā)表聲明，宣稱孫中山的政策“親俄、親布爾什維克”。他聲稱部下在“總統(tǒng)府的保險柜內(nèi)找出重要文件”，掌握“文書證明，有一項要把中國共產(chǎn)化、以僭替北京合法政府的大計劃”。孫中山再次退回上海，也發(fā)表聲明指責陳炯明之叛變，比起他的“大敵”都還要可惡。蔣介石大受刺激，又到張靜江的商行繼續(xù)他自一九一七年以來即斷斷續(xù)續(xù)在炒的股票。起先賺錢，但是因為投機不知節(jié)制，以及市場的崩盤，他大賠出場，此后即回到軍旅生涯。

幸運的是，不是人人都相信陳炯明的宣傳，國內(nèi)各地出現(xiàn)同情孫中山的聲浪。一九二二年十月十三日，依然效忠孫中山的一支部隊在許崇智率領(lǐng)下攻占福州。孫中山立刻委派許崇智為粵軍司令，并任蔣介石為參謀長（但蔣介石并不看重這個職位）。孫部得到其他勢力的支持，于十二月中旬攻抵廣州，陳炯明棄城而逃。一九二三年二月，廣州局勢已告平靜，孫中山凱旋歸來。他拍電報給蔣介石，促他快快歸隊，但蔣介石依舊拖拖拉拉，以眼疾為借口，前往上海。

孫動怒，寫信給蔣：“吁，是何言也。”“吾不能親身來閩，而托兄以討賊之任，兄何能遽萌退志如此？夫天下之事，其不盡如人意者固十常八九，總在能堅忍耐煩，勞怨不避，乃能期于有成。……兄忘卻在白鵝潭舟中之時乎？日惟睡食與望消息而已。……故兄無論如何艱苦煩勞，必當留于軍中，與我在外之奮斗相終始。”